seq1 = pF1KB5520.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KB5520/gi568815591f_157258573.tfa (gi568815591f:157258573_157510105), 251533 bp

>pF1KB5520 1002
>gi568815591f:157258573_157510105 (Chr7)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-175  (104589-104698)   100% ->
176-235  (107930-107989)   100% ->
236-346  (108801-108911)   100% ->
347-478  (123674-123805)   100% ->
479-620  (126295-126436)   100% ->
621-691  (126969-127039)   100% ->
692-1002  (151223-151533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGATTACTATGAAGTTCTAGGCGTGCAGAGACATGCCTCACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGATTACTATGAAGTTCTAGGCGTGCAGAGACATGCCTCACCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATATTAAAAAGGC         ATATCGGAAACTGGCACTGAAGTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATATTAAAAAGGCGTA...AAGATATCGGAAACTGGCACTGAAGTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCCAGATAAAAATCCTGAGAATAAAGAAGAAGCAGAGAGAAAATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104615 ATCCAGATAAAAATCCTGAGAATAAAGAAGAAGCAGAGAGAAAATTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGTAGCGGAGGCATATGAAGTGCTGTCGGATG         CTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104665 CAAGTAGCGGAGGCATATGAAGTGCTGTCGGATGGTG...TAGCTAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACGGGACATCTATGACAAATATGGCAAAGAAGGATTAAATGGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107937 ACGGGACATCTATGACAAATATGGCAAAGAAGGATTAAATGGTGGAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAG         GTGGAAGTCATTTTGACAGTCCATTTGAATTTGGCTTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107987 GAGGTA...CAGGTGGAAGTCATTTTGACAGTCCATTTGAATTTGGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACATTCCGTAACCCAGATGATGTCTTCAGGGAATTTTTTGGTGGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108839 ACATTCCGTAACCCAGATGATGTCTTCAGGGAATTTTTTGGTGGAAGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCATTTTCATTTGACTTCTTTG         AAGACCCTTTTGAGGACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108889 CCCATTTTCATTTGACTTCTTTGGTA...TAGAAGACCCTTTTGAGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTTTGGGAATCGAAGGGGTCCCCGAGGAAGCAGAAGCCGAGGGACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123692 TCTTTGGGAATCGAAGGGGTCCCCGAGGAAGCAGAAGCCGAGGGACGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCGTTTTTCTCTGCGTTCAGTGGATTTCCGTCTTTTGGAAGTGGATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123742 TCGTTTTTCTCTGCGTTCAGTGGATTTCCGTCTTTTGGAAGTGGATTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCTTTTGATACAG         GATTTACTTCATTTGGGTCACTAGGTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123792 TTCTTTTGATACAGGTA...TAGGATTTACTTCATTTGGGTCACTAGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACGGGGGCCTCACTTCATTCTCTTCCACGTCATTTGGTGGTAGTGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126322 ACGGGGGCCTCACTTCATTCTCTTCCACGTCATTTGGTGGTAGTGGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCAACTTCAAATCGATATCAACTTCAACTAAAATGGTTAATGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126372 GGCAACTTCAAATCGATATCAACTTCAACTAAAATGGTTAATGGCAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATCACTACAAAGAG         AATTGTCGAGAACGGTCAAGAAAGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126422 AATCACTACAAAGAGGTA...CAGAATTGTCGAGAACGGTCAAGAAAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAGAAGTTGAAGAAGATGGCCAGTTAAAGTCCTTAACAATAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 126995 TAGAAGTTGAAGAAGATGGCCAGTTAAAGTCCTTAACAATAAATGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     GTGTGGCCGACGACGATGCCCTCGCTGAGGAGCGCATGCGGAGAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127045 .CAGGTGTGGCCGACGACGATGCCCTCGCTGAGGAGCGCATGCGGAGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCAGAACGCCCTGCCAGCCCAGCCTGCCGGCCTCCGCCCGCCGAAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151269 CCAGAACGCCCTGCCAGCCCAGCCTGCCGGCCTCCGCCCGCCGAAGCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCGGCCTGCCTCGCTGCTGAGACACGCGCCTCACTGTCTCTCTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151319 CCCGGCCTGCCTCGCTGCTGAGACACGCGCCTCACTGTCTCTCTGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGGGCGAGCAGGACCGACCTCGGGCACCCGGGCCCTGGGACCCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151369 GAGGGCGAGCAGGACCGACCTCGGGCACCCGGGCCCTGGGACCCCCTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTCCGCAGCAGGTGTGCAAAGGGAGGCAGCCGTGGAGCAGGCGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151419 GTCCGCAGCAGGTGTGCAAAGGGAGGCAGCCGTGGAGCAGGCGCAGAGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGACTTCTCTGGGTGCCAGAGGACAGCGAGGACACAAACCGCGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151469 AGACTTCTCTGGGTGCCAGAGGACAGCGAGGACACAAACCGCGCCTGGGC

   1050     .    :    .
    988 TGCTGTGTTCTGACC
        |||||||||||||||
 151519 TGCTGTGTTCTGACC