seq1 = pF1KB5584.tfa, 1923 bp
seq2 = pF1KB5584/gi568815597f_117268184.tfa (gi568815597f:117268184_117622954), 354771 bp

>pF1KB5584 1923
>gi568815597f:117268184_117622954 (Chr1)

1-302  (100001-100302)   100% ->
303-558  (134003-134258)   100% ->
559-655  (137366-137462)   100% ->
656-774  (146530-146648)   100% ->
775-855  (152386-152466)   100% ->
856-950  (174048-174142)   100% ->
951-1074  (192306-192429)   100% ->
1075-1168  (198151-198244)   100% ->
1169-1284  (224964-225079)   100% ->
1285-1504  (228580-228799)   100% ->
1505-1677  (231199-231371)   100% ->
1678-1793  (234672-234787)   100% ->
1794-1923  (254642-254771)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTACCCCAGCCCTGCTGCCCCTCTCTGGACGTAGGATACCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTACCCCAGCCCTGCTGCCCCTCTCTGGACGTAGGATACCACCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACCTGGGGCCGCCTTCCTTCCCACATCACAGGGCTACCTTGAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACCTGGGGCCGCCTTCCTTCCCACATCACAGGGCTACCTTGAGACTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAGAAGTTTATTCTTCTCCTTATTCTTAGTGCCTTCATCACTCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAGAAGTTTATTCTTCTCCTTATTCTTAGTGCCTTCATCACTCTGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGGGGCATTCTTTTTCCTTCCAGACTCTTCAAAACACAAACGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGGGGCATTCTTTTTCCTTCCAGACTCTTCAAAACACAAACGCTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTGGGTTTAGAAGATGTGTTAATTCCACATGTAGATGCCGGTAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTGGGTTTAGAAGATGTGTTAATTCCACATGTAGATGCCGGTAAAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTAAAAACCCCGGAGTCTTCCTGATCCATGGACCCGATGAACATAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTAAAAACCCCGGAGTCTTCCTGATCCATGGACCCGATGAACATAGACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AG         GGAAGAGGAAGAACGTCTGAGAAATAAAATTCGAGCTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGTT...CAGGGAAGAGGAAGAACGTCTGAGAAATAAAATTCGAGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCATGAGAAGGCCTTGGAAGAAGCAAAAGAAAAATTAAGAAAGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134042 TCATGAGAAGGCCTTGGAAGAAGCAAAAGAAAAATTAAGAAAGTCAAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGAAATTCGAGCAGAAATTCAGACAGAGAAAAATAAGGTAGTCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134092 AGGAAATTCGAGCAGAAATTCAGACAGAGAAAAATAAGGTAGTCCAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGAAGATAAAAGAGAACAAGCCACTGCCACCAGTCCCTATTCCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134142 ATGAAGATAAAAGAGAACAAGCCACTGCCACCAGTCCCTATTCCCAACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTAGGAATACGTGGTGGAGACCCAGAAGATAATGACATAAGAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134192 TGTAGGAATACGTGGTGGAGACCCAGAAGATAATGACATAAGAGAGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGAAAAAATTAAAGAG         ATGATGAAACATGCTTGGGATAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 134242 GGGAAAAAATTAAAGAGGTA...CAGATGATGAAACATGCTTGGGATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TATAGGACATATGGGTGGGGACATAATGAACTCAGACCTATTGCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137390 TATAGGACATATGGGTGGGGACATAATGAACTCAGACCTATTGCAAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGACACTCCCCTAACATATTTG         GAAGTTCACAAATGGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 137440 AGGACACTCCCCTAACATATTTGGTA...TAGGAAGTTCACAAATGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTACCATAGTAGATGCTTTGGATACCCTTTATATCATGGGACTTCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146548 CTACCATAGTAGATGCTTTGGATACCCTTTATATCATGGGACTTCATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAATTCCTAGATGGGCAAAGATGGATTGAAGACAACCTTGATTTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146598 GAATTCCTAGATGGGCAAAGATGGATTGAAGACAACCTTGATTTCAGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 G         AATTCAGAGGTGTCTGTGTTTGAAGTCAACATTCGATTTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146648 GGTG...CAGAATTCAGAGGTGTCTGTGTTTGAAGTCAACATTCGATTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGGAGGCCTACTTGCAGCATATTACCTATCAGGAGAGGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 152426 TTGGAGGCCTACTTGCAGCATATTACCTATCAGGAGAGGAGGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATATTCAAGATTAAAGCAGTGCAATTGGCTGAGAAACTCCTTCCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174048 ATATTCAAGATTAAAGCAGTGCAATTGGCTGAGAAACTCCTTCCTGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAACACACCTACTGGGATTCCTTGGGCAATGGTGAATTTGAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 174098 TAACACACCTACTGGGATTCCTTGGGCAATGGTGAATTTGAAAAGGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951     TGGAGTAGGGCGAAACTGGGGCTGGGCATCTGCAGGTAGCAGCATT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174148 .CAGTGGAGTAGGGCGAAACTGGGGCTGGGCATCTGCAGGTAGCAGCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGCTGAATTTGGTACACTACATATGGAGTTCATCCACCTCAGCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192352 CTGGCTGAATTTGGTACACTACATATGGAGTTCATCCACCTCAGCTACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GACAGGGGACCTGACTTACTACAAAAAG         GTTATGCACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 192402 GACAGGGGACCTGACTTACTACAAAAAGGTT...CAGGTTATGCACATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGAAACTACTTCAGAAAATGGATCGTCCAAATGGTCTTTATCCAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198164 GGAAACTACTTCAGAAAATGGATCGTCCAAATGGTCTTTATCCAAATTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTGAACCCCAGAACAGGGCGCTGGGGTCAGT         ATCATACATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 198214 TTGAACCCCAGAACAGGGCGCTGGGGTCAGTGTA...CAGATCATACATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTCGGTGGCCTGGGAGACAGTTTTTATGAATACTTACTGAAAGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224974 TGTCGGTGGCCTGGGAGACAGTTTTTATGAATACTTACTGAAAGCATGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGATGTCAGATAAAACAGACCATGAGGCAAGAAAGATGTATGATGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225024 TGATGTCAGATAAAACAGACCATGAGGCAAGAAAGATGTATGATGATGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATTGAG         GCTATAGAAAAACATCTTATTAAGAAGTCTCGTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225074 ATTGAGGTG...TAGGCTATAGAAAAACATCTTATTAAGAAGTCTCGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGGTCTTACCTTTATTGGAGAATGGAAGAATGGGCACTTGGAAAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228615 AGGTCTTACCTTTATTGGAGAATGGAAGAATGGGCACTTGGAAAAAAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGGGCATTTGGCCTGCTTTGCTGGGGGAATGTTTGCACTAGGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228665 TGGGGCATTTGGCCTGCTTTGCTGGGGGAATGTTTGCACTAGGAGCAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGTTCCAGAGCAGATAAAGCTGGTCATTATTTAGAGCTAGGGGCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228715 GGTTCCAGAGCAGATAAAGCTGGTCATTATTTAGAGCTAGGGGCAGAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGCACGTACTTGTCATGAGTCATATGACAGAACTG         CATTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 228765 TGCACGTACTTGTCATGAGTCATATGACAGAACTGGTA...CAGCATTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCTAGGTCCTGAATCATTCAAGTTTGATGGTGCAGTGGAGGCTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231205 AGCTAGGTCCTGAATCATTCAAGTTTGATGGTGCAGTGGAGGCTGTGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTCCGGCAGGCTGAAAAGTATTATATCCTCCGTCCAGAAGTAATTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231255 GTCCGGCAGGCTGAAAAGTATTATATCCTCCGTCCAGAAGTAATTGAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTATTGGTACCTATGGCGATTCACTCACGATCCAAGATACAGGCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231305 CTATTGGTACCTATGGCGATTCACTCACGATCCAAGATACAGGCAGTGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCTGGGAAGCAGCACTG         GCCATTGAAAAGTATTGCCGAGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 231355 GCTGGGAAGCAGCACTGGTA...TAGGCCATTGAAAAGTATTGCCGAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AATGGTGGGTTTTCTGGAGTCAAAGATGTATATTCCTCTACTCCTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234696 AATGGTGGGTTTTCTGGAGTCAAAGATGTATATTCCTCTACTCCTACACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGATGATGTACAGCAGAGCTTTTTTCTTGCTGAAACATTAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 234746 TGATGATGTACAGCAGAGCTTTTTTCTTGCTGAAACATTAAAGTA...CA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1794  ATATTTGTATCTGCTGTTCTCCGGTGATGACCTTTTACCTTTAGACCAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254641 GATATTTGTATCTGCTGTTCTCCGGTGATGACCTTTTACCTTTAGACCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TGGGTGTTTAATACAGAGGCTCACCCTCTGCCTGTGTTACATTTAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254691 TGGGTGTTTAATACAGAGGCTCACCCTCTGCCTGTGTTACATTTAGCCAA

   2000     .    :    .    :    .    :
   1893 CACCACACTTTCAGGTAATCCTGCTGTTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 254741 CACCACACTTTCAGGTAATCCTGCTGTTCGA