seq1 = pF1KB5521.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KB5521/gi568815575r_23603897.tfa (gi568815575r:23603897_23836017), 232121 bp

>pF1KB5521 1344
>gi568815575r:23603897_23836017 (ChrX)

(complement)

1-20  (92874-92893)   100% ->
21-118  (100002-100099)   100% ->
119-145  (101651-101677)   100% ->
146-191  (102801-102846)   100% ->
192-362  (105032-105202)   100% ->
363-400  (105454-105491)   100% ->
401-484  (113265-113348)   100% ->
485-588  (114034-114137)   100% ->
589-662  (122810-122883)   100% ->
663-730  (128074-128141)   100% ->
731-842  (129279-129390)   100% ->
843-933  (130160-130250)   100% ->
934-1019  (130424-130509)   100% ->
1020-1107  (130938-131025)   100% ->
1108-1258  (131174-131324)   100% ->
1259-1344  (132036-132121)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGGGCAGCACTGCG         GCTTTGTGCCTTGGGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  92874 ATGAGGCGGGCAGCACTGCGGTA...TAGGCTTTGTGCCTTGGGCAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGCTTACTCCTGGAAGAGGACTGACTCAAGGACCCCAGAACCCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GCAGCTTACTCCTGGAAGAGGACTGACTCAAGGACCCCAGAACCCCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAGGGAATCTTCCACATTCATGAAG         CATGTTCATCTATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100073 AACAGGGAATCTTCCACATTCATGAAGGCA...TAGCATGTTCATCTATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CATGTGAATCATG         TTCGAGATAAGTTGCGGGAGATAGTAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101665 CATGTGAATCATGGTG...CAGTTCGAGATAAGTTGCGGGAGATAGTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGCATCCACAAACTGGAG         AGACCATGTGAAGGCAATGGAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102829 AGCATCCACAAACTGGAGGTA...CAGAGACCATGTGAAGGCAATGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AAAGGAAATTACTTCATAGTTTCTTGGCTAAATCACAGGATGGACTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105055 AAAGGAAATTACTTCATAGTTTCTTGGCTAAATCACAGGATGGACTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CCTAGGAGAATGAAGGACAGTTATATTGAAGTTCTCTTGCCTTTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105105 CCTAGGAGAATGAAGGACAGTTATATTGAAGTTCTCTTGCCTTTGGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAGCCTGAATTACGAGAGAAATATTTGACTGTTCAAAACACCGTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105155 TGAGCCTGAATTACGAGAGAAATATTTGACTGTTCAAAACACCGTAAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363        ATTTGGCAGGATTCTTGAGGATCTTGACAGCTTGGGAG     
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105205 A...CAGATTTGGCAGGATTCTTGAGGATCTTGACAGCTTGGGAGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401     TTCTTATTTGTTACATGCACAACAAAATCCACTCCGCCAAGATGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105497 .CAGTTCTTATTTGTTACATGCACAACAAAATCCACTCCGCCAAGATGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TCCTTTATCGATAGTTACAGCCCTGGTGGATAAGATTG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113311 TCCTTTATCGATAGTTACAGCCCTGGTGGATAAGATTGGTA...CAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TGTGTAAGAAGAGCTTGAGCCCAGAACAGGACATTAAGTTCAGTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114037 TGTGTAAGAAGAGCTTGAGCCCAGAACAGGACATTAAGTTCAGTGGCCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GTTAGCTGGGTCGGGAAGACATCCATGGAAGTGAAGATGCAAATGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114087 GTTAGCTGGGTCGGGAAGACATCCATGGAAGTGAAGATGCAAATGTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 G         TTACATGGTGATGAATTTTGTCCTGTTTTGGATGCAACAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114137 GGTA...CAGTTACATGGTGATGAATTTTGTCCTGTTTTGGATGCAACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTGTAATGGTGGCTCGTGATTCTGAAAATAAAGG         GCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122850 TTGTAATGGTGGCTCGTGATTCTGAAAATAAAGGGTA...TAGGCCGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 TTTGTAAATCCACTCATCCCTGAAAGCCCAGAGGAAGAGGAGCTCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128081 TTTGTAAATCCACTCATCCCTGAAAGCCCAGAGGAAGAGGAGCTCTTTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 ACAAGGGGAAT         TGAACAAGGGGAGAAGAATTGCCTTCAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 128131 ACAAGGGGAATGTA...CAGTGAACAAGGGGAGAAGAATTGCCTTCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 CCACGTCGTTACTGAAAATGGCCCCCAGCGCTGAGGAGAGGACCACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129309 CCACGTCGTTACTGAAAATGGCCCCCAGCGCTGAGGAGAGGACCACCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CATGAGATGTTTCTCAGCACACTGGATCCAAA         GACTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 129359 CATGAGATGTTTCTCAGCACACTGGATCCAAAGTA...CAGGACTATAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 TTTTCGGAGTCGAGTTTTACCCTCTAATGCAGTGTGGATGGAGAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130169 TTTTCGGAGTCGAGTTTTACCCTCTAATGCAGTGTGGATGGAGAATTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AACTGAAGAGTTTGGAAATTTGCCACCCTCAG         GAGCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 130219 AACTGAAGAGTTTGGAAATTTGCCACCCTCAGGTA...TAGGAGCGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 ATTTTCAATCGGATCTTTGGTGGTTTCCTTATGAGGAAGGCATATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130433 ATTTTCAATCGGATCTTTGGTGGTTTCCTTATGAGGAAGGCATATGAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TGCGTGGGCTACTGCTTGTAGCTTTGG         TGGTTCTCGACCGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130483 TGCGTGGGCTACTGCTTGTAGCTTTGGGTG...CAGTGGTTCTCGACCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 TTGTGGTAGCAGTAGATGACATCATGTTTCAGAAACCTGTTGAGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130952 TTGTGGTAGCAGTAGATGACATCATGTTTCAGAAACCTGTTGAGGTTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 TCATTGCTCTTTCTTTCTTCACAG         GTATGCTTTACTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 131002 TCATTGCTCTTTCTTTCTTCACAGGTA...TAGGTATGCTTTACTCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 TAATTATATTCAAGTCAGAGTACACAGTGAAGTGGCCTCCCTGCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131191 TAATTATATTCAAGTCAGAGTACACAGTGAAGTGGCCTCCCTGCAGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 AGCAGCATACAACCACCAATGTCTTTCATTTCACGTTCATGTCGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131241 AGCAGCATACAACCACCAATGTCTTTCATTTCACGTTCATGTCGGAAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GAAGTGCCATTGGTTTTCCCAAAAACATATGGAG         AGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131291 GAAGTGCCATTGGTTTTCCCAAAAACATATGGAGGTA...CAGAGTCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 GTTGTACTTAGATGGGCAGCGGCATTTCAACTCCATGAGTGGCCCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132043 GTTGTACTTAGATGGGCAGCGGCATTTCAACTCCATGAGTGGCCCAGCGA

   1450     .    :    .    :    .
   1316 CCTTGAGAAAGGACTACCTTGTGGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 132093 CCTTGAGAAAGGACTACCTTGTGGAGCCC