seq1 = pF1KB5555.tfa, 1356 bp
seq2 = pF1KB5555/gi568815587f_128658113.tfa (gi568815587f:128658113_128910985), 252873 bp

>pF1KB5555 1356
>gi568815587f:128658113_128910985 (Chr11)

1-18  (36147-36164)   100% ->
19-230  (100003-100214)   100% ->
231-385  (110006-110160)   100% ->
386-589  (114670-114873)   100% ->
590-655  (123846-123911)   100% ->
656-721  (147254-147319)   100% ->
722-781  (149068-149127)   100% ->
782-829  (151045-151092)   100% ->
830-1356  (152347-152873)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGGACTATTAAG         GAGGCTCTGTCGGTGGTGAGCGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  36147 ATGGACGGGACTATTAAGGTA...CAGGAGGCTCTGTCGGTGGTGAGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGACCAGTCCCTCTTTGACTCAGCGTACGGAGCGGCAGCCCATCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 CGACCAGTCCCTCTTTGACTCAGCGTACGGAGCGGCAGCCCATCTCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCCGACATGACTGCCTCGGGGAGTCCTGACTACGGGCAGCCCCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 AGGCCGACATGACTGCCTCGGGGAGTCCTGACTACGGGCAGCCCCACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAACCCCCTCCCACCACAGCAGGAGTGGATCAATCAGCCAGTGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100126 ATCAACCCCCTCCCACCACAGCAGGAGTGGATCAATCAGCCAGTGAGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACGTCAAGCGGGAGTATGACCACATGAATGGATCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100176 CAACGTCAAGCGGGAGTATGACCACATGAATGGATCCAGGTA...TAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTCTCCGGTGGACTGCAGCGTTAGCAAATGCAGCAAGCTGGTGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110008 AGTCTCCGGTGGACTGCAGCGTTAGCAAATGCAGCAAGCTGGTGGGCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCGAGTCCAACCCCATGAACTACAACAGCTATATGGACGAGAAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110058 GGCGAGTCCAACCCCATGAACTACAACAGCTATATGGACGAGAAGAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCCCTCCTCCCAACATGACCACCAACGAGAGGAGAGTCATCGTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110108 CCCCCCTCCTCCCAACATGACCACCAACGAGAGGAGAGTCATCGTCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAG         ACCCCACACTGTGGACACAGGAGCATGTGAGGCAATGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110158 CAGGTA...CAGACCCCACACTGTGGACACAGGAGCATGTGAGGCAATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGAGTGGGCCATAAAGGAGTACAGCTTGATGGAGATCGACACATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114708 CTGGAGTGGGCCATAAAGGAGTACAGCTTGATGGAGATCGACACATCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCCAGAACATGGATGGCAAGGAACTGTGTAAAATGAACAAGGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114758 TTTCCAGAACATGGATGGCAAGGAACTGTGTAAAATGAACAAGGAGGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTCCGCGCCACCACCCTCTACAACACGGAAGTGCTGTTGTCACACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114808 TCCTCCGCGCCACCACCCTCTACAACACGGAAGTGCTGTTGTCACACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTTACCTCAGGGAAA         GTTCACTGCTGGCCTATAATACAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114858 AGTTACCTCAGGGAAAGTA...CAGGTTCACTGCTGGCCTATAATACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCCCACACCGACCAATCCTCACGATTGAGTGTCAAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123871 CTCCCACACCGACCAATCCTCACGATTGAGTGTCAAAGAAGGTA...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCCTTCTTATGACTCAGTCAGAAGAGGAGCTTGGGGCAATAACATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147254 ACCCTTCTTATGACTCAGTCAGAAGAGGAGCTTGGGGCAATAACATGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGGCCTCAACAAAA         GTCCTCCCCTTGGAGGGGCACAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 147304 TCTGGCCTCAACAAAAGTA...CAGGTCCTCCCCTTGGAGGGGCACAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATCAGTAAGAATACAGAGCAACGGCCCCAGCCAG         ATCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 149093 GATCAGTAAGAATACAGAGCAACGGCCCCAGCCAGGTA...TAGATCCGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCAGATCCTGGGCCCGACCAGCAGTCGCCTAGCCAACCCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 151051 ATCAGATCCTGGGCCCGACCAGCAGTCGCCTAGCCAACCCTGGTG...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830  GAAGCGGGCAGATCCAGCTGTGGCAATTCCTCCTGGAGCTGCTCTCCGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152346 GGAAGCGGGCAGATCCAGCTGTGGCAATTCCTCCTGGAGCTGCTCTCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGCGCCAACGCCAGCTGTATCACCTGGGAGGGGACCAACGGGGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152396 CAGCGCCAACGCCAGCTGTATCACCTGGGAGGGGACCAACGGGGAGTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAATGACGGACCCCGATGAGGTGGCCAGGCGCTGGGGCGAGCGGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152446 AAATGACGGACCCCGATGAGGTGGCCAGGCGCTGGGGCGAGCGGAAAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGCCCAACATGAATTACGACAAGCTGAGCCGGGCCCTCCGTTATTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152496 AAGCCCAACATGAATTACGACAAGCTGAGCCGGGCCCTCCGTTATTACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGATAAAAACATTATGACCAAAGTGCACGGCAAAAGATATGCTTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152546 TGATAAAAACATTATGACCAAAGTGCACGGCAAAAGATATGCTTACAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGACTTCCACGGCATTGCCCAGGCTCTGCAGCCACATCCGACCGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152596 TTGACTTCCACGGCATTGCCCAGGCTCTGCAGCCACATCCGACCGAGTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCATGTACAAGTACCCTTCTGACATCTCCTACATGCCTTCCTACCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152646 TCCATGTACAAGTACCCTTCTGACATCTCCTACATGCCTTCCTACCATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCACCAGCAGAAGGTGAACTTTGTCCCTCCCCATCCATCCTCCATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152696 CCACCAGCAGAAGGTGAACTTTGTCCCTCCCCATCCATCCTCCATGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCACTTCCTCCAGCTTCTTTGGAGCCGCATCACAATACTGGACCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152746 TCACTTCCTCCAGCTTCTTTGGAGCCGCATCACAATACTGGACCTCCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACGGGGGGAATCTACCCCAACCCCAACGTCCCCCGCCATCCTAACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152796 ACGGGGGGAATCTACCCCAACCCCAACGTCCCCCGCCATCCTAACACCCA

   1400     .    :    .    :    .
   1329 CGTGCCTTCACACTTAGGCAGCTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 152846 CGTGCCTTCACACTTAGGCAGCTACTAC