seq1 = pF1KB5580.tfa, 1845 bp
seq2 = pF1KB5580/gi568815595f_14903915.tfa (gi568815595f:14903915_15143005), 239091 bp

>pF1KB5580 1845
>gi568815595f:14903915_15143005 (Chr3)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-129  (100643-100699)   100% ->
130-330  (109675-109875)   100% ->
331-433  (112238-112340)   100% ->
434-613  (116839-117018)   100% ->
614-761  (119286-119433)   100% ->
762-855  (120201-120294)   100% ->
856-989  (124672-124805)   100% ->
990-1167  (126361-126538)   100% ->
1168-1289  (128465-128586)   100% ->
1290-1429  (130756-130895)   100% ->
1430-1567  (134086-134223)   100% ->
1568-1673  (135208-135313)   100% ->
1674-1845  (138920-139091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAGCCCCTCCCCACGCATCCAGATAATCTCCACCGACTCTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAGCCCCTCCCCACGCATCCAGATAATCTCCACCGACTCTGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTCACCTCAGCGCATTCAG         GGCTCTGAACCTGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 AGCCTCACCTCAGCGCATTCAGGTA...TAGGGCTCTGAACCTGCCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCATTGAGTGTTTTCACATCTTTGAACAAAGAGAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100662 GCCCATTGAGTGTTTTCACATCTTTGAACAAAGAGAAGGTA...TAGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCACAGACCAGCAGACAGGACAGAAAATCCAGATAGTCACCGCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109678 GTCACAGACCAGCAGACAGGACAGAAAATCCAGATAGTCACCGCAGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGCCTCCGGATCCCCCAAACAGCAGTTCATCCTGACCAGCCCAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109728 CGCCTCCGGATCCCCCAAACAGCAGTTCATCCTGACCAGCCCAGATGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGAACTGGGAAGGTGATCCTGGCTTCCCCAGAGACATCCAGCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109778 CTGGAACTGGGAAGGTGATCCTGGCTTCCCCAGAGACATCCAGCGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAACTCATATTCACCACCTCAGACAACCTCGTCCCTGGCAGGATCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109828 CAACTCATATTCACCACCTCAGACAACCTCGTCCCTGGCAGGATCCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        ATTGTCACGGATTCTGCCTCTGTGGAGCGTTTACTGGGGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109878 A...CAGATTGTCACGGATTCTGCCTCTGTGGAGCGTTTACTGGGGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGACGTCCAGCGGCCCCAGGTGGTAGAGTACTGTGTGGTCTGTGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112281 CGGACGTCCAGCGGCCCCAGGTGGTAGAGTACTGTGTGGTCTGTGGCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGCCTCCG         GCCGTCACTATGGGGCTGTCAGTTGTGAAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112331 AAAGCCTCCGGTA...CAGGCCGTCACTATGGGGCTGTCAGTTGTGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTGCAAAGGTTTCTTCAAAAGGAGTGTGAGGAAAAATTTGACCTACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116870 TTGCAAAGGTTTCTTCAAAAGGAGTGTGAGGAAAAATTTGACCTACAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCGGAGCAACCAAGACTGCATCATCAATAAACATCACCGGAACCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116920 GCCGGAGCAACCAAGACTGCATCATCAATAAACATCACCGGAACCGCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTTTTGCCGGCTGAAAAAATGCTTAGAGATGGGCATGAAAATGGAAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116970 CAGTTTTGCCGGCTGAAAAAATGCTTAGAGATGGGCATGAAAATGGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614         CTGTGCAGAGTGAACGGAAGCCCTTCGATGTGCAACGGGAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117020 TG...AAGCTGTGCAGAGTGAACGGAAGCCCTTCGATGTGCAACGGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACCAAGCAATTGTGCTGCTTCAACTGAGAAAATCTATATCCGGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119328 AACCAAGCAATTGTGCTGCTTCAACTGAGAAAATCTATATCCGGAAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGAGAAGTCCCCTGATAGCTACTCCCACGTTTGTGGCAGACAAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119378 CTGAGAAGTCCCCTGATAGCTACTCCCACGTTTGTGGCAGACAAAGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCAAG         ACAAACAGGTCTTCTTGATCCAGGGATGCTTGTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119428 AGCAAGGTC...TAGACAAACAGGTCTTCTTGATCCAGGGATGCTTGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACATCCAGCAGCCTTTGATACGTGAGGATGGTACAGTTCTCCTGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120236 ACATCCAGCAGCCTTTGATACGTGAGGATGGTACAGTTCTCCTGGCCACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATTCTAAG         GCTGAAACAAGCCAGGGAGCTCTGGGCACACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120286 GATTCTAAGGTG...TAGGCTGAAACAAGCCAGGGAGCTCTGGGCACACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCAAATGTAGTGACCTCCCTTGCCAACCTAAGTGAATCTTTGAACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124704 GGCAAATGTAGTGACCTCCCTTGCCAACCTAAGTGAATCTTTGAACAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGACACTTCAGAAATCCAGCCAGAGGACCAGTCTGCAAGTGAGATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124754 GTGACACTTCAGAAATCCAGCCAGAGGACCAGTCTGCAAGTGAGATAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CG         GGCATTTGATACCTTAGCTAAAGCACTTAATACCACAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124804 CGGTA...CAGGGCATTTGATACCTTAGCTAAAGCACTTAATACCACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGCTCCTCTTCTCCAAGCTTGGCAGATGGGATAGACACCAGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126400 CAGCTCCTCTTCTCCAAGCTTGGCAGATGGGATAGACACCAGTGGAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGAGCATCCACGTCATCAGCAGAGACCAGTCGACACCCATCATTGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126450 GGAGCATCCACGTCATCAGCAGAGACCAGTCGACACCCATCATTGAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGGCCCCCTCCTTTCAGACACACACGTCACATTTAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126500 GAAGGCCCCCTCCTTTCAGACACACACGTCACATTTAAGGTG...CAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AACAATGCCCAGTCCAATGCCAGAGTACCTCAACGTGCACTACATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128467 AACAATGCCCAGTCCAATGCCAGAGTACCTCAACGTGCACTACATCTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTCTGCATCCCGTCTGCTTTTCCTCTCAATGCACTGGGCTCGGTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128517 AGTCTGCATCCCGTCTGCTTTTCCTCTCAATGCACTGGGCTCGGTCAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCAGCCTTTCAGGCACTTGG         GCAGGACTGCAACACCAGCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128567 CCAGCCTTTCAGGCACTTGGGTA...TAGGCAGGACTGCAACACCAGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGTGCGGGCCTGCTGGAATGAGCTCTTCACCCTCGGCCTGGCCCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130777 TGTGCGGGCCTGCTGGAATGAGCTCTTCACCCTCGGCCTGGCCCAGTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCCAGGTCATGAGTCTCTCCACCATCCTGGCTGCCATTGTCAACCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130827 CCCAGGTCATGAGTCTCTCCACCATCCTGGCTGCCATTGTCAACCACCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGAACAGCATCCAGGAAG         ATAAACTTTCTGGTGACCGGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130877 CAGAACAGCATCCAGGAAGGTA...TAGATAAACTTTCTGGTGACCGGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAAGCAAGTCATGGAGCACATCTGGAAGCTGCAGGAGTTCTGTAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134108 AAAGCAAGTCATGGAGCACATCTGGAAGCTGCAGGAGTTCTGTAACAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGGCGAAGCTGGATATAGATGGCTATGAGTATGCATACCTTAAAGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134158 TGGCGAAGCTGGATATAGATGGCTATGAGTATGCATACCTTAAAGCTATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTTCTCTTTAGCCCCG         ATCATCCAGGTTTGACCAGCACAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 134208 GTTCTCTTTAGCCCCGGTA...CAGATCATCCAGGTTTGACCAGCACAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCAGATTGAAAAATTCCAAGAAAAGGCACAGATGGAGTTGCAGGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135233 CCAGATTGAAAAATTCCAAGAAAAGGCACAGATGGAGTTGCAGGACTATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TTCAGAAAACCTACTCAGAAGACACCTACCG         ATTGGCCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 135283 TTCAGAAAACCTACTCAGAAGACACCTACCGGTG...TAGATTGGCCCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATCCTCGTTCGCCTGCCGGCACTCAGGCTGATGAGCTCCAACATAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138930 ATCCTCGTTCGCCTGCCGGCACTCAGGCTGATGAGCTCCAACATAACAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGAACTTTTTTTTACTGGTCTCATTGGCAATGTTTCGATAGACAGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138980 AGAACTTTTTTTTACTGGTCTCATTGGCAATGTTTCGATAGACAGCATAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TCCCCTACATCCTCAAGATGGAGACAGCAGAGTATAATGGCCAGATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139030 TCCCCTACATCCTCAAGATGGAGACAGCAGAGTATAATGGCCAGATCACC

   1950     .    :
   1834 GGAGCCAGTCTA
        ||||||||||||
 139080 GGAGCCAGTCTA