seq1 = pF1KB5550.tfa, 1962 bp
seq2 = pF1KB5550/gi568815589r_125136595.tfa (gi568815589r:125136595_125341126), 204532 bp

>pF1KB5550 1962
>gi568815589r:125136595_125341126 (Chr9)

(complement)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-354  (100220-100451)   100% ->
355-492  (100818-100955)   100% ->
493-605  (101594-101706)   100% ->
606-996  (101796-102186)   100% ->
997-1234  (102300-102537)   100% ->
1235-1402  (102819-102986)   100% ->
1403-1962  (103973-104532)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCTCCCTGGTGGCCGCGATGCTGCTGCTGCTCAGCGCGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTCTCCCTGGTGGCCGCGATGCTGCTGCTGCTCAGCGCGGCGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGAGGAGGAGGACAAGAAGGAGGACGTGGGCACGGTGGTCGGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGAGGAGGAGGACAAGAAGGAGGACGTGGGCACGGTGGTCGGCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGGGGACCACCTACTCCTG         CGTCGGCGTGTTCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 ACCTGGGGACCACCTACTCCTGGTA...CAGCGTCGGCGTGTTCAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCGCGTGGAGATCATCGCCAACGATCAGGGCAACCGCATCACGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100239 GGCCGCGTGGAGATCATCGCCAACGATCAGGGCAACCGCATCACGCCGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTATGTCGCCTTCACTCCTGAAGGGGAACGTCTGATTGGCGATGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100289 CTATGTCGCCTTCACTCCTGAAGGGGAACGTCTGATTGGCGATGCCGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAACCAGCTCACCTCCAACCCCGAGAACACGGTCTTTGACGCCAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100339 AGAACCAGCTCACCTCCAACCCCGAGAACACGGTCTTTGACGCCAAGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCATCGGCCGCACGTGGAATGACCCGTCTGTGCAGCAGGACATCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100389 CTCATCGGCCGCACGTGGAATGACCCGTCTGTGCAGCAGGACATCAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTGCCGTTCAAG         GTGGTTGAAAAGAAAACTAAACCATACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100439 CTTGCCGTTCAAGGTT...TAGGTGGTTGAAAAGAAAACTAAACCATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCAAGTTGATATTGGAGGTGGGCAAACAAAGACATTTGCTCCTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100846 TTCAAGTTGATATTGGAGGTGGGCAAACAAAGACATTTGCTCCTGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTTCTGCCATGGTTCTCACTAAAATGAAAGAAACCGCTGAGGCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 ATTTCTGCCATGGTTCTCACTAAAATGAAAGAAACCGCTGAGGCTTATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGGAAAGAAG         GTTACCCATGCAGTTGTTACTGTACCAGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 GGGAAAGAAGGTA...TAGGTTACCCATGCAGTTGTTACTGTACCAGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTTTAATGATGCCCAACGCCAAGCAACCAAAGACGCTGGAACTATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101625 ATTTTAATGATGCCCAACGCCAAGCAACCAAAGACGCTGGAACTATTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCCTAAATGTTATGAGGATCATCAACGAGCC         TACGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101675 GGCCTAAATGTTATGAGGATCATCAACGAGCCGTA...TAGTACGGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCTATTGCTTATGGCCTGGATAAGAGGGAGGGGGAGAAGAACATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101805 TGCTATTGCTTATGGCCTGGATAAGAGGGAGGGGGAGAAGAACATCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTTTGACCTGGGTGGCGGAACCTTCGATGTGTCTCTTCTCACCATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101855 TGTTTGACCTGGGTGGCGGAACCTTCGATGTGTCTCTTCTCACCATTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGGTGTCTTCGAAGTTGTGGCCACTAATGGAGATACTCATCTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101905 AATGGTGTCTTCGAAGTTGTGGCCACTAATGGAGATACTCATCTGGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGAAGACTTTGACCAGCGTGTCATGGAACACTTCATCAAACTGTACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101955 AGAAGACTTTGACCAGCGTGTCATGGAACACTTCATCAAACTGTACAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGAAGACGGGCAAAGATGTCAGGAAAGACAATAGAGCTGTGCAGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102005 AGAAGACGGGCAAAGATGTCAGGAAAGACAATAGAGCTGTGCAGAAACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CGGCGCGAGGTAGAAAAGGCCAAACGGGCCCTGTCTTCTCAGCATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102055 CGGCGCGAGGTAGAAAAGGCCAAACGGGCCCTGTCTTCTCAGCATCAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AAGAATTGAAATTGAGTCCTTCTATGAAGGAGAAGACTTTTCTGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102105 AAGAATTGAAATTGAGTCCTTCTATGAAGGAGAAGACTTTTCTGAGACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGACTCGGGCCAAATTTGAAGAGCTCAACATG         GATCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102155 TGACTCGGGCCAAATTTGAAGAGCTCAACATGGTA...TAGGATCTGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGGTCTACTATGAAGCCCGTCCAGAAAGTGTTGGAAGATTCTGATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102309 CGGTCTACTATGAAGCCCGTCCAGAAAGTGTTGGAAGATTCTGATTTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAAGTCTGATATTGATGAAATTGTTCTTGTTGGTGGCTCGACTCGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102359 GAAGTCTGATATTGATGAAATTGTTCTTGTTGGTGGCTCGACTCGAATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CAAAGATTCAGCAACTGGTTAAAGAGTTCTTCAATGGCAAGGAACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102409 CAAAGATTCAGCAACTGGTTAAAGAGTTCTTCAATGGCAAGGAACCATCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGTGGCATAAACCCAGATGAAGCTGTAGCGTATGGTGCTGCTGTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102459 CGTGGCATAAACCCAGATGAAGCTGTAGCGTATGGTGCTGCTGTCCAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGGTGTGCTCTCTGGTGATCAAGATACAG         GTGACCTGGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102509 TGGTGTGCTCTCTGGTGATCAAGATACAGGTA...CAGGTGACCTGGTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGCTTGATGTATGTCCCCTTACACTTGGTATTGAAACTGTGGGAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102831 TGCTTGATGTATGTCCCCTTACACTTGGTATTGAAACTGTGGGAGGTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATGACCAAACTGATTCCAAGGAACACAGTGGTGCCTACCAAGAAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102881 ATGACCAAACTGATTCCAAGGAACACAGTGGTGCCTACCAAGAAGTCTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GATCTTTTCTACAGCTTCTGATAATCAACCAACTGTTACAATCAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102931 GATCTTTTCTACAGCTTCTGATAATCAACCAACTGTTACAATCAAGGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ATGAAG         GTGAAAGACCCCTGACAAAAGACAATCATCTTCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102981 ATGAAGGTA...TAGGTGAAAGACCCCTGACAAAAGACAATCATCTTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GGTACATTTGATCTGACTGGAATTCCTCCTGCTCCTCGTGGGGTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104008 GGTACATTTGATCTGACTGGAATTCCTCCTGCTCCTCGTGGGGTCCCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GATTGAAGTCACCTTTGAGATAGATGTGAATGGTATTCTTCGAGTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104058 GATTGAAGTCACCTTTGAGATAGATGTGAATGGTATTCTTCGAGTGACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CTGAAGACAAGGGTACAGGGAACAAAAATAAGATCACAATCACCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104108 CTGAAGACAAGGGTACAGGGAACAAAAATAAGATCACAATCACCAATGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CAGAATCGCCTGACACCTGAAGAAATCGAAAGGATGGTTAATGATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104158 CAGAATCGCCTGACACCTGAAGAAATCGAAAGGATGGTTAATGATGCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GAAGTTTGCTGAGGAAGACAAAAAGCTCAAGGAGCGCATTGATACTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104208 GAAGTTTGCTGAGGAAGACAAAAAGCTCAAGGAGCGCATTGATACTAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ATGAGTTGGAAAGCTATGCCTATTCTCTAAAGAATCAGATTGGAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104258 ATGAGTTGGAAAGCTATGCCTATTCTCTAAAGAATCAGATTGGAGATAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GAAAAGCTGGGAGGTAAACTTTCCTCTGAAGATAAGGAGACCATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104308 GAAAAGCTGGGAGGTAAACTTTCCTCTGAAGATAAGGAGACCATGGAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 AGCTGTAGAAGAAAAGATTGAATGGCTGGAAAGCCACCAAGATGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104358 AGCTGTAGAAGAAAAGATTGAATGGCTGGAAAGCCACCAAGATGCTGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TTGAAGACTTCAAAGCTAAGAAGAAGGAACTGGAAGAAATTGTTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104408 TTGAAGACTTCAAAGCTAAGAAGAAGGAACTGGAAGAAATTGTTCAACCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 ATTATCAGCAAACTCTATGGAAGTGCAGGCCCTCCCCCAACTGGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104458 ATTATCAGCAAACTCTATGGAAGTGCAGGCCCTCCCCCAACTGGTGAAGA

   2000     .    :    .    :    .
   1938 GGATACAGCAGAAAAAGATGAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||
 104508 GGATACAGCAGAAAAAGATGAGTTG