seq1 = pF1KB5535.tfa, 1389 bp
seq2 = pF1KB5535/gi568815587r_88194009.tfa (gi568815587r:88194009_88437672), 243664 bp

>pF1KB5535 1389
>gi568815587r:88194009_88437672 (Chr11)

(complement)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-318  (102591-102736)   100% ->
319-485  (125119-125285)   99% ->
486-641  (128355-128510)   100% ->
642-757  (137028-137143)   100% ->
758-889  (141409-141540)   100% ->
890-1389  (143165-143664)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCTGGGCCCTCCTTGCTGCTCGCCGCCCTCCTGCTGCTTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCTGGGCCCTCCTTGCTGCTCGCCGCCCTCCTGCTGCTTCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGACGGCGCCGTGCGCTGCGACACACCTGCCAACTGCACCTATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGACGGCGCCGTGCGCTGCGACACACCTGCCAACTGCACCTATCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCTGGGCACCTGGGTCTTCCAGGTGGGCTCCAGCGGTTCCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCTGGGCACCTGGGTCTTCCAGGTGGGCTCCAGCGGTTCCCAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGTCAACTGCTCGGTTATGG         GACCACAAGAAAAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 GATGTCAACTGCTCGGTTATGGGTA...TAGGACCACAAGAAAAAAAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGGTGTACCTTCAGAAGCTGGATACAGCATATGATGACCTTGGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102610 AGTGGTGTACCTTCAGAAGCTGGATACAGCATATGATGACCTTGGCAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGCCATTTCACCATCATTTACAACCAAGGCTTTGAGATTGTGTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102660 CTGGCCATTTCACCATCATTTACAACCAAGGCTTTGAGATTGTGTTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTACAAGTGGTTTGCCTTTTTTAAG         TATAAAGAAGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102710 GACTACAAGTGGTTTGCCTTTTTTAAGGTT...CAGTATAAAGAAGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCAAGGTGACCACTTACTGCAACGAGACAATGACTGGGTGGGTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125133 CAGCAAGGTGACCACTTACTGCAACGAGACAATGACTGGGTGGGTGCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGTGTTGGGCCGGAACTGGGCTTGTTTCACCGGAAAGAAGGTGGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125183 ATGTGTTGGGCCGGAACTGGGCTTGTTTCACCGGAAAGAAGGTGGGAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCTCTGAGAATGTGTATGTCAACACAGCACACCTTAAGAATTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 125233 GCCTCTGAGAATGTGTATGTCAACATAGCACACCTTAAGAATTCTCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAA         GTATTCTAATAGGCTCTACAAGTATGATCACAACTTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125283 AAAGTG...CAGGTATTCTAATAGGCTCTACAAGTATGATCACAACTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAAGCTATCAATGCCATTCAGAAGTCTTGGACTGCAACTACATACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128393 TGAAAGCTATCAATGCCATTCAGAAGTCTTGGACTGCAACTACATACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAATATGAGACTCTTACCCTGGGAGATATGATTAGGAGAAGTGGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128443 GAATATGAGACTCTTACCCTGGGAGATATGATTAGGAGAAGTGGTGGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGTCGAAAAATCCCAAG         GCCCAAACCTGCACCACTGACTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128493 CAGTCGAAAAATCCCAAGGTA...TAGGCCCAAACCTGCACCACTGACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGAAATACAGCAAAAGATTTTGCATTTGCCAACATCTTGGGACTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137051 CTGAAATACAGCAAAAGATTTTGCATTTGCCAACATCTTGGGACTGGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGTTCATGGTATCAATTTTGTCAGTCCTGTTCGAAACCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 137101 AATGTTCATGGTATCAATTTTGTCAGTCCTGTTCGAAACCAAGGTA...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   CATCCTGTGGCAGCTGCTACTCATTTGCTTCTATGGGTATGCTAGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141407 AGCATCCTGTGGCAGCTGCTACTCATTTGCTTCTATGGGTATGCTAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGAGAATCCGTATACTAACCAACAATTCTCAGACCCCAATCCTAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141457 CGAGAATCCGTATACTAACCAACAATTCTCAGACCCCAATCCTAAGCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGGAGGTTGTGTCTTGTAGCCAGTATGCTCAAG         GCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 141507 CAGGAGGTTGTGTCTTGTAGCCAGTATGCTCAAGGTA...CAGGCTGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGGCGGCTTCCCATACCTTATTGCAGGAAAGTACGCCCAAGATTTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143172 AGGCGGCTTCCCATACCTTATTGCAGGAAAGTACGCCCAAGATTTTGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGTGGAAGAAGCTTGCTTCCCCTACACAGGCACTGATTCTCCATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143222 TGGTGGAAGAAGCTTGCTTCCCCTACACAGGCACTGATTCTCCATGCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATGAAGGAAGACTGCTTTCGTTATTACTCCTCTGAGTACCACTATGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143272 ATGAAGGAAGACTGCTTTCGTTATTACTCCTCTGAGTACCACTATGTAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGGTTTCTATGGAGGCTGCAATGAAGCCCTGATGAAGCTTGAGTTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143322 AGGTTTCTATGGAGGCTGCAATGAAGCCCTGATGAAGCTTGAGTTGGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATCATGGGCCCATGGCAGTTGCTTTTGAAGTATATGATGACTTCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143372 ATCATGGGCCCATGGCAGTTGCTTTTGAAGTATATGATGACTTCCTCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TACAAAAAGGGGATCTACCACCACACTGGTCTAAGAGACCCTTTCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143422 TACAAAAAGGGGATCTACCACCACACTGGTCTAAGAGACCCTTTCAACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTTTGAGCTGACTAATCATGCTGTTCTGCTTGTGGGCTATGGCACTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143472 CTTTGAGCTGACTAATCATGCTGTTCTGCTTGTGGGCTATGGCACTGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAGCCTCTGGGATGGATTACTGGATTGTTAAAAACAGCTGGGGCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143522 CAGCCTCTGGGATGGATTACTGGATTGTTAAAAACAGCTGGGGCACCGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TGGGGTGAGAATGGCTACTTCCGGATCCGCAGAGGAACTGATGAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143572 TGGGGTGAGAATGGCTACTTCCGGATCCGCAGAGGAACTGATGAGTGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AATTGAGAGCATAGCAGTGGCAGCCACACCAATTCCTAAATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143622 AATTGAGAGCATAGCAGTGGCAGCCACACCAATTCCTAAATTG