seq1 = pF1KB5588.tfa, 2175 bp
seq2 = pF1KB5588/gi568815582f_22125730.tfa (gi568815582f:22125730_22383993), 258264 bp

>pF1KB5588 2175
>gi568815582f:22125730_22383993 (Chr16)

1-246  (100001-100246)   100% ->
247-347  (118901-119001)   100% ->
348-408  (123026-123086)   100% ->
409-446  (124925-124962)   100% ->
447-618  (125422-125593)   99% ->
619-768  (131019-131168)   100% ->
769-901  (131524-131656)   100% ->
902-1029  (131914-132041)   100% ->
1030-1231  (132765-132966)   99% ->
1232-1299  (134733-134800)   100% ->
1300-1377  (137381-137458)   100% ->
1378-1440  (139089-139151)   100% ->
1441-1575  (140661-140795)   100% ->
1576-1764  (140959-141147)   100% ->
1765-1889  (147897-148021)   100% ->
1890-2068  (154469-154647)   100% ->
2069-2175  (158158-158264)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGACGAAGATCTCATCTTCCGCCTGGAAGGCGTTGATGGCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGACGAAGATCTCATCTTCCGCCTGGAAGGCGTTGATGGCGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCCCCGAGCTGGCCATGATGGTGATTCTGATGGGGACAGCGACGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCCCCCGAGCTGGCCATGATGGTGATTCTGATGGGGACAGCGACGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAAGGTTACTTCATCTGCCCCATCACGGATGACCCAAGCTCGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAAGGTTACTTCATCTGCCCCATCACGGATGACCCAAGCTCGAACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGTCAATTCCAAGGTTAATAAGTACTACAGCAACCTAACAAAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGTCAATTCCAAGGTTAATAAGTACTACAGCAACCTAACAAAAAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGTATAGCTCCAGCGGGTCCCCGGCAAACTCCTTCCACTTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100201 GCGGTATAGCTCCAGCGGGTCCCCGGCAAACTCCTTCCACTTCAAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    247      GAAGCCTGGAAGCACGCAATCCAGAAGGCCAAGCACATGCCCGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ..CAGGAAGCCTGGAAGCACGCAATCCAGAAGGCCAAGCACATGCCCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCTGGGCTGAGTTCCACCTGGAAGATATTGCCACCGAACGTGCTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118946 CCCTGGGCTGAGTTCCACCTGGAAGATATTGCCACCGAACGTGCTACTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACACAG         GTACAACGCCGTCACCGGGGAATGGCTGGATGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118996 ACACAGGTC...CAGGTACAACGCCGTCACCGGGGAATGGCTGGATGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGTTCTGATCAAGATGGCATCTCAG         CCCTTCGGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123061 AAGTTCTGATCAAGATGGCATCTCAGGTG...CAGCCCTTCGGCCGAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAATGAGGGAGTGCTTCCGGAC         GAAGAAGCTCTCCAACTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124940 GCAATGAGGGAGTGCTTCCGGACGTA...CAGGAAGAAGCTCTCCAACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTGCATGCCCAGCAGTGGAAGGGAGCCTCCAACTACGTGGCGAAGCGCT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 125440 CTTGCATGCCCAGCAGTGGAAGGGCGCCTCCAACTACGTGGCGAAGCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATCGAGCCCGTAGACCGGGATGTGTACTTTGAGGACGTGCGTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125490 ACATCGAGCCCGTAGACCGGGATGTGTACTTTGAGGACGTGCGTCTACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGGAGGCCAAGCTCTGGGGGGAGGAGTATAATCGGCACAAGCCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125540 ATGGAGGCCAAGCTCTGGGGGGAGGAGTATAATCGGCACAAGCCCCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAG         GTGGACATCATGCAGATGTGCATCATCGAGCTGAAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125590 GCAGGTG...CAGGTGGACATCATGCAGATGTGCATCATCGAGCTGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAGACCGGGCAAGCCCCTCTTCCACCTGGAGCACTACATCGAGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131056 ACAGACCGGGCAAGCCCCTCTTCCACCTGGAGCACTACATCGAGGGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACATCAAGTACAACTCCAACTCTGGCTTTGTCCGCGATGACAACATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131106 TACATCAAGTACAACTCCAACTCTGGCTTTGTCCGCGATGACAACATCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGACGCCGCAG         GCCTTCAGCCACTTCACTTTTGAGCGTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 131156 CCTGACGCCGCAGGTG...TAGGCCTTCAGCCACTTCACTTTTGAGCGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCGGCCATCAGCTGATAGTGGTGGACATCCAGGGAGTTGGGGATCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131552 CCGGCCATCAGCTGATAGTGGTGGACATCCAGGGAGTTGGGGATCTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTGACCCACAGATCCACACGGAGACGGGCACTGACTTTGGAGACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131602 ACTGACCCACAGATCCACACGGAGACGGGCACTGACTTTGGAGACGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTAG         GTGTCCGCGGGATGGCGCTCTTCTTCTACTCTCATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131652 CCTAGGTA...CAGGTGTCCGCGGGATGGCGCTCTTCTTCTACTCTCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTGCAACCGGATTTGCGAGAGCATGGGCCTTGCTCCCTTTGACCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131950 CCTGCAACCGGATTTGCGAGAGCATGGGCCTTGCTCCCTTTGACCTCTCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCCGGGAGAGGGATGCAGTGAATCAGAACACCAAGCTGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132000 CCCCGGGAGAGGGATGCAGTGAATCAGAACACCAAGCTGCTGGTG...TA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030  CAATCAGCCAAGACCATCTTGAGAGGAACAGAGGAAAAATGTGGGAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132764 GCAATCAGCCAAGACCATCTTGAGAGGAACAGAGGAAAAATGTGGGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCGAGTAAGGACCCTCTCTGGGAGCCGGCCACCCCTGCTCCGTCCCCTT
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132814 CCCAAGTAAGGACCCTCTCTGGGAGCCGGCCACCCCTGCTCCGTCCCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCAGAGAACTCTGGAGACGAGAACATGAGCGACGTGACCTTCGACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132864 TCAGAGAACTCTGGAGACGAGAACATGAGCGACGTGACCTTCGACTCTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCTTCTTCCCCATCTTCGGCCACACCACACAGCCAGAAGCTAGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132914 CCCTTCTTCCCCATCTTCGGCCACACCACACAGCCAGAAGCTAGACCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCC         ATTGGCCAGTGTTCAGTGACCTCGATAACATGGCATCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132964 TCCGTG...CAGATTGGCCAGTGTTCAGTGACCTCGATAACATGGCATCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGAGACCATGATCATCTAGACAACCACCGG         GAGTCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134771 AGAGACCATGATCATCTAGACAACCACCGGGTG...CAGGAGTCTGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TAGTGGGGACAGCGGATACCCCAGTGAGAAGCGGGGTGAGCTGGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137392 TAGTGGGGACAGCGGATACCCCAGTGAGAAGCGGGGTGAGCTGGATGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTGAGCCCCGAGAACAT         GGCCACTCATACAGTAATCGGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 137442 CTGAGCCCCGAGAACATGTA...CAGGGCCACTCATACAGTAATCGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TACGAGTCTGACGAAGACAGCCTGGGCAGCTCTGGACGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139113 TACGAGTCTGACGAAGACAGCCTGGGCAGCTCTGGACGGGTA...CAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATGTGTAGAGAAGTGGAATCTCCTCAACTCCTCCCGCCTCCACCTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140663 ATGTGTAGAGAAGTGGAATCTCCTCAACTCCTCCCGCCTCCACCTGCCGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GGGCTTCGGCCGTGGCCCTGGAAGTGCAAAGGCTTAATGCTCTGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140713 GGGCTTCGGCCGTGGCCCTGGAAGTGCAAAGGCTTAATGCTCTGGACCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAAAGAAAATCGGGAAGTCCATTTTGGGGAAG         GTCCATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 140763 GAAAAGAAAATCGGGAAGTCCATTTTGGGGAAGGTA...CAGGTCCATCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGCCATGGTGCGCTACCACGAGGGTGGGCGCTTCTGCGAGAAGGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140967 GGCCATGGTGCGCTACCACGAGGGTGGGCGCTTCTGCGAGAAGGGCGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGTGGGACCAGGAGTCGGCTGTCTTCCACCTGGAGCACGCAGCCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141017 AGTGGGACCAGGAGTCGGCTGTCTTCCACCTGGAGCACGCAGCCAACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCGAGCTGGAGGCCATCGTGGGCCTGGGACTCATGTACTCGCAGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141067 GGCGAGCTGGAGGCCATCGTGGGCCTGGGACTCATGTACTCGCAGTTGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCATCACATCCTAGCCGATGTCTCTCTGAAG         GAGACAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 141117 TCATCACATCCTAGCCGATGTCTCTCTGAAGGTG...CAGGAGACAGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGAACAAAACCAAAGGATTTGATTACTTACTAAAGGCCGCTGAAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147907 AGAACAAAACCAAAGGATTTGATTACTTACTAAAGGCCGCTGAAGCTGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GACAGGCAGTCCATGATCCTAGTGGCGCGAGCTTTTGACTCTGGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147957 GACAGGCAGTCCATGATCCTAGTGGCGCGAGCTTTTGACTCTGGCCAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CCTCAGCCCGGACAG         GTGCCAAGACTGGCTAGAGGCCCTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 148007 CCTCAGCCCGGACAGGTA...AAGGTGCCAAGACTGGCTAGAGGCCCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACTGGTACAACACTGCCCTGGAGATGACGGACTGTGATGAGGGCGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154495 ACTGGTACAACACTGCCCTGGAGATGACGGACTGTGATGAGGGCGGTGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TACGACGGAATGCAGGACGAGCCCCGGTACATGATGCTGGCCAGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154545 TACGACGGAATGCAGGACGAGCCCCGGTACATGATGCTGGCCAGGGAGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CGAGATGCTGTTCACAGGAGGCTACGGGCTGGAGAAGGACCCGCAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154595 CGAGATGCTGTTCACAGGAGGCTACGGGCTGGAGAAGGACCCGCAGAGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CAG         GGGACTTGTATACCCAGGCAGCAGAGGCAGCGATGGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154645 CAGGTA...CAGGGGACTTGTATACCCAGGCAGCAGAGGCAGCGATGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GCCATGAAGGGCCGACTGGCCAACCAGTACTACCAAAAGGCTGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158196 GCCATGAAGGGCCGACTGGCCAACCAGTACTACCAAAAGGCTGAAGAGGC

   2300     .    :    .
   2157 CTGGGCCCAGATGGAGGAG
        |||||||||||||||||||
 158246 CTGGGCCCAGATGGAGGAG