seq1 = pF1KB5557.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KB5557/gi568815575r_38049714.tfa (gi568815575r:38049714_38278346), 228633 bp

>pF1KB5557 1392
>gi568815575r:38049714_38278346 (ChrX)

(complement)

1-97  (57555-57651)   100% ->
98-157  (100003-100062)   100% ->
158-349  (103996-104187)   100% ->
350-526  (106290-106466)   100% ->
527-653  (113452-113578)   100% ->
654-775  (117293-117414)   100% ->
776-955  (118151-118330)   100% ->
956-1089  (121318-121451)   100% ->
1090-1211  (123764-123885)   100% ->
1212-1392  (128453-128633)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCCCCGCACATCGGCCCGCGCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57555 ATGGGGAGCCCCGCACATCGGCCCGCGCTGCTGCTGCTGCTGCCGCCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGCGTCCCGCCCAGCCGCAGCTTCCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
  57605 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGCGTCCCGCCCAGCCGCAGCTTCCCAGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       GATCGGGAGACTCACCACTAGAAGACGATGAAGTCGGGTATTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  57655 ...TAGGATCGGGAGACTCACCACTAGAAGACGATGAAGTCGGGTATTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCCTAGATATAAAG         ATACCCCGTGGTGCTCCCCCATCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100047 CACCCTAGATATAAAGGTG...TAGATACCCCGTGGTGCTCCCCCATCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGAAGTATGGGGATGTGTACTGCAGGGCCCCTCAAGGAGGATACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104021 GGTGAAGTATGGGGATGTGTACTGCAGGGCCCCTCAAGGAGGATACTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAACAGCCCTGGGAACCAGGTGCGACATTCGCTGCCAGAAGGGCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104071 AAACAGCCCTGGGAACCAGGTGCGACATTCGCTGCCAGAAGGGCTACGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCATGGCTCTTCCCTACTGATCTGCCAGTCAAACAAACGATGGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104121 CTGCATGGCTCTTCCCTACTGATCTGCCAGTCAAACAAACGATGGTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGTCATCTGCAAAC         AAAAGCGATGTCCTACCCTTGCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104171 CAAGGTCATCTGCAAACGTG...CAGAAAAGCGATGTCCTACCCTTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCCAGCAAATGGAGGGTTTAAGTGTGTAGATGGTGCCTACTTTAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106314 TGCCAGCAAATGGAGGGTTTAAGTGTGTAGATGGTGCCTACTTTAACTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGTGTGAGTATTATTGTTCACCAGGATACACGTTGAAAGGGGAGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106364 CGGTGTGAGTATTATTGTTCACCAGGATACACGTTGAAAGGGGAGCGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTCACATGTATGGACAACAAGGCCTGGAGCGGCCGGCCAGCCTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106414 CGTCACATGTATGGACAACAAGGCCTGGAGCGGCCGGCCAGCCTCCTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGG         ATATGGAACCTCCTAGAATCAAGTGCCCAAGTGTGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106464 TGGGTA...CAGATATGGAACCTCCTAGAATCAAGTGCCCAAGTGTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAACGCATTGCAGAACCCAACAAACTGACAGTCCGGGTGTCCTGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113490 GAACGCATTGCAGAACCCAACAAACTGACAGTCCGGGTGTCCTGGGAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCCGAAGGAAGAGACACAGCAGATGGAATTCTTACTGA         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113540 ACCCGAAGGAAGAGACACAGCAGATGGAATTCTTACTGAGTA...AAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATTCTAAAAGGCCTCCCCCCAGGCTCCAACTTTCCAGAAGGAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117295 TCATTCTAAAAGGCCTCCCCCCAGGCTCCAACTTTCCAGAAGGAGACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGATCCAGTACACAGTCTATGACAGAGCTGAGAATAAGGGCACTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117345 AAGATCCAGTACACAGTCTATGACAGAGCTGAGAATAAGGGCACTTGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTTCGAGTTAAAGTAAGAG         TCAAACGCTGTGGCAAACTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 117395 ATTTCGAGTTAAAGTAAGAGGTA...CAGTCAAACGCTGTGGCAAACTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGCCCCAGAGAATGGTTACATGAAGTGCTCCAGCGACGGTGATAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118172 ATGCCCCAGAGAATGGTTACATGAAGTGCTCCAGCGACGGTGATAATTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGAGCCACCTGTGAGTTCTCCTGCATCGGCGGCTATGAGCTCCAGGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118222 GGAGCCACCTGTGAGTTCTCCTGCATCGGCGGCTATGAGCTCCAGGGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTGCCCGAGTATGTCAATCCAACCTGGCTTGGTCTGGCACGGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118272 CCCTGCCCGAGTATGTCAATCCAACCTGGCTTGGTCTGGCACGGAGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTGTGCAG         CCATGAACGTCAATGTGGGTGTCAGAACGGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118322 CCTGTGCAGGTA...CAGCCATGAACGTCAATGTGGGTGTCAGAACGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCTGCACTTCTGGATCAGTTTTATGAGAAAAGGAGACTCCTCATTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121350 GCTGCACTTCTGGATCAGTTTTATGAGAAAAGGAGACTCCTCATTGTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACACCCACAGCCCGAAACCTCCTTTACCGGCTCCAGCTAGGAATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121400 CACACCCACAGCCCGAAACCTCCTTTACCGGCTCCAGCTAGGAATGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AG         CAAGCACAGTGTGGCCTTGATCTTCGACACATCACCGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121450 AGGTG...CAGCAAGCACAGTGTGGCCTTGATCTTCGACACATCACCGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGAGCTGGTGGGTGTGTTCCCGACTCTCATTGGCAGGATAGGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123803 GTGGAGCTGGTGGGTGTGTTCCCGACTCTCATTGGCAGGATAGGAGCAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GATTATGCCTCCAGCCCTAGCGCTGCAGCTCAG         GCTGTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 123853 GATTATGCCTCCAGCCCTAGCGCTGCAGCTCAGGTA...CAGGCTGTTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGCGAATCCCACTCTACTCCTTCAGTATGGTGCTAGTGGATAAGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128461 TGCGAATCCCACTCTACTCCTTCAGTATGGTGCTAGTGGATAAGCATGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATGGACAAAGAGCGCTATGTCTCCCTGGTGATGCCTGTGGCCCTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128511 ATGGACAAAGAGCGCTATGTCTCCCTGGTGATGCCTGTGGCCCTGTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTGATTGACACTTTTCCCTTGAGAAAAGAAGAGATGGTCCTACAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128561 CCTGATTGACACTTTTCCCTTGAGAAAAGAAGAGATGGTCCTACAAGCCG

   1450     .    :    .    :
   1370 AAATGAGCCAGACCTGTAACACC
        |||||||||||||||||||||||
 128611 AAATGAGCCAGACCTGTAACACC