seq1 = pF1KB5503.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KB5503/gi568815581r_28454223.tfa (gi568815581r:28454223_28671190), 216968 bp

>pF1KB5503 1665
>gi568815581r:28454223_28671190 (Chr17)

(complement)

1-34  (99695-99728)   100% ->
35-174  (100003-100142)   100% ->
175-286  (100228-100339)   100% ->
287-376  (107284-107373)   100% ->
377-468  (107669-107760)   100% ->
469-676  (109562-109769)   100% ->
677-819  (111000-111142)   100% ->
820-934  (112601-112715)   100% ->
935-1080  (114219-114364)   100% ->
1081-1181  (114925-115025)   100% ->
1182-1392  (116130-116340)   100% ->
1393-1665  (116696-116968)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGCCGGGGCTGCGGCTACACACCTAG         AGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99695 ATGGCGGCCGCCGGGGCTGCGGCTACACACCTAGGTG...CAGAGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGGGGCAAGCGCGCCGCCCTCTTCTTCGCTGCGGTGGCCATCGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 CCGGGGCAAGCGCGCCGCCCTCTTCTTCGCTGCGGTGGCCATCGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCTACCGCTCTGGTGGAAGACCACGGAGACCTACCGGGCCTCGTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 GGCTACCGCTCTGGTGGAAGACCACGGAGACCTACCGGGCCTCGTTGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTCCCAGATCAGTGGCCTGAATGCCCTTCAG         CTCCGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100110 TACTCCCAGATCAGTGGCCTGAATGCCCTTCAGGTG...TAGCTCCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATGGTGCCTGTCACTGTCGTGTTTACGCGGGAGTCAGTGCCCCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100236 CATGGTGCCTGTCACTGTCGTGTTTACGCGGGAGTCAGTGCCCCTGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGGAGAAGCTGCCCTTCACCGTTGTGCATGAAAGAGAGATTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100286 ACCAGGAGAAGCTGCCCTTCACCGTTGTGCATGAAAGAGAGATTCCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAT         ACAAAATGAAAATCAAATGCCGTTTCCAGAAGGCCTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100336 AAATGTG...CAGACAAAATGAAAATCAAATGCCGTTTCCAGAAGGCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGGAGGGCTTTGGACCATGAGGAGGAGGCCCTGTCATCGGGCAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 TCGGAGGGCTTTGGACCATGAGGAGGAGGCCCTGTCATCGGGCAGTGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAG         AGGCAGAAGCCATGTTAGATGAGCCTCAGGAACAAGCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 AAGGTA...CAGAGGCAGAAGCCATGTTAGATGAGCCTCAGGAACAAGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGGGCTCCCTGACTGTGTACGTGATATCTGAACACTCCTCACTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107707 GAGGGCTCCCTGACTGTGTACGTGATATCTGAACACTCCTCACTTCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAG         GACATGATGAGCTACATTGGGCCCAAGAGGACAGCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107757 CCAGGTA...CAGGACATGATGAGCTACATTGGGCCCAAGAGGACAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGTGCGGGGGATAATGCACCGGGAGGCCTTTAACATCATTGGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109599 TGGTGCGGGGGATAATGCACCGGGAGGCCTTTAACATCATTGGCCGCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATAGTCCAGGTGGCCCAGGCCATGTCTTTGACTGAGGATGTGCTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109649 ATAGTCCAGGTGGCCCAGGCCATGTCTTTGACTGAGGATGTGCTTGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTCTGGCTGACCACCTTCCAGAGGACAAGTGGAGCGCTGAGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109699 TGCTCTGGCTGACCACCTTCCAGAGGACAAGTGGAGCGCTGAGAAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCCTCTCAAGTCCAGCTTGG         GCTATGAGATCACCTTCAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109749 GGCCTCTCAAGTCCAGCTTGGGTA...TAGGCTATGAGATCACCTTCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTACTCAACCCAGACCCCAAGTCCCATGATGTCTACTGGGACATTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111020 TTACTCAACCCAGACCCCAAGTCCCATGATGTCTACTGGGACATTGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCTGTCCGGCGCTATGTGCAACCTTTCCTGAATGCCCTCGGTGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111070 GGCTGTCCGGCGCTATGTGCAACCTTTCCTGAATGCCCTCGGTGCCGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCAACTTCTCTGTGGACTCTCAG         ATTCTTTACTATGCAATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111120 GCAACTTCTCTGTGGACTCTCAGGTG...CAGATTCTTTACTATGCAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTGGGGGTGAATCCCCGCTTTGACTCAGCTTCCTCCAGCTACTATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112619 TTGGGGGTGAATCCCCGCTTTGACTCAGCTTCCTCCAGCTACTATTTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATGCACAGCCTCCCCCATGTCATCAACCCAGTGGAGTCCCGGCTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112669 CATGCACAGCCTCCCCCATGTCATCAACCCAGTGGAGTCCCGGCTGGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935       GATCCAGTGCTGCCTCCTTGTACCCTGTGCTCAACTTTCTACTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112719 ...CAGGATCCAGTGCTGCCTCCTTGTACCCTGTGCTCAACTTTCTACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACGTGCCTGAGCTTGCACACTCACCGCTGTACATTCAGGACAAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114263 TACGTGCCTGAGCTTGCACACTCACCGCTGTACATTCAGGACAAGGATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CGCTCCAGTGGCCACCAATGCCTTCCATAGTCCCCGCTGGGGTGGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114313 CGCTCCAGTGGCCACCAATGCCTTCCATAGTCCCCGCTGGGGTGGCATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TG         GTATATAATGTTGACTCCAAAACCTATAATGCCTCAGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114363 TGGTA...CAGGTATATAATGTTGACTCCAAAACCTATAATGCCTCAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGCCAGTGAGAGTCGAGGTGGACATGGTGCGAGTGATGGAGGTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114964 CTGCCAGTGAGAGTCGAGGTGGACATGGTGCGAGTGATGGAGGTGTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCACAGTTGCG         GTTGCTCTTTGGGATTGCTCAGCCCCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115014 GGCACAGTTGCGGTG...CAGGTTGCTCTTTGGGATTGCTCAGCCCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCCTCCAAAATGCCTGCTTTCAGGGCCTACGAGTGAAGGGCTAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116159 TGCCTCCAAAATGCCTGCTTTCAGGGCCTACGAGTGAAGGGCTAATGACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGGAGCTAGACCGGCTGCTCTGGGCTCGGTCAGTGGAGAACCTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116209 TGGGAGCTAGACCGGCTGCTCTGGGCTCGGTCAGTGGAGAACCTGGCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCCACCACCACCCTTACCTCCCTGGCGCAGCTTCTGGGCAAGATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116259 AGCCACCACCACCCTTACCTCCCTGGCGCAGCTTCTGGGCAAGATCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACATTGTCATTAAGGACGACGTGGCATCTGAG         GTGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116309 ACATTGTCATTAAGGACGACGTGGCATCTGAGGTA...TAGGTGTACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTGTAGCTGCCGTCCAGAAGTCGGCAGAAGAGTTGGCGTCTGGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116705 GCTGTAGCTGCCGTCCAGAAGTCGGCAGAAGAGTTGGCGTCTGGGCACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGCATCTGCCTTTGTCGCCAGCCAGGAAGCTGTGACATCCTCTGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116755 GGCATCTGCCTTTGTCGCCAGCCAGGAAGCTGTGACATCCTCTGAGCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCTTCTTTGACCCGTCACTCCTCCACCTCCTTTATTTCCCTGATGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116805 CCTTCTTTGACCCGTCACTCCTCCACCTCCTTTATTTCCCTGATGACCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAGTTTGCCATCTACATCCCACTCTTCCTGCCTATGGCTGTGCCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116855 AAGTTTGCCATCTACATCCCACTCTTCCTGCCTATGGCTGTGCCCATCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCTGTCCCTGGTCAAGATCTTCCTGGAGACCCGCAAGTCCTGGAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116905 CCTGTCCCTGGTCAAGATCTTCCTGGAGACCCGCAAGTCCTGGAGAAAGC

   1750     .    :
   1652 CTGAGAAGACAGAC
        ||||||||||||||
 116955 CTGAGAAGACAGAC