seq1 = pF1KB5527.tfa, 2268 bp
seq2 = pF1KB5527/gi568815595r_37907776.tfa (gi568815595r:37907776_38120353), 212578 bp

>pF1KB5527 2268
>gi568815595r:37907776_38120353 (Chr3)

(complement)

1-34  (90815-90848)   100% ->
35-199  (100002-100166)   100% ->
200-428  (103635-103863)   100% ->
429-558  (108681-108810)   100% ->
559-790  (108909-109140)   99% ->
791-992  (109792-109993)   99% ->
993-1137  (110079-110223)   100% ->
1138-1287  (110301-110450)   100% ->
1288-1446  (110543-110701)   100% ->
1447-1606  (110923-111082)   100% ->
1607-1723  (111196-111312)   100% ->
1724-1902  (111718-111896)   100% ->
1903-2035  (111987-112119)   100% ->
2036-2185  (112191-112340)   100% ->
2186-2268  (112496-112578)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCGGGCCGGGACTTCCTGACCCTGCACG         GCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  90815 ATGGACTCGGGCCGGGACTTCCTGACCCTGCACGGTG...CAGGCCTACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGATGATGAGGATCTACAGGCGCTGCTGAAGGGCAGCCAGCTCCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GGATGATGAGGATCTACAGGCGCTGCTGAAGGGCAGCCAGCTCCTGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGTCCAGCTCATGGAGGAGAGAGCGCTTCTACAAGTTGCAGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 TGAAGTCCAGCTCATGGAGGAGAGAGCGCTTCTACAAGTTGCAGGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCAAGACCATCTGGCAGGAGTCCCGCAAGGTCATGCGGACCCCGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 TGCAAGACCATCTGGCAGGAGTCCCGCAAGGTCATGCGGACCCCGGAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCTGT         TCTCCATCGAGGACATTCAGGAGGTGCGAATGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 CCAGCTGTGTG...CAGTCTCCATCGAGGACATTCAGGAGGTGCGAATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCACCGCACGGAGGGTCTGGAGAAGTTCGCCCGTGATGTGCCCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103668 GGCACCGCACGGAGGGTCTGGAGAAGTTCGCCCGTGATGTGCCCGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCTGCTTCTCCATTGTCTTCAAGGACCAGCGCAATACACTAGACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103718 CGCTGCTTCTCCATTGTCTTCAAGGACCAGCGCAATACACTAGACCTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCCCCATCGCCAGCTGATGCCCAGCACTGGGTGCTGGGGCTGCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 CGCCCCATCGCCAGCTGATGCCCAGCACTGGGTGCTGGGGCTGCACAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATCCACCACTCAGGCTCCATGGACCAGCGTCAGAAGCTACAGCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103818 TCATCCACCACTCAGGCTCCATGGACCAGCGTCAGAAGCTACAGCAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      CTGGATTCACTCCTGCTTGCGAAAAGCTGACAAAAACAAGGACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 ..CAGCTGGATTCACTCCTGCTTGCGAAAAGCTGACAAAAACAAGGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGATGAGCTTCAAGGAGCTGCAGAACTTCCTGAAGGAGCTCAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108726 CAAGATGAGCTTCAAGGAGCTGCAGAACTTCCTGAAGGAGCTCAACATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGTGGACGACAGCTATGCCCGGAAGATCTTCAGG         GAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108776 AGGTGGACGACAGCTATGCCCGGAAGATCTTCAGGGTG...CAGGAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACCACTCCCAGACAGACTCCCTGGAGGACGAGGAGATTGAGGCCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108915 GACCACTCCCAGACAGACTCCCTGGAGGACGAGGAGATTGAGGCCTTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGATGCTGACCCAGCGGGTGGAGATCGACCGCACCTTCGCCGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108965 CAAGATGCTGACCCAGCGGGTGGAGATCGACCGCACCTTCGCCGAGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGGGCTCAGGGGAGACTCTGTCGGTGAATCAGTTAGTGACGTTCCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 109015 CGGGCTCAGGGGAGACTCTGTCGGTGGATCAGTTAGTGACGTTCCTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACCAGCAGCGGGAGGAGGCGGCAGGGCCTGCGCTGGCCCTCTCCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109065 CACCAGCAGCGGGAGGAGGCGGCAGGGCCTGCGCTGGCCCTCTCCCTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGAGCGCTACGAGCCCAGCGAGACTG         CCAAGGCGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109115 TGAGCGCTACGAGCCCAGCGAGACTGGTG...CAGCCAAGGCGCAGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGATGACCAAGGACGGCTTCCTCATGTACTTACTGTCGGCTGACGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109807 AGATGACCAAGGACGGCTTCCTCATGTACTTACTGTCGGCTGACGGCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTTCAGCCTGGCACACCGCCGTGTCTACCAGGACATGGGCCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 109857 GCCTTCAGCCTGGCACACCGCCGTGTCTACCAGGACATGGGCCAGCCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAGCCACTACCTGGTGTCCTCTTCACACAACACCTACCTGCTGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109907 TAGCCACTACCTGGTGTCCTCTTCACACAACACCTACCTGCTGGAGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCTAGCCGGGCCCAGCAGCACTGAAGCCTACATCCG         GGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109957 AGCTAGCCGGGCCCAGCAGCACTGAAGCCTACATCCGGTG...CAGGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGTGCAAAGGCTGCCGATGCCTGGAGCTTGACTGCTGGGACGGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110083 CTGTGCAAAGGCTGCCGATGCCTGGAGCTTGACTGCTGGGACGGGCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCAGGAACCAATCATCTACCACGGCTATACTTTCACTTCCAAGATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110133 CCAGGAACCAATCATCTACCACGGCTATACTTTCACTTCCAAGATCCTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCTGCGATGTGCTCAGGGCCATCCGGGACTATGCCTTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110183 TCTGCGATGTGCTCAGGGCCATCCGGGACTATGCCTTCAAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCGTCCCCCTACCCTGTCATCCTATCCCTGGAGAACCACTGCACACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110301 GCGTCCCCCTACCCTGTCATCCTATCCCTGGAGAACCACTGCACACTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCAGCAGCGCGTGATGGCGCGGCACCTGCATGCCATCCTGGGCCCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110351 GCAGCAGCGCGTGATGGCGCGGCACCTGCATGCCATCCTGGGCCCCATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGTTGAACCGACCACTGGATGGGGTCACCAACAGCCTGCCCTCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110401 TGTTGAACCGACCACTGGATGGGGTCACCAACAGCCTGCCCTCCCCTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288          CAACTGAAGGGGAAGATCCTGCTGAAGGGGAAGAAGCTCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110451 GTG...TAGCAACTGAAGGGGAAGATCCTGCTGAAGGGGAAGAAGCTCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGGGCTCCTGCCCCCTGGAGGGGAGGGTGGCCCTGAGGCCACTGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110584 GGGGCTCCTGCCCCCTGGAGGGGAGGGTGGCCCTGAGGCCACTGTGGTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGACGAAGACGAGGCTGCTGAGATGGAGGATGAGGCAGTGAGGAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110634 CAGACGAAGACGAGGCTGCTGAGATGGAGGATGAGGCAGTGAGGAGCCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTGCAGCACAAGCCCAAG         GAGGACAAGCTCAGGCTAGCACA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110684 GTGCAGCACAAGCCCAAGGTT...CAGGAGGACAAGCTCAGGCTAGCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGCTCTCTGACATGGTCATTTACTGCAAGAGTGTCCACTTTGGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110946 GGAGCTCTCTGACATGGTCATTTACTGCAAGAGTGTCCACTTTGGGGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCTCCAGTCCTGGCACCCCTGGACAGGCCTTCTACGAGATGGCGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110996 TCTCCAGTCCTGGCACCCCTGGACAGGCCTTCTACGAGATGGCGTCCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TCTGAGAACCGTGCCCTTCGACTGCTCCAAGAATCAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111046 TCTGAGAACCGTGCCCTTCGACTGCTCCAAGAATCAGGTG...CAGGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CGGCTTTGTCCGCCACAACGTGGGGCACCTGAGCAGAATCTACCCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111200 CGGCTTTGTCCGCCACAACGTGGGGCACCTGAGCAGAATCTACCCGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GATGGAGAACAGACTCCTCCAACTACAGCCCCGTGGAGATGTGGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111250 GATGGAGAACAGACTCCTCCAACTACAGCCCCGTGGAGATGTGGAATGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GGCTGCCAGATCG         TGGCCCTGAATTTCCAGACACCTGGGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111300 GGCTGCCAGATCGGTA...TAGTGGCCCTGAATTTCCAGACACCTGGGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AGAGATGGACGTGTACCAGGGCCGCTTCCAGGACAACGGGGCCTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111746 AGAGATGGACGTGTACCAGGGCCGCTTCCAGGACAACGGGGCCTGTGGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ACGTGCTGAAGCCCGCCTTCCTGCGAGACCCCAACGGCACCTTTAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111796 ACGTGCTGAAGCCCGCCTTCCTGCGAGACCCCAACGGCACCTTTAACCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CGCGCCCTGGCTCAGGGGCCCTGGTGGGCACGGAAGCGGCTCAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111846 CGCGCCCTGGCTCAGGGGCCCTGGTGGGCACGGAAGCGGCTCAACATCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 G         GTCATTTCGGGGCAGCAGCTGCCAAAAGTCAACAAGAATA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111896 GGTA...CAGGTCATTTCGGGGCAGCAGCTGCCAAAAGTCAACAAGAATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGAATTCAATTGTGGACCCCAAAGTGACAGTGGAGATCCATGGCGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112027 AGAATTCAATTGTGGACCCCAAAGTGACAGTGGAGATCCATGGCGTGAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 CGGGACGTGGCCAGCCGCCAGACTGCTGTCATCACCAACAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112077 CGGGACGTGGCCAGCCGCCAGACTGCTGTCATCACCAACAATGGTA...T

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2036   GTTTCAACCCATGGTGGGACACGGAGTTTGCGTTTGAGGTAGTTGTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112189 AGGTTTCAACCCATGGTGGGACACGGAGTTTGCGTTTGAGGTAGTTGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 CTGACCTTGCCCTCATCCGCTTCTTGGTGGAAGATTATGATGCCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112239 CTGACCTTGCCCTCATCCGCTTCTTGGTGGAAGATTATGATGCCTCCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 AAGAATGACTTCATTGGCCAGAGTACCATCCCCTTGAACAGCCTCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 AAGAATGACTTCATTGGCCAGAGTACCATCCCCTTGAACAGCCTCAAGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 AG         GATACCGCCATGTCCACCTCATGTCTAAGAACGGGGACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112339 AGGTG...CAGGATACCGCCATGTCCACCTCATGTCTAAGAACGGGGACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 AGCATCCATCAGCCACCCTCTTTGTGAAGATCTCCCTCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112535 AGCATCCATCAGCCACCCTCTTTGTGAAGATCTCCCTCCAGGAC