seq1 = pF1KB5541.tfa, 2931 bp
seq2 = pF1KB5541/gi568815581r_63943991.tfa (gi568815581r:63943991_64198242), 254252 bp

>pF1KB5541 2931
>gi568815581r:63943991_64198242 (Chr17)

(complement)

1-54  (68214-68267)   100% ->
55-175  (100002-100122)   100% ->
176-209  (117435-117468)   100% ->
210-282  (118509-118581)   100% ->
283-355  (122996-123068)   100% ->
356-478  (126140-126262)   100% ->
479-580  (129952-130053)   100% ->
581-842  (131311-131572)   100% ->
843-921  (132956-133034)   100% ->
922-1087  (134092-134257)   99% ->
1088-1206  (137656-137774)   100% ->
1207-1398  (140250-140441)   100% ->
1399-1672  (142295-142568)   100% ->
1673-1763  (143415-143505)   100% ->
1764-1953  (143804-143993)   99% ->
1954-2053  (144872-144971)   100% ->
2054-2253  (145264-145463)   100% ->
2254-2401  (149041-149188)   100% ->
2402-2529  (150258-150385)   99% ->
2530-2653  (152761-152884)   100% ->
2654-2721  (153316-153383)   100% ->
2722-2931  (154043-154252)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCCCGGCGGCTGCTGCTGCTGCTGACGCTGCTGCTGCCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68214 ATGCCGGCCCGGCGGCTGCTGCTGCTGCTGACGCTGCTGCTGCCCGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGG         ATTTTTGGAAGTACCAGCACAGTGACGCTTCCTGAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  68264 CGGGGTG...CAGATTTTTGGAAGTACCAGCACAGTGACGCTTCCTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTGTTGTTTGTGTCAACGCTGGATGGAAGTTTGCATGCTGTCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100039 CCTTGTTGTTTGTGTCAACGCTGGATGGAAGTTTGCATGCTGTCAGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGACAGGCTCAATCAAATGGACTTTAAAAGAAG         ATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100089 AGGACAGGCTCAATCAAATGGACTTTAAAAGAAGGTA...CAGATCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGCAGGTCCCAACACATGTGGAAGA         GCCTGCCTTTCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117442 CCTGCAGGTCCCAACACATGTGGAAGAGTA...TAGGCCTGCCTTTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGATCCTAATGATGGCAGCCTGTATACGCTTGGAAGCAAGAATAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118523 CAGATCCTAATGATGGCAGCCTGTATACGCTTGGAAGCAAGAATAATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCCTGACG         AAACTTCCTTTTACCATCCCAGAATTGGTGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118573 GGCCTGACGGTG...AAGAAACTTCCTTTTACCATCCCAGAATTGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGCATCCCCATGCCGAAGTTCAGATGGAATCCTCTACATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123028 GGCATCCCCATGCCGAAGTTCAGATGGAATCCTCTACATGGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GTAAAAAGCAGGACATCTGGTATGTTATTGACCTCCTGACCGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126140 GTAAAAAGCAGGACATCTGGTATGTTATTGACCTCCTGACCGGAGAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGCAGACTTTGTCATCGGCCTTTGCAGATAGTCTCTGCCCATCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126190 CAGCAGACTTTGTCATCGGCCTTTGCAGATAGTCTCTGCCCATCAACCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTTCTGTATCTTGGGCGAACAG         AATACACCATCACCATGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126240 TCTTCTGTATCTTGGGCGAACAGGTA...TAGAATACACCATCACCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACGACACCAAAACCCGAGAGCTCCGGTGGAATGCCACCTACTTTGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129970 ACGACACCAAAACCCGAGAGCTCCGGTGGAATGCCACCTACTTTGACTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCGGCCTCACTGCCTGAGGACGACGTGGACTACA         AGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 130020 GCGGCCTCACTGCCTGAGGACGACGTGGACTACAGTA...CAGAGATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCACTTTGTGTCCAATGGTGATGGGCTGGTGGTGACTGTGGACAGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131318 CCACTTTGTGTCCAATGGTGATGGGCTGGTGGTGACTGTGGACAGTGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTGGGGACGTCCTGTGGATCCAAAACTACGCCTCCCCTGTGGTGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131368 CTGGGGACGTCCTGTGGATCCAAAACTACGCCTCCCCTGTGGTGGCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TATGTCTGGCAGCGGGAGGGTCTGAGGAAGGTGATGCACATCAATGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131418 TATGTCTGGCAGCGGGAGGGTCTGAGGAAGGTGATGCACATCAATGTCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGGAGACCCTGCGCTATCTGACCTTCATGTCTGGGGAGGTGGGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131468 TGTGGAGACCCTGCGCTATCTGACCTTCATGTCTGGGGAGGTGGGGCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCACAAAGTGGAAGTACCCGTTCCCCAAGGAGACAGAGGCCAAGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131518 TCACAAAGTGGAAGTACCCGTTCCCCAAGGAGACAGAGGCCAAGAGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGAC         GCCCACTCTGTATGTTGGGAAATACTCTACCAGCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131568 CTGACGTG...TAGGCCCACTCTGTATGTTGGGAAATACTCTACCAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTATGCCTCTCCCTCAATGGTACACGAGGGGGTTGCTGTCGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 132992 CTATGCCTCTCCCTCAATGGTACACGAGGGGGTTGCTGTCGTGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   CCCCGCGGCAGCACACTTCCTTTGCTGGAAGGGCCCCAGACTGATGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134090 AGCCCCGCGGCAGCACACTTCCTTTGCTGGAAGGGCCCCAGACTGATGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTCACCATCGGGGACAAGGGGGAGTGTGTGATCACGCCCAGCACGGACGT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134140 GTCACCATTGGGGACAAGGGGGAGTGTGTGATCACGCCCAGCACGGACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAAGTTTGATCCCGGACTCAAAAGCAAGAACAAGCTCAACTACTTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134190 CAAGTTTGATCCCGGACTCAAAAGCAAGAACAAGCTCAACTACTTGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATTACTGGCTTCTGATAG         GACACCATGAAACCCCACTGTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 134240 ATTACTGGCTTCTGATAGGTA...TAGGACACCATGAAACCCCACTGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCGTCTACCAAGATGCTGGAGAGATTTCCCAACAATCTACCCAAACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137679 GCGTCTACCAAGATGCTGGAGAGATTTCCCAACAATCTACCCAAACATCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAAAATGTGATTCCTGCTGATTCAGAGAAAAAGAGCTTTGAGGAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137729 GGAAAATGTGATTCCTGCTGATTCAGAGAAAAAGAGCTTTGAGGAAGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207      GTTATCAACCTGGTTGACCAGACTTCAGAAAACGCACCTACCACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137779 ..AAGGTTATCAACCTGGTTGACCAGACTTCAGAAAACGCACCTACCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTGTCTCGGGATGTGGAGGAGAAGCCCGCCCATGCCCCTGCCCGGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140295 GTGTCTCGGGATGTGGAGGAGAAGCCCGCCCATGCCCCTGCCCGGCCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCCCCCGTGGACTCCATGCTTAAGGACATGGCTACCATCATCCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140345 GGCCCCCGTGGACTCCATGCTTAAGGACATGGCTACCATCATCCTGAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCTTCCTGCTGATTGGCTGGGTGGCCTTCATCATCACCTATCCCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 140395 CCTTCCTGCTGATTGGCTGGGTGGCCTTCATCATCACCTATCCCCTGGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1399       AGCATGCATCAGCAGCAGCAGCTCCAGCACCAGCAGTTCCAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140445 ...CAGAGCATGCATCAGCAGCAGCAGCTCCAGCACCAGCAGTTCCAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGAACTGGAGAAGATCCAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142339 GGAACTGGAGAAGATCCAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCCACCCACCTGGAGACACGGCTCAGGACGGCGAGCTCCTGGACACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142389 TCCACCCACCTGGAGACACGGCTCAGGACGGCGAGCTCCTGGACACGTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGCCCGTACTCAGAGAGCTCGGGCACCAGCAGCCCCAGCACGTCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142439 GGCCCGTACTCAGAGAGCTCGGGCACCAGCAGCCCCAGCACGTCCCCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGCCTCCAACCACTCGCTCTGCTCCGGCAGCTCTGCCTCCAAGGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142489 GGCCTCCAACCACTCGCTCTGCTCCGGCAGCTCTGCCTCCAAGGCTGGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCAGCCCCTCCCTGGAACAAGACGATGGAG         ATGAGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 142539 GCAGCCCCTCCCTGGAACAAGACGATGGAGGTA...CAGATGAGGAAACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGCGTGGTGATAGTTGGGAAAATTTCCTTCTGTCCCAAGGATGTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143426 AGCGTGGTGATAGTTGGGAAAATTTCCTTCTGTCCCAAGGATGTCCTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCATGGAGCTGAGGGCACAATTGTGTACCG         GGGCATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 143476 CCATGGAGCTGAGGGCACAATTGTGTACCGGTG...CAGGGGCATGTTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACAACCGCGACGTGGCCGTGAAGAGGATCCTCCCCGAGTGTTTTAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143815 ACAACCGCGACGTGGCCGTGAAGAGGATCCTCCCCGAGTGTTTTAGCTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GCAGACCGTGAGGTCCAGCTGTTGCGAGAATCGGATGAGCACCCGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143865 GCAGACCGTGAGGTCCAGCTGTTGCGAGAATCGGATGAGCACCCGAACGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GATCCGCTACTTCTGCACGGAGAAGGACCGGCAATTCCAGTACATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143915 GATCCGCTACTTCTGCACGGAGAAGGACCGGCAATTCCAGTACATTGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TCGAACTGTGTGCAGCCACCCTGCAAGAG         TATGTGGAGCAG
        |||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 143965 TCGAGCTGTGTGCAGCCACCCTGCAAGAGGTG...CAGTATGTGGAGCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AAGGACTTTGCGCATCTCGGCCTGGAGCCCATCACCTTGCTGCAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144884 AAGGACTTTGCGCATCTCGGCCTGGAGCCCATCACCTTGCTGCAGCAGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CACCTCGGGCCTGGCCCACCTCCACTCCCTCAACATCG         TTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 144934 CACCTCGGGCCTGGCCCACCTCCACTCCCTCAACATCGGTG...TAGTTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ACAGAGACCTAAAGCCACACAACATCCTCATATCCATGCCCAATGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145267 ACAGAGACCTAAAGCCACACAACATCCTCATATCCATGCCCAATGCACAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGCAAGATCAAGGCCATGATCTCCGACTTTGGCCTCTGCAAGAAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145317 GGCAAGATCAAGGCCATGATCTCCGACTTTGGCCTCTGCAAGAAGCTGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGTGGGCAGACACAGTTTCAGCCGCCGATCTGGGGTGCCTGGCACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145367 AGTGGGCAGACACAGTTTCAGCCGCCGATCTGGGGTGCCTGGCACAGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GCTGGATCGCTCCAGAGATGCTGAGCGAAGACTGTAAGGAGAACCCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 145417 GCTGGATCGCTCCAGAGATGCTGAGCGAAGACTGTAAGGAGAACCCTGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2254       ACCTACACGGTGGACATCTTTTCTGCAGGCTGCGTCTTTTACTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145467 ...CAGACCTACACGGTGGACATCTTTTCTGCAGGCTGCGTCTTTTACTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CGTAATCTCTGAGGGCAGCCACCCTTTTGGCAAGTCCCTGCAGCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149085 CGTAATCTCTGAGGGCAGCCACCCTTTTGGCAAGTCCCTGCAGCGGCAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CCAACATCCTCCTGGGTGCCTGCAGCCTTGACTGCTTGCACCCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149135 CCAACATCCTCCTGGGTGCCTGCAGCCTTGACTGCTTGCACCCAGAGAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CACG         AAGACGTCATTGCACGTGAATTGATAGAGAAGATGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149185 CACGGTG...TAGAAGACGTCATTGCACGTGAATTGATAGAGAAGATGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 TGCGATGGATCCTCAGAAACGCCCCTCAGCGAAGCACGTGCTCAAACACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 150295 TGCGATGGATCCTCAGAAACGCCCCTCAGCGAAGCATGTGCTCAAACACC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CGTTCTTCTGGAGCCTAGAGAAGCAGCTCCAGTTCTTCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 150345 CGTTCTTCTGGAGCCTAGAGAAGCAGCTCCAGTTCTTCCAGGTA...CAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GACGTGAGCGACAGAATAGAAAAGGAATCCCTGGATGGCCCGATCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152761 GACGTGAGCGACAGAATAGAAAAGGAATCCCTGGATGGCCCGATCGTGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 GCAGTTAGAGAGAGGCGGGAGAGCCGTGGTGAAGATGGACTGGCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152811 GCAGTTAGAGAGAGGCGGGAGAGCCGTGGTGAAGATGGACTGGCGGGAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 ACATCACTGTCCCCCTCCAGACAG         ACCTGCGTAAATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152861 ACATCACTGTCCCCCTCCAGACAGGTG...TAGACCTGCGTAAATTCAGG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 ACCTATAAAGGTGGTTCTGTCAGAGATCTCCTCCGAGCCATGAGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153333 ACCTATAAAGGTGGTTCTGTCAGAGATCTCCTCCGAGCCATGAGAAATAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 G         AAGCACCACTACCGGGAGCTGCCTGCAGAGGTGCGGGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153383 GGTA...CAGAAGCACCACTACCGGGAGCTGCCTGCAGAGGTGCGGGAGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 CGCTGGGGTCCCTCCCCGACGACTTCGTGTGCTACTTCACGTCTCGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 154083 CGCTGGGGTCCCTCCCCGACGACTTCGTGTGCTACTTCACATCTCGCTTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 CCCCACCTCCTCGCACACACCTACCGGGCCATGGAGCTGTGCAGCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154133 CCCCACCTCCTCGCACACACCTACCGGGCCATGGAGCTGTGCAGCCACGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 GAGACTCTTCCAGCCCTACTACTTCCACGAGCCCCCAGAGCCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154183 GAGACTCTTCCAGCCCTACTACTTCCACGAGCCCCCAGAGCCCCAGCCCC

   3100     .    :    .    :
   2912 CAGTGACTCCAGACGCCCTC
        ||||||||||||||||||||
 154233 CAGTGACTCCAGACGCCCTC