seq1 = pF1KB5591.tfa, 2778 bp
seq2 = pF1KB5591/gi568815596f_205583291.tfa (gi568815596f:205583291_205895055), 311765 bp

>pF1KB5591 2778
>gi568815596f:205583291_205895055 (Chr2)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-251  (114254-114431)   100% ->
252-433  (132903-133084)   100% ->
434-664  (139188-139418)   100% ->
665-820  (140495-140650)   100% ->
821-990  (142623-142792)   100% ->
991-1146  (144601-144756)   100% ->
1147-1291  (157229-157373)   100% ->
1292-1641  (159913-160262)   99% ->
1642-1786  (162456-162600)   100% ->
1787-1903  (166435-166551)   100% ->
1904-2044  (169545-169685)   100% ->
2045-2307  (180384-180646)   100% ->
2308-2404  (182184-182280)   100% ->
2405-2425  (183493-183513)   100% ->
2426-2476  (208945-208995)   100% ->
2477-2778  (211464-211765)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATGTTTCCTCTCACCTGGGTTTTCTTAGCCCTCTACTTTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATGTTTCCTCTCACCTGGGTTTTCTTAGCCCTCTACTTTTCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACCAAGTGAGAGGCCAACCAG         ACCCACCGTGCGGAGGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 ACACCAAGTGAGAGGCCAACCAGGTA...CAGACCCACCGTGCGGAGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTTGAATTCCAAAGATGCTGGCTATATCACCTCTCCCGGTTACCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114272 GTTTGAATTCCAAAGATGCTGGCTATATCACCTCTCCCGGTTACCCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTACCCCTCCCACCAGAACTGCGAGTGGATTGTTTACGCCCCCGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114322 GACTACCCCTCCCACCAGAACTGCGAGTGGATTGTTTACGCCCCCGAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACCAGAAGATTGTCCTCAACTTCAACCCTCACTTTGAAATCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114372 CAACCAGAAGATTGTCCTCAACTTCAACCCTCACTTTGAAATCGAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGACTGCAA         GTATGACTTTATCGAGATTCGGGATGGGGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114422 ACGACTGCAAGTA...CAGGTATGACTTTATCGAGATTCGGGATGGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGAATCCGCAGACCTCCTGGGCAAACACTGTGGGAACATCGCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132934 AGTGAATCCGCAGACCTCCTGGGCAAACACTGTGGGAACATCGCCCCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCATCATCTCCTCGGGCTCCATGCTCTACATCAAGTTCACCTCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132984 CACCATCATCTCCTCGGGCTCCATGCTCTACATCAAGTTCACCTCCGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGCCCGGCAGGGGGCAGGCTTCTCTCTGCGCTACGAGATCTTCAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133034 ACGCCCGGCAGGGGGCAGGCTTCTCTCTGCGCTACGAGATCTTCAAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 G         GCTCTGAAGATTGCTCAAAAAACTTCACAAGCCCCAACGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133084 GGTC...CAGGCTCTGAAGATTGCTCAAAAAACTTCACAAGCCCCAACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACCATCGAATCTCCTGGGTTTCCTGAGAAGTATCCACACAACTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139228 GACCATCGAATCTCCTGGGTTTCCTGAGAAGTATCCACACAACTTGGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCACCTTTACCATCCTGGCCAAACCCAAGATGGAGATCATCCTGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139278 GCACCTTTACCATCCTGGCCAAACCCAAGATGGAGATCATCCTGCAGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGATCTTTGACCTGGAGCATGACCCTTTGCAGGTGGGAGAGGGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139328 CTGATCTTTGACCTGGAGCATGACCCTTTGCAGGTGGGAGAGGGGGACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGTACGATTGGCTGGACATCTGGGATGGCATTCCACATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 139378 CAAGTACGATTGGCTGGACATCTGGGATGGCATTCCACATGGTG...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGGCCCCCTGATTGGCAAGTACTGTGGGACCAAAACACCCTCTGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140495 TTGGCCCCCTGATTGGCAAGTACTGTGGGACCAAAACACCCTCTGAACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGTTCATCGACGGGGATCCTCTCCCTGACCTTTCACACGGACATGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140545 CGTTCATCGACGGGGATCCTCTCCCTGACCTTTCACACGGACATGGCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCCAAGGATGGCTTCTCTGCGCGTTACTACCTGGTCCACCAAGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140595 GGCCAAGGATGGCTTCTCTGCGCGTTACTACCTGGTCCACCAAGAGCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TAGAGA         ACTTTCAGTGCAATGTTCCTCTGGGCATGGAGTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140645 TAGAGAGTG...CAGACTTTCAGTGCAATGTTCCTCTGGGCATGGAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCCGGATTGCTAATGAACAGATCAGTGCCTCATCTACCTACTCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142658 GGCCGGATTGCTAATGAACAGATCAGTGCCTCATCTACCTACTCTGATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGGTGGACCCCTCAACAAAGCCGGCTCCATGGTGATGACAATGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142708 GAGGTGGACCCCTCAACAAAGCCGGCTCCATGGTGATGACAATGGCTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCCCAACTTGGATTCCAACAAGGAGTATCTCCAG         GTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 142758 CCCCCAACTTGGATTCCAACAAGGAGTATCTCCAGGTA...CAGGTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCGCTTTTTAACCATGCTCACGGCCATCGCAACACAGGGAGCGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144607 CTGCGCTTTTTAACCATGCTCACGGCCATCGCAACACAGGGAGCGATTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAGGGAAACACAGAATGGCTACTATGTCAAATCCTACAAGCTGGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144657 CAGGGAAACACAGAATGGCTACTATGTCAAATCCTACAAGCTGGAAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCACTAATGGAGAGGACTGGATGGTGTACCGGCATGGCAAAAACCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144707 GCACTAATGGAGAGGACTGGATGGTGTACCGGCATGGCAAAAACCACAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147          GTATTTCAAGCCAACAACGATGCAACTGAGGTGGTTCTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144757 GTA...CAGGTATTTCAAGCCAACAACGATGCAACTGAGGTGGTTCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAAGCTCCACGCTCCACTGCTGACAAGGTTTGTTAGAATCCGCCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157270 CAAGCTCCACGCTCCACTGCTGACAAGGTTTGTTAGAATCCGCCCTCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCTGGCACTCAGGTATCGCCCTCCGGCTGGAGCTCTTCGGCTGCCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157320 CCTGGCACTCAGGTATCGCCCTCCGGCTGGAGCTCTTCGGCTGCCGGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ACAG         ATGCTCCCTGCTCCAACATGCTGGGGATGCTCTCAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157370 ACAGGTG...CAGATGCTCCCTGCTCCAACATGCTGGGGATGCTCTCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTCATTGCAGACTCCCAGATCTCCGCCTCTTCCACCCAGGAATACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159950 CCTCATTGCAGACTCCCAGATCTCCGCCTCTTCCACCCAGGAATACCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGAGCCCCAGTGCAGCCCGCCTGGTCAGCAGCCGCTCGGGCTGGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 160000 GGAGCCCCAGTGCAGCCCGCCTGGTTAGCAGCCGCTCGGGCTGGTTCCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CGAATCCCTCAGGCCCAGCCCGGTGAGGAGTGGCTTCAGGTAGATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160050 CGAATCCCTCAGGCCCAGCCCGGTGAGGAGTGGCTTCAGGTAGATCTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AACACCCAAGACAGTGAAAGGTGTCATCATCCAGGGAGCCCGCGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160100 AACACCCAAGACAGTGAAAGGTGTCATCATCCAGGGAGCCCGCGGAGGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACAGTATCACTGCTGTGGAAGCCAGAGCATTTGTGCGCAAGTTCAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160150 ACAGTATCACTGCTGTGGAAGCCAGAGCATTTGTGCGCAAGTTCAAAGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCCTACAGCCTAAACGGCAAGGACTGGGAATACATTCAGGACCCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160200 TCCTACAGCCTAAACGGCAAGGACTGGGAATACATTCAGGACCCCAGGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CCAGCAGCCAAAG         CTGTTCGAAGGGAACATGCACTATGACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 160250 CCAGCAGCCAAAGGTA...CAGCTGTTCGAAGGGAACATGCACTATGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCCCTGACATCCGAAGGTTTGACCCCATTCCGGCACAGTATGTGCGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162484 CCCCTGACATCCGAAGGTTTGACCCCATTCCGGCACAGTATGTGCGGGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TACCCGGAGAGGTGGTCGCCGGCGGGGATTGGGATGCGGCTGGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162534 TACCCGGAGAGGTGGTCGCCGGCGGGGATTGGGATGCGGCTGGAGGTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGGCTGTGACTGGACAG         ACTCCAAGCCCACGGTAGAGACGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 162584 GGGCTGTGACTGGACAGGTA...CAGACTCCAAGCCCACGGTAGAGACGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGGGACCCACTGTGAAGAGCGAAGAGACAACCACCCCCTACCCCACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166459 TGGGACCCACTGTGAAGAGCGAAGAGACAACCACCCCCTACCCCACCGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GAGGAGGCCACAGAGTGTGGGGAGAACTGCAGCTTTGAGGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 166509 GAGGAGGCCACAGAGTGTGGGGAGAACTGCAGCTTTGAGGATGGTA...T

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1904   ACAAAGATTTGCAGCTCCCTTCGGGATTCAATTGCAACTTCGATTTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169543 AGACAAAGATTTGCAGCTCCCTTCGGGATTCAATTGCAACTTCGATTTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TCGAGGAGCCCTGTGGTTGGATGTATGACCATGCCAAGTGGCTCCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169593 TCGAGGAGCCCTGTGGTTGGATGTATGACCATGCCAAGTGGCTCCGGACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ACCTGGGCCAGCAGCTCCAGCCCAAACGACCGGACGTTTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 169643 ACCTGGGCCAGCAGCTCCAGCCCAAACGACCGGACGTTTCCAGGTA...C

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2045   ATGACAGGAATTTCTTGCGGCTGCAGAGTGACAGCCAGAGAGAGGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180382 AGATGACAGGAATTTCTTGCGGCTGCAGAGTGACAGCCAGAGAGAGGGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AGTATGCCCGGCTCATCAGCCCCCCTGTCCACCTGCCCCGAAGCCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180432 AGTATGCCCGGCTCATCAGCCCCCCTGTCCACCTGCCCCGAAGCCCGGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 TGCATGGAGTTCCAGTACCAGGCCACGGGCGGCCGCGGGGTGGCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180482 TGCATGGAGTTCCAGTACCAGGCCACGGGCGGCCGCGGGGTGGCGCTGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GGTGGTGCGGGAAGCCAGCCAGGAGAGCAAGTTGCTGTGGGTCATCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180532 GGTGGTGCGGGAAGCCAGCCAGGAGAGCAAGTTGCTGTGGGTCATCCGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGGACCAGGGCGGCGAGTGGAAGCACGGGCGGATCATCCTGCCCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180582 AGGACCAGGGCGGCGAGTGGAAGCACGGGCGGATCATCCTGCCCAGCTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GACATGGAGTACCAG         ATTGTGTTCGAGGGAGTGATAGGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 180632 GACATGGAGTACCAGGTG...TAGATTGTGTTCGAGGGAGTGATAGGGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 AGGACGTTCCGGAGAGATTGCCATTGATGACATTCGGATAAGCACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182210 AGGACGTTCCGGAGAGATTGCCATTGATGACATTCGGATAAGCACTGATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 TCCCACTGGAGAACTGCATGG         AACCCATCTCGGCTTTTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 182260 TCCCACTGGAGAACTGCATGGGTA...CAGAACCCATCTCGGCTTTTGCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 G         TGGACATCCCAGAAATACATGAGAGAGAAGGATATGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183513 GGTG...TAGTGGACATCCCAGAAATACATGAGAGAGAAGGATATGAAGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TGAAATTGATG         ATGAATACGAGGTGGACTGGAGCAATTCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 208985 TGAAATTGATGGTG...CAGATGAATACGAGGTGGACTGGAGCAATTCTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CTTCTGCAACCTCAGGGTCTGGCGCCCCCTCGACCGACAAAGAAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211494 CTTCTGCAACCTCAGGGTCTGGCGCCCCCTCGACCGACAAAGAAAAGAGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TGGCTGTACACCCTGGATCCCATCCTCATCACCATCATCGCCATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211544 TGGCTGTACACCCTGGATCCCATCCTCATCACCATCATCGCCATGAGCTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 ACTGGGCGTCCTCCTGGGGGCCACCTGTGCAGGCCTCCTGCTCTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211594 ACTGGGCGTCCTCCTGGGGGCCACCTGTGCAGGCCTCCTGCTCTACTGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CCTGTTCCTACTCGGGCCTGAGCTCCCGAAGCTGCACCACACTGGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211644 CCTGTTCCTACTCGGGCCTGAGCTCCCGAAGCTGCACCACACTGGAGAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 TACAACTTCGAGCTCTACGATGGCCTTAAGCACAAGGTCAAGATGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211694 TACAACTTCGAGCTCTACGATGGCCTTAAGCACAAGGTCAAGATGAACCA

   2900     .    :    .    :
   2757 CCAAAAGTGCTGCTCCGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||
 211744 CCAAAAGTGCTGCTCCGAGGCA