seq1 = pF1KB5572.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB5572/gi568815597f_85480985.tfa (gi568815597f:85480985_85683039), 202055 bp

>pF1KB5572 1143
>gi568815597f:85480985_85683039 (Chr1)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-277  (100381-100594)   100% ->
278-634  (100944-101300)   100% ->
635-843  (101432-101640)   100% ->
844-1143  (101756-102055)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCCCGCATCGCCAGGGCGCTCGCCTTAGTCGTCACCCTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCCCGCATCGCCAGGGCGCTCGCCTTAGTCGTCACCCTTCTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGACCAGGCTG         GCGCTCTCCACCTGCCCCGCTGCCTGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGACCAGGCTGGTG...CAGGCGCTCTCCACCTGCCCCGCTGCCTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGCCCCCTGGAGGCGCCCAAGTGCGCGCCGGGAGTCGGGCTGGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100409 ACTGCCCCCTGGAGGCGCCCAAGTGCGCGCCGGGAGTCGGGCTGGTCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACGGCTGCGGCTGCTGTAAGGTCTGCGCCAAGCAGCTCAACGAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100459 GACGGCTGCGGCTGCTGTAAGGTCTGCGCCAAGCAGCTCAACGAGGACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCAAAACGCAGCCCTGCGACCACACCAAGGGGCTGGAATGCAACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 CAGCAAAACGCAGCCCTGCGACCACACCAAGGGGCTGGAATGCAACTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGCCAGCTCCACCGCTCTGAAGGGGATCTGCAGAG         CTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100559 GCGCCAGCTCCACCGCTCTGAAGGGGATCTGCAGAGGTA...CAGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGAGGGCAGACCCTGTGAATATAACTCCAGAATCTACCAAAACGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 TCAGAGGGCAGACCCTGTGAATATAACTCCAGAATCTACCAAAACGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGTTTCCAGCCCAACTGTAAACATCAGTGCACATGTATTGATGGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100999 AAGTTTCCAGCCCAACTGTAAACATCAGTGCACATGTATTGATGGCGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGGCTGCATTCCTCTGTGTCCCCAAGAACTATCTCTCCCCAACTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101049 TGGGCTGCATTCCTCTGTGTCCCCAAGAACTATCTCTCCCCAACTTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTCCCAACCCTCGGCTGGTCAAAGTTACCGGGCAGTGCTGCGAGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101099 TGTCCCAACCCTCGGCTGGTCAAAGTTACCGGGCAGTGCTGCGAGGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTCTGTGACGAGGATAGTATCAAGGACCCCATGGAGGACCAGGACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101149 GGTCTGTGACGAGGATAGTATCAAGGACCCCATGGAGGACCAGGACGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTTGGCAAGGAGCTGGGATTCGATGCCTCCGAGGTGGAGTTGACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 TCCTTGGCAAGGAGCTGGGATTCGATGCCTCCGAGGTGGAGTTGACGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACAATGAATTGATTGCAGTTGGAAAAGGCAGCTCACTGAAGCGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101249 AACAATGAATTGATTGCAGTTGGAAAAGGCAGCTCACTGAAGCGGCTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TG         TTTTTGGAATGGAGCCTCGCATCCTATACAACCCTTTAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 TGGTA...TAGTTTTTGGAATGGAGCCTCGCATCCTATACAACCCTTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGGCCAGAAATGTATTGTTCAAACAACTTCATGGTCCCAGTGCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101471 AAGGCCAGAAATGTATTGTTCAAACAACTTCATGGTCCCAGTGCTCAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCTGTGGAACTGGTATCTCCACACGAGTTACCAATGACAACCCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101521 ACCTGTGGAACTGGTATCTCCACACGAGTTACCAATGACAACCCTGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCGCCTTGTGAAAGAAACCCGGATTTGTGAGGTGCGGCCTTGTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101571 CCGCCTTGTGAAAGAAACCCGGATTTGTGAGGTGCGGCCTTGTGGACAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CAGTGTACAGCAGCCTGAAA         AAGGGCAAGAAATGCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101621 CAGTGTACAGCAGCCTGAAAGTA...CAGAAGGGCAAGAAATGCAGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACCAAGAAATCCCCCGAACCAGTCAGGTTTACTTACGCTGGATGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101777 ACCAAGAAATCCCCCGAACCAGTCAGGTTTACTTACGCTGGATGTTTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGTGAAGAAATACCGGCCCAAGTACTGCGGTTCCTGCGTGGACGGCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101827 TGTGAAGAAATACCGGCCCAAGTACTGCGGTTCCTGCGTGGACGGCCGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCTGCACGCCCCAGCTGACCAGGACTGTGAAGATGCGGTTCCGCTGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101877 GCTGCACGCCCCAGCTGACCAGGACTGTGAAGATGCGGTTCCGCTGCGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GATGGGGAGACATTTTCCAAGAACGTCATGATGATCCAGTCCTGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 GATGGGGAGACATTTTCCAAGAACGTCATGATGATCCAGTCCTGCAAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAACTACAACTGCCCGCATGCCAATGAAGCAGCGTTTCCCTTCTACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101977 CAACTACAACTGCCCGCATGCCAATGAAGCAGCGTTTCCCTTCTACAGGC

   1150     .    :    .    :    .
   1115 TGTTCAATGACATTCACAAATTTAGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102027 TGTTCAATGACATTCACAAATTTAGGGAC