seq1 = pF1KB5507.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KB5507/gi568815588f_5312693.tfa (gi568815588f:5312693_5556991), 244299 bp

>pF1KB5507 1788
>gi568815588f:5312693_5556991 (Chr10)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-195  (113963-114029)   100% ->
196-255  (116478-116537)   100% ->
256-363  (139138-139245)   100% ->
364-531  (139666-139833)   100% ->
532-594  (140166-140228)   100% ->
595-691  (140558-140654)   98% ->
692-768  (140792-140868)   100% ->
769-1026  (141573-141830)   100% ->
1027-1197  (142256-142426)   100% ->
1198-1384  (143395-143581)   100% ->
1385-1788  (143896-144299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCGAGCTGGCGGCTCAGAAGCAGCCTCGACCGCGGAGGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCGAGCTGGCGGCTCAGAAGCAGCCTCGACCGCGGAGGCGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCCGGGCCTCTGGGCTCAGCACGGAGGGAGCGACGGGGCCTTCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCCGGGCCTCTGGGCTCAGCACGGAGGGAGCGACGGGGCCTTCGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACCTCCGGGTCGGAGCTGGACGGGAG         ATGTTCCCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 ACACCTCCGGGTCGGAGCTGGACGGGAGGTG...TAGATGTTCCCTTCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGCAGCTCCTTCACATTCTTAACACCTGGCCCCAACTGGGACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113976 AGAGGCAGCTCCTTCACATTCTTAACACCTGGCCCCAACTGGGACTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTG         AAAAGAAAACGCAGAGAGAAAGATGATGATGTTGTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114026 TTTGGTG...TAGAAAAGAAAACGCAGAGAGAAAGATGATGATGTTGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCTTAGCAGCCTTGATCTGAAG         GAGCCAAGCAATAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116515 GCCTTAGCAGCCTTGATCTGAAGGTA...TAGGAGCCAAGCAATAAAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTCGACCTCTGGCTCGTGTCACGTCCTTGGCAAATTTAATCTCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139156 GTTCGACCTCTGGCTCGTGTCACGTCCTTGGCAAATTTAATCTCTCCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAGAAATGGAGCTGTCAGACGTTTTGGTCAAACAATACAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 139206 AAGAAATGGAGCTGTCAGACGTTTTGGTCAAACAATACAGGTA...AAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATTTACCCTTCGTGGTGACCACAGATCCCCAGCCTCTGCCCAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139667 CATTTACCCTTCGTGGTGACCACAGATCCCCAGCCTCTGCCCAGAAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTAGCAGGTCAACAGTCCCAACACCCGCCAAGAGAAGGAGCAGTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139717 TCTAGCAGGTCAACAGTCCCAACACCCGCCAAGAGAAGGAGCAGTGCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTGGTCAGAGATGCTGGACATCACCATGAAGGAGTCTCTCACCACCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139767 GTGGTCAGAGATGCTGGACATCACCATGAAGGAGTCTCTCACCACCAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGATCAGACGGCAGGAG         GCAATATATGAAATGTCCCGAGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 139817 AGATCAGACGGCAGGAGGTA...TAGGCAATATATGAAATGTCCCGAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAACAGGATTTAATTGAGGATCTCAAACTTGCAAGAAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 140190 GAACAGGATTTAATTGAGGATCTCAAACTTGCAAGAAAGGTC...CAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTACCATGACCCCATGTTAAAGTTGTCCATCATGTCAGAAGAGGAACTCA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140560 CTATCATGACCCCATGTTAAAGTTGTCCATCATGTCAGAAGAGGAACTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CACATATATTTGGTGATCTGGACTCTTACATACCTCTGCATGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 140610 CACATATATTTGGTGATCTGGACTCTTACATACCTCTGCATGAAGGTT..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     ATTTGTTGACAAGAATAGGAGAAGCAACCAAGCCTGATGGAACAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140660 .CAGATTTGTTGACAAGAATAGGAGAAGCAACCAAGCCTGATGGAACAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGCAGATTGGTCACATTCTCGTGAGCTGG         TTACCGCGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 140838 GGAGCAGATTGGTCACATTCTCGTGAGCTGGGTA...CAGTTACCGCGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGAATGCCTACAGAGGTTACTGTAGTAACCAGCTGGCAGCCAAAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141583 TGAATGCCTACAGAGGTTACTGTAGTAACCAGCTGGCAGCCAAAGCTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTTGATCAAAAGAAACAGGATCCAAGAGTCCAAGACTTCCTCCAGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141633 CTTGATCAAAAGAAACAGGATCCAAGAGTCCAAGACTTCCTCCAGCGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCTCGAGTCTCCCTTCAGTCGAAAACTAGATCTTTGGAGTTTCCTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141683 TCTCGAGTCTCCCTTCAGTCGAAAACTAGATCTTTGGAGTTTCCTAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCCTCGAAGTCGCCTAGTCAAATACCCTTTACTGTTAAAAGAAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141733 TCCCTCGAAGTCGCCTAGTCAAATACCCTTTACTGTTAAAAGAAATTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAACACACTCCAAAAGAGCACCCTGATGTTCAGCTTCTGGAGGATGCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 141783 AAACACACTCCAAAAGAGCACCCTGATGTTCAGCTTCTGGAGGATGCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027        ATATTGATAATACAGGGAGTCCTCTCTGATATCAACTTGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141833 A...CAGATATTGATAATACAGGGAGTCCTCTCTGATATCAACTTGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGGTGAATCCGAGTGCCAGTATTACATCGACAAGCTGGAGTACCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142299 AAGGTGAATCCGAGTGCCAGTATTACATCGACAAGCTGGAGTACCTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAAAGCAGAGGGACCCCAGAATCGAAGCGAGCAAAGTGCTGCTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142349 GAAAAGCAGAGGGACCCCAGAATCGAAGCGAGCAAAGTGCTGCTGTGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGGGAGCTGCGGAGCAAGAGTGGACAT         AAACTTTACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 142399 TGGGGAGCTGCGGAGCAAGAGTGGACATGTA...CAGAAACTTTACATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTGTTTCAAGACATCTTGGTTCTGACTCGGCCCGTCACACGGAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143408 TCCTGTTTCAAGACATCTTGGTTCTGACTCGGCCCGTCACACGGAACGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGGCACTCTTACCAGGTTTACCGGCAGCCAATCCCAGTCCAAGAGCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143458 CGGCACTCTTACCAGGTTTACCGGCAGCCAATCCCAGTCCAAGAGCTAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTAGAAGACCTGCAGGATGGAGATGTGAGAATGGGAGGCTCCTTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143508 CCTAGAAGACCTGCAGGATGGAGATGTGAGAATGGGAGGCTCCTTTCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GAGCTTTCAGTAACTCAGAGAAAG         CTAAAAATATCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 143558 GAGCTTTCAGTAACTCAGAGAAAGGTA...CAGCTAAAAATATCTTTAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATTCGCTTCCATGACCCCTCTCCAGCCCAGTCTCACACTCTGCAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143913 ATTCGCTTCCATGACCCCTCTCCAGCCCAGTCTCACACTCTGCAAGCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGACGTGTTCCACAAGCAGCAGTGGTTCAACTGTATTCGAGCGGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143963 TGACGTGTTCCACAAGCAGCAGTGGTTCAACTGTATTCGAGCGGCCATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCCCCTTCCAGTCGGCAGGCAGTCCACCTGAGCTGCAGGGCCTGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144013 CCCCCTTCCAGTCGGCAGGCAGTCCACCTGAGCTGCAGGGCCTGCCGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTGCACGAAGAGTGTGAGGGGAACCACCCCTCTGCGAGGAAACTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144063 CTGCACGAAGAGTGTGAGGGGAACCACCCCTCTGCGAGGAAACTCACAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCAGAGGAGGGCATCCACAGTTTCCAGTGTTACTCAGGTAGAAGTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144113 CCAGAGGAGGGCATCCACAGTTTCCAGTGTTACTCAGGTAGAAGTTGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAAACGCTTACAGATGTGGCTCTGGCATGCAGATGGCAGAGGACAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144163 AAAACGCTTACAGATGTGGCTCTGGCATGCAGATGGCAGAGGACAGCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGCTTAAAGACACACCAGACACAGCCCGGCATCCGAAGAGCGAGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144213 AGCTTAAAGACACACCAGACACAGCCCGGCATCCGAAGAGCGAGGGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1752 AGCCCTTTCTGGTGGCAAACGGAAAGAGACTTTGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144263 AGCCCTTTCTGGTGGCAAACGGAAAGAGACTTTGGTG