seq1 = pF1KB5539.tfa, 1683 bp
seq2 = pF1KB5539/gi568815597r_151674455.tfa (gi568815597r:151674455_151883022), 208568 bp

>pF1KB5539 1683
>gi568815597r:151674455_151883022 (Chr1)

(complement)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-231  (101436-101542)   100% ->
232-421  (102883-103072)   100% ->
422-561  (103781-103920)   100% ->
562-883  (104017-104338)   100% ->
884-1044  (106424-106584)   100% ->
1045-1217  (106755-106927)   100% ->
1218-1282  (107139-107203)   100% ->
1283-1434  (107480-107631)   100% ->
1435-1536  (107857-107958)   100% ->
1537-1633  (108217-108313)   100% ->
1634-1683  (108519-108568)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTACTGAACGGACTTCTTGGACAAGCCTGTCCACCATTCAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTACTGAACGGACTTCTTGGACAAGCCTGTCCACCATTCAGAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCTGGGCCTTGGGATCCCAGCCAGTGCAACAGTTGCCTATATCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCCTGGGCCTTGGGATCCCAGCCAGTGCAACAGTTGCCTATATCCTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCAGGTATAGGGAAAGCAGAG         AAGAGCGGCTGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 ACCGCAGGTATAGGGAAAGCAGAGGTA...CAGAAGAGCGGCTGACATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGGGGAAGATGACATTGAGATAGAGATGCGGGTTCCCCAGGAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101453 GTTGGGGAAGATGACATTGAGATAGAGATGCGGGTTCCCCAGGAGGCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAACTCATCATTGGCCGGCAAGGAGCCAATATTAAACAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101503 GAAACTCATCATTGGCCGGCAAGGAGCCAATATTAAACAGGTA...CAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCGGAAACAGACAGGTGCTCGGATTGATGTGGACACAGAGGATGTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102884 TGCGGAAACAGACAGGTGCTCGGATTGATGTGGACACAGAGGATGTAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAGCGAGTGCTGCTTATCAGTGGTTTTCCTGTTCAGGTGTGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 GATGAGCGAGTGCTGCTTATCAGTGGTTTTCCTGTTCAGGTGTGCAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAGCAGCAATCCATCAGATCCTGACAGAGAATACCCCAGTGTCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102984 CAAAGCAGCAATCCATCAGATCCTGACAGAGAATACCCCAGTGTCTGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTTTCAGTTCCCCAGAGATCTGTGGGCAGAATCATAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103034 AGCTTTCAGTTCCCCAGAGATCTGTGGGCAGAATCATAGGTA...TAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAGGCGGCGAGACAATTCGTTCTATCTGTAAGGCATCTGGAGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103783 AGAGGCGGCGAGACAATTCGTTCTATCTGTAAGGCATCTGGAGCCAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACCTGTGACAAAGAATCAGAAGGGACATTACTACTATCAAGACTTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 TACCTGTGACAAAGAATCAGAAGGGACATTACTACTATCAAGACTTATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAATCTCAGGAACACAGAAGGAAGTGGCAGCAGCCAAG         CAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103883 AAATCTCAGGAACACAGAAGGAAGTGGCAGCAGCCAAGGCA...CAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGATACTGGAGAAAGTTTCAGAAGATGAAGAACTTCGGAAGAGAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104020 TTGATACTGGAGAAAGTTTCAGAAGATGAAGAACTTCGGAAGAGAATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCATTCTGCAGAAACCAGGGTCCCACGCAAACAGCCAATCAGTGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104070 TCATTCTGCAGAAACCAGGGTCCCACGCAAACAGCCAATCAGTGTGAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGAAGACATGACAGAGCCAGGTGGAGCTGGAGAGCCAGCATTATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104120 GAGAAGACATGACAGAGCCAGGTGGAGCTGGAGAGCCAGCATTATGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACACCAGTTCTAGCATGGAGCCGACTGCACCCCTGGTGACTCCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104170 AACACCAGTTCTAGCATGGAGCCGACTGCACCCCTGGTGACTCCTCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAAAGGAGGAGGCGACATGGCTGTGGTAGTGTCAAAGGAAGGTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104220 CAAAGGAGGAGGCGACATGGCTGTGGTAGTGTCAAAGGAAGGTTCCTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGAAACCTAGTGATGACAGCTTTCAGAAGTCTGAAGCCCAGGCCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104270 AGAAACCTAGTGATGACAGCTTTCAGAAGTCTGAAGCCCAGGCCATCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGATGCCCATGTTTGAAA         TCCCCAGTCCTGACTTCAGTTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104320 GAGATGCCCATGTTTGAAAGTA...CAGTCCCCAGTCCTGACTTCAGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TCATGCTGATGAGTACCTAGAAGTCTACGTTTCTGCTTCTGAGCACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 TCATGCTGATGAGTACCTAGAAGTCTACGTTTCTGCTTCTGAGCACCCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCACTTCTGGATCCAGATCGTTGGCTCCCGCAGCCTGCAATTGGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 ACCACTTCTGGATCCAGATCGTTGGCTCCCGCAGCCTGCAATTGGATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTGTCAATGAGATGACCCAGCACTATGAGAATAGTGTG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106546 CTTGTCAATGAGATGACCCAGCACTATGAGAATAGTGTGGTG...CAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGAAGACTTGACTGTGCATGTAGGAGACATTGTAGCAGCACCTTTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106757 TGAAGACTTGACTGTGCATGTAGGAGACATTGTAGCAGCACCTTTACCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAAATGGTTCCTGGTATCGAGCCCGGGTCCTCGGCACCTTGGAGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106807 CAAATGGTTCCTGGTATCGAGCCCGGGTCCTCGGCACCTTGGAGAATGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AACTTGGACCTCTATTTTGTTGACTTTGGAGATAATGGAGATTGCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106857 AACTTGGACCTCTATTTTGTTGACTTTGGAGATAATGGAGATTGCCCACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAAGGACCTCAGGGCTCTCAG         GAGTGACTTCCTAAGCCTTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106907 GAAGGACCTCAGGGCTCTCAGGTC...CAGGAGTGACTTCCTAAGCCTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CATTTCAAGCAATAGAATGTAGTCTGGCACGGATTGCTCCCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107159 CATTTCAAGCAATAGAATGTAGTCTGGCACGGATTGCTCCCTCAGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283     GTGACCAGTGGGAAGAGGAAGCTTTGGATGAGTTTGATAGACTCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107209 .CAGGTGACCAGTGGGAAGAGGAAGCTTTGGATGAGTTTGATAGACTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TCATTGTGCTGACTGGAAGCCTCTGGTAGCCAAGATCTCTAGCTATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107526 TCATTGTGCTGACTGGAAGCCTCTGGTAGCCAAGATCTCTAGCTATGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AGACTGGGATCTCAACTTGGCCAAAGATCTACTTATATGATACTAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107576 AGACTGGGATCTCAACTTGGCCAAAGATCTACTTATATGATACTAGCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGGAAG         AAACTTGATATTGGGCTAGAATTAGTACACAAAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107626 GGGAAGGTA...CAGAAACTTGATATTGGGCTAGAATTAGTACACAAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ATACGCAATTGAGCTTCCTGAAGACATAGAAGAAAACAGAGCTGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107892 ATACGCAATTGAGCTTCCTGAAGACATAGAAGAAAACAGAGCTGTCCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACATGTTGAAGGACATG         GCCACAGAAACAGATGCCTCTCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107942 ACATGTTGAAGGACATGGTG...CAGGCCACAGAAACAGATGCCTCTCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AGCACGTTGCTCACTGAGACCAAAAAGAGCTCTGGAGAGATAACACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 AGCACGTTGCTCACTGAGACCAAAAAGAGCTCTGGAGAGATAACACATAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCTGTCCTGCCTCAGCTTATCAG         AAGCTGCTTCCATGTCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108291 CCTGTCCTGCCTCAGCTTATCAGGTA...TAGAAGCTGCTTCCATGTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :
   1652 GTGATGATAACCTTGAAGATGACTACTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 108537 GTGATGATAACCTTGAAGATGACTACTTACTC