seq1 = pF1KB5551.tfa, 2040 bp
seq2 = pF1KB5551/gi568815591f_75853993.tfa (gi568815591f:75853993_76086478), 232486 bp

>pF1KB5551 2040
>gi568815591f:75853993_76086478 (Chr7)

1-188  (100001-100188)   100% ->
189-237  (118421-118469)   100% ->
238-366  (125459-125587)   100% ->
367-516  (126347-126496)   99% ->
517-641  (127056-127180)   100% ->
642-731  (127525-127614)   100% ->
732-830  (128232-128330)   100% ->
831-947  (129528-129644)   100% ->
948-1066  (129746-129864)   100% ->
1067-1248  (130785-130966)   100% ->
1249-1398  (131066-131215)   100% ->
1399-1669  (131587-131857)   99% ->
1670-1815  (131931-132076)   100% ->
1816-1898  (132167-132249)   100% ->
1899-2040  (132345-132486)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAACATGGGAGACTCCCACGTGGACACCAGCTCCACCGTGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCAACATGGGAGACTCCCACGTGGACACCAGCTCCACCGTGTCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGTGGCCGAAGAAGTATCTCTTTTCAGCATGACGGACATGATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGTGGCCGAAGAAGTATCTCTTTTCAGCATGACGGACATGATTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCGCTCATCGTGGGTCTCCTAACCTACTGGTTCCTCTTCAGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTCGCTCATCGTGGGTCTCCTAACCTACTGGTTCCTCTTCAGAAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGAAGAAGTCCCCGAGTTCACCAAAATTCAGACATT         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100151 AAAGAAGAAGTCCCCGAGTTCACCAAAATTCAGACATTGTA...CAGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCTCTGTCAGAGAGAGCAGCTTTGTGGAAAAGATGAAGAAAACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118424 CTCCTCTGTCAGAGAGAGCAGCTTTGTGGAAAAGATGAAGAAAACGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GGGAGGAACATCATCGTGTTCTACGGCTCCCAGACGGGGACTGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118474 ..TAGGGGAGGAACATCATCGTGTTCTACGGCTCCCAGACGGGGACTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGAGTTTGCCAACCGCCTGTCCAAGGACGCCCACCGCTACGGGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125504 GAGGAGTTTGCCAACCGCCTGTCCAAGGACGCCCACCGCTACGGGATGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGCATGTCAGCGGACCCTGAGGAGTATGACCTG         GCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125554 AGGCATGTCAGCGGACCCTGAGGAGTATGACCTGGTA...CAGGCCGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAGCAGCCTGCCGGAGATCGACAACGCCCTGGTGGTTTTCTGCATGGCC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126354 TGAGCAGCCTGCCAGAGATCGACAACGCCCTGGTGGTTTTCTGCATGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTACGGTGAGGGAGACCCCACCGACAATGCCCAGGACTTCTACGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126404 ACCTACGGTGAGGGAGACCCCACCGACAATGCCCAGGACTTCTACGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGCAGGAGACAGACGTGGATCTCTCTGGGGTCAAGTTCGCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 126454 GCTGCAGGAGACAGACGTGGATCTCTCTGGGGTCAAGTTCGCGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTGTTTGGTCTTGGGAACAAGACCTACGAGCACTTCAATGCCATGGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127054 AGGTGTTTGGTCTTGGGAACAAGACCTACGAGCACTTCAATGCCATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGTACGTGGACAAGCGGCTGGAGCAGCTCGGCGCCCAGCGCATCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127104 AAGTACGTGGACAAGCGGCTGGAGCAGCTCGGCGCCCAGCGCATCTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGGGGTTGGGCGACGACGATGGGAA         CTTGGAGGAGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 127154 GCTGGGGTTGGGCGACGACGATGGGAAGTG...CAGCTTGGAGGAGGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATCACCTGGCGAGAGCAGTTCTGGCCGGCCGTGTGTGAACACTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127539 TCATCACCTGGCGAGAGCAGTTCTGGCCGGCCGTGTGTGAACACTTTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGAAGCCACTGGCGAGGAGTCCAG         CATTCGCCAGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 127589 GTGGAAGCCACTGGCGAGGAGTCCAGGTG...CAGCATTCGCCAGTACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTTGTGGTCCACACCGACATAGATGCGGCCAAGGTGTACATGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128247 GCTTGTGGTCCACACCGACATAGATGCGGCCAAGGTGTACATGGGGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGGCCGGCTGAAGAGCTACGAGAACCAGAAGCC         CCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128297 TGGGCCGGCTGAAGAGCTACGAGAACCAGAAGCCGTG...CAGCCCCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGCCAAGAATCCGTTCCTGGCTGCAGTCACCACCAACCGGAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129535 GATGCCAAGAATCCGTTCCTGGCTGCAGTCACCACCAACCGGAAGCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAGGGAACCGAGCGCCACCTCATGCACCTGGAATTGGACATCTCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129585 CCAGGGAACCGAGCGCCACCTCATGCACCTGGAATTGGACATCTCGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCAAAATCAG         GTATGAATCTGGGGACCACGTGGCTGTGTAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129635 CCAAAATCAGGTA...CAGGTATGAATCTGGGGACCACGTGGCTGTGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCAGCCAACGACTCTGCTCTCGTCAACCAGCTGGGCAAAATCCTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129777 CCAGCCAACGACTCTGCTCTCGTCAACCAGCTGGGCAAAATCCTGGGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGACCTGGACGTCGTCATGTCCCTGAACAACCTGGATG         AGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 129827 CGACCTGGACGTCGTCATGTCCCTGAACAACCTGGATGGTG...CAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGTCCAACAAGAAGCACCCATTCCCGTGCCCTACGTCCTACCGCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130788 AGTCCAACAAGAAGCACCCATTCCCGTGCCCTACGTCCTACCGCACGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTCACCTACTACCTGGACATCACCAACCCGCCGCGTACCAACGTGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130838 CTCACCTACTACCTGGACATCACCAACCCGCCGCGTACCAACGTGCTGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAGCTGGCGCAGTACGCCTCGGAGCCCTCGGAGCAGGAGCTGCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130888 CGAGCTGGCGCAGTACGCCTCGGAGCCCTCGGAGCAGGAGCTGCTGCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGATGGCCTCCTCCTCCGGCGAGGGCAAG         GAGCTGTACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130938 AGATGGCCTCCTCCTCCGGCGAGGGCAAGGTG...TAGGAGCTGTACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGCTGGGTGGTGGAGGCCCGGAGGCACATCCTGGCCATCCTGCAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131078 AGCTGGGTGGTGGAGGCCCGGAGGCACATCCTGGCCATCCTGCAGGACTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCCGTCCCTGCGGCCCCCCATCGACCACCTGTGTGAGCTGCTGCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131128 CCCGTCCCTGCGGCCCCCCATCGACCACCTGTGTGAGCTGCTGCCGCGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGCAGGCCCGCTACTACTCCATCGCCTCATCCTCCAAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131178 TGCAGGCCCGCTACTACTCCATCGCCTCATCCTCCAAGGTG...CAGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CACCCCAACTCTGTGCACATCTGTGCGGTGGTTGTGGAGTACGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131590 CACCCCAACTCTGTGCACATCTGTGCGGTGGTTGTGGAGTACGAGACCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGCCGGCCGCATCAACAAGGGCGTGGCCACCAACTGGCTGCGGGCCAAGG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131640 GGCTGGCCGCATCAACAAGGGCGTGGCCACCAACTGGCTGCGGGCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCCTGCCGGGGAGAACGGCGGCCGTGCGCTGGTGCCCATGTTCGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131690 AGCCTGCCGGGGAGAACGGCGGCCGTGCGCTGGTGCCCATGTTCGTGCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGTCCCAGTTCCGCCTGCCCTTCAAGGCCACCACGCCTGTCATCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131740 AAGTCCCAGTTCCGCCTGCCCTTCAAGGCCACCACGCCTGTCATCATGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGGCCCCGGCACCGGGGTGGCACCCTTCATAGGCTTCATCCAGGAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131790 GGGCCCCGGCACCGGGGTGGCACCCTTCATAGGCTTCATCCAGGAGCGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCTGGCTGCGACAGCAGG         GCAAGGAGGTGGGGGAGACGCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 131840 CCTGGCTGCGACAGCAGGGTG...CAGGCAAGGAGGTGGGGGAGACGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTGTACTACGGCTGCCGCCGCTCGGATGAGGACTACCTGTACCGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131954 CTGTACTACGGCTGCCGCCGCTCGGATGAGGACTACCTGTACCGGGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GCTGGCGCAGTTCCACAGGGACGGTGCGCTCACCCAGCTCAACGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132004 GCTGGCGCAGTTCCACAGGGACGGTGCGCTCACCCAGCTCAACGTGGCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCTCCCGGGAGCAGTCCCACAAG         GTCTACGTCCAGCACCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 132054 TCTCCCGGGAGCAGTCCCACAAGGTG...CAGGTCTACGTCCAGCACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTAAAGCAAGACCGAGAGCACCTGTGGAAGTTGATCGAAGGCGGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132185 CTAAAGCAAGACCGAGAGCACCTGTGGAAGTTGATCGAAGGCGGTGCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CATCTACGTCTGTGG         GGATGCACGGAACATGGCCAGGGATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 132235 CATCTACGTCTGTGGGTG...CAGGGATGCACGGAACATGGCCAGGGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGCAGAACACCTTCTACGACATCGTGGCTGAGCTCGGGGCCATGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132371 TGCAGAACACCTTCTACGACATCGTGGCTGAGCTCGGGGCCATGGAGCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCGCAGGCGGTGGACTACATCAAGAAACTGATGACCAAGGGCCGCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132421 GCGCAGGCGGTGGACTACATCAAGAAACTGATGACCAAGGGCCGCTACTC

   2150     .    :    .
   2025 CCTGGACGTGTGGAGC
        ||||||||||||||||
 132471 CCTGGACGTGTGGAGC