seq1 = pF1KB5566.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KB5566/gi568815597f_151299588.tfa (gi568815597f:151299588_151501630), 202043 bp

>pF1KB5566 792
>gi568815597f:151299588_151501630 (Chr1)

1-140  (100001-100140)   99% ->
141-347  (100394-100600)   100% ->
348-494  (100855-101001)   100% ->
495-576  (101177-101258)   100% ->
577-693  (101652-101768)   100% ->
694-782  (101955-102043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCGTTTTTGGGGTCGCGGTCCGGACTTTGGGCGGGGGGTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCGTTTTTGGGGTCGCGGTCCGGACTTTGGGCGGGGGGTCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGGACAGTTTTACCGCATTCCATCCACTCCCGATTCCTTCATGGATC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGGACAGTTTTACCGCATTCCGTCCACTCCCGATTCCTTCATGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCGTCTGCACTTTACAGAGGTCCAATCACGCGGACCCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 CGGCGTCTGCACTTTACAGAGGTCCAATCACGCGGACCCAGTA...TAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCCATGGTGACCGGGACCTCAGTCCTCGGCGTTAAGTTCGAGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100395 AACCCCATGGTGACCGGGACCTCAGTCCTCGGCGTTAAGTTCGAGGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGGTGATTGCCGCAGACATGCTGGGATCCTACGGCTCCTTGGCTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 AGTGGTGATTGCCGCAGACATGCTGGGATCCTACGGCTCCTTGGCTCGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCGCAACATCTCTCGCATTATGCGAGTCAACAACAGTACCATGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100495 TCCGCAACATCTCTCGCATTATGCGAGTCAACAACAGTACCATGCTGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTCTGGCGACTACGCTGATTTCCAGTATTTGAAGCAAGTTCTCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 GCCTCTGGCGACTACGCTGATTTCCAGTATTTGAAGCAAGTTCTCGGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATGGT         GATTGATGAGGAGCTTCTGGGAGATGGACACAGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100595 GATGGTGTA...AAGGATTGATGAGGAGCTTCTGGGAGATGGACACAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAGTCCTAGAGCTATTCATTCATGGCTGACCAGGGCCATGTACAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100890 ATAGTCCTAGAGCTATTCATTCATGGCTGACCAGGGCCATGTACAGCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCTCGAAGATGAACCCTTTGTGGAACACCATGGTCATCGGAGGCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100940 CGCTCGAAGATGAACCCTTTGTGGAACACCATGGTCATCGGAGGCTATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGATGGAGAGAG         CTTCCTCGGTTATGTGGACATGCTTGGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100990 TGATGGAGAGAGGTT...TAGCTTCCTCGGTTATGTGGACATGCTTGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGCCTATGAAGCCCCTTCGCTGGCCACTGGTTATGGTGCATACTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 TAGCCTATGAAGCCCCTTCGCTGGCCACTGGTTATGGTGCATACTTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAG         CCTCTGCTGCGAGAAGTTCTGGAGAAGCAGCCAGTGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101256 CAGGTA...TAGCCTCTGCTGCGAGAAGTTCTGGAGAAGCAGCCAGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAGCCAGACCGAGGCCCGCGACTTAGTAGAACGCTGCATGCGAGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101690 AAGCCAGACCGAGGCCCGCGACTTAGTAGAACGCTGCATGCGAGTGCTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTACCGAGATGCCCGTTCTTACAACCGG         TTTCAAATCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101740 ACTACCGAGATGCCCGTTCTTACAACCGGGTG...CAGTTTCAAATCGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTGTCACCGAAAAAGGTGTTGAAATAGAGGGACCATTGTCTACAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101967 ACTGTCACCGAAAAAGGTGTTGAAATAGAGGGACCATTGTCTACAGAGAC

    800     .    :    .    :    .
    756 CAACTGGGATATTGCCCACATGATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 102017 CAACTGGGATATTGCCCACATGATCAG