seq1 = pF1KB5493.tfa, 2724 bp
seq2 = pF1KB5493/gi568815595f_184199267.tfa (gi568815595f:184199267_184408887), 209621 bp

>pF1KB5493 2724
>gi568815595f:184199267_184408887 (Chr3)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-192  (100585-100641)   100% ->
193-357  (101014-101178)   100% ->
358-479  (102271-102392)   100% ->
480-704  (102581-102805)   100% ->
705-863  (103104-103262)   99% ->
864-1008  (103413-103557)   100% ->
1009-1069  (103736-103796)   100% ->
1070-1216  (104054-104200)   100% ->
1217-1323  (104377-104483)   100% ->
1324-1451  (104681-104808)   100% ->
1452-1539  (105038-105125)   100% ->
1540-1702  (106502-106664)   100% ->
1703-1804  (106788-106889)   100% ->
1805-1950  (107084-107229)   100% ->
1951-2034  (107485-107568)   100% ->
2035-2203  (108091-108259)   100% ->
2204-2298  (108348-108442)   100% ->
2299-2425  (108624-108750)   100% ->
2426-2544  (109183-109301)   100% ->
2545-2724  (109442-109621)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGGGAGGCCGGGACAAGGCGCCGGTGCAGCCCCAGCAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGGGAGGCCGGGACAAGGCGCCGGTGCAGCCCCAGCAGTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGCGGCCCCCGGCGGCACGGACGAGAAGCCGAGCGGCAAGGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGGCGGCCCCCGGCGGCACGGACGAGAAGCCGAGCGGCAAGGAGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGATGCCGGGGACAAGGACAAAGAACAGGAGCTG         TCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GGGATGCCGGGGACAAGGACAAAGAACAGGAGCTGGTG...CAGTCTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGATAAACAGCTTCAAGATGAACTGGAGATGCTCGTGGAACGACTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100591 GAGGATAAACAGCTTCAAGATGAACTGGAGATGCTCGTGGAACGACTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         GAGAAGGATACATCCCTGTATCGACCAGCGCTGGAGGAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100641 GGTG...CAGGAGAAGGATACATCCCTGTATCGACCAGCGCTGGAGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCGAAGGCAGATTCGTTCTTCTACAACTTCCATGACTTCAGTGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 TGCGAAGGCAGATTCGTTCTTCTACAACTTCCATGACTTCAGTGCCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTCTCAAATTTCTGCGTCCACACTATGGCAAACTGAAGGAAATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101104 CCTCTCAAATTTCTGCGTCCACACTATGGCAAACTGAAGGAAATCTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAACATGGCCCCTGGGGAGAATAAG         CGTTTTGCTGCTGACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101154 GAACATGGCCCCTGGGGAGAATAAGGTA...TAGCGTTTTGCTGCTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCATCTCCGTTTTGGCCATGACCATGAGTGGGGAGCGTGAGTGCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102287 TCATCTCCGTTTTGGCCATGACCATGAGTGGGGAGCGTGAGTGCCTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATCGGCTAGTGGGCTCCCAGGAGGAATTGGCATCATGGGGTCATGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102337 TATCGGCTAGTGGGCTCCCAGGAGGAATTGGCATCATGGGGTCATGAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTCAG         GCATCTGGCAGGAGAAGTGGCTAAGGAGTGGCAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102387 TGTCAGGTA...TAGGCATCTGGCAGGAGAAGTGGCTAAGGAGTGGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTGGATGACGCAGAGAAGGTCCAGCGGGAGCCTCTGCTCACTCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102616 AGCTGGATGACGCAGAGAAGGTCCAGCGGGAGCCTCTGCTCACTCTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGGAAATCGTCCCCTATAACATGGCCCACAATGCAGAGCATGAGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102666 AAGGAAATCGTCCCCTATAACATGGCCCACAATGCAGAGCATGAGGCTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGACCTGCTTATGGAAATTGAGCAGGTGGACATGCTGGAGAAGGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102716 CGACCTGCTTATGGAAATTGAGCAGGTGGACATGCTGGAGAAGGACATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGAAAATGCATATGCAAAGGTCTGCCTTTATCTCACCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102766 ATGAAAATGCATATGCAAAGGTCTGCCTTTATCTCACCAGGTG...TAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGTGTGAATTACGTGCCTGAGCCTGAGAACTCAGCCCTACTGTGTTGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 103105 TGTGTGAATTACGTGCCTGAGCCTGAGAACTCAGCCCTACTGCGTTGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGGGTGTGTTCCGAAAGTTTAGCCGCTTCCCTGAAGCTCTGAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103155 CCTGGGTGTGTTCCGAAAGTTTAGCCGCTTCCCTGAAGCTCTGAGATTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATTGATGCTCAATGACATGGAGTTGGTAGAAGACATCTTCACCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103205 CATTGATGCTCAATGACATGGAGTTGGTAGAAGACATCTTCACCTCCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGGATGT         GGTAGTACAGAAACAGATGGCATTCATGCTAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103255 AAGGATGTGTA...CAGGGTAGTACAGAAACAGATGGCATTCATGCTAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCGGCATGGGGTGTTCCTGGAGCTGAGTGAAGATGTCGAGGAGTATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103446 CCGGCATGGGGTGTTCCTGGAGCTGAGTGAAGATGTCGAGGAGTATGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCTGACAGAGATCATGTCCAATGTACAGCTCAACAGCAACTTCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103496 ACCTGACAGAGATCATGTCCAATGTACAGCTCAACAGCAACTTCTTGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTAGCTCGGGAG         CTGGACATCATGGAGCCCAAGGTGCCTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103546 TTAGCTCGGGAGGTG...CAGCTGGACATCATGGAGCCCAAGGTGCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGACATCTACAAAACCCACCTAGAGAACAACA         GGTTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103765 TGACATCTACAAAACCCACCTAGAGAACAACAGTG...CAGGGTTTGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCAGTGGCTCTCAGGTGGACTCTGCCCGCATGAACCTGGCCTCCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104063 GCAGTGGCTCTCAGGTGGACTCTGCCCGCATGAACCTGGCCTCCTCTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGAATGGCTTTGTGAATGCAGCTTTTGGCCAAGACAAGCTGCTAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104113 GTGAATGGCTTTGTGAATGCAGCTTTTGGCCAAGACAAGCTGCTAACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGATGGCAACAAATGGCTTTACAAGAACAAGGACCACG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104163 TGATGGCAACAAATGGCTTTACAAGAACAAGGACCACGGTA...TAGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGTTGAGTGCAGCTGCATCTCTTGGGATGATTCTGCTGTGGGATGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104380 TGTTGAGTGCAGCTGCATCTCTTGGGATGATTCTGCTGTGGGATGTGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGTGGCCTCACCCAGATTGACAAGTACCTGTACTCCTCTGAGGACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104430 GGTGGCCTCACCCAGATTGACAAGTACCTGTACTCCTCTGAGGACTACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAAG         TCAGGAGCTCTTCTTGCCTGTGGCATAGTGAACTCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104480 TAAGGTT...TAGTCAGGAGCTCTTCTTGCCTGTGGCATAGTGAACTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGGTCCGGAATGAGTGTGACCCTGCTCTGGCACTGCTCTCAGACTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 GGGTCCGGAATGAGTGTGACCCTGCTCTGGCACTGCTCTCAGACTATGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTCCACAACAGCAACACCATGAGACTTGGTTCCATCTTTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104768 CTCCACAACAGCAACACCATGAGACTTGGTTCCATCTTTGGGTA...CAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCTAGGCTTGGCTTATGCTGGCTCAAATCGTGAAGATGTCCTAACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105038 GCTAGGCTTGGCTTATGCTGGCTCAAATCGTGAAGATGTCCTAACACTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGCTGCCTGTGATGGGAGATTCAAAGTCCAGCATGGAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105088 TGCTGCCTGTGATGGGAGATTCAAAGTCCAGCATGGAGGTG...TAGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCAGGTGTCACAGCTTTAGCCTGTGGAATGATAGCAGTAGGGTCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106505 GCAGGTGTCACAGCTTTAGCCTGTGGAATGATAGCAGTAGGGTCCTGCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGGAGATGTAACTTCCACTATCCTTCAGACCATCATGGAGAAGTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106555 TGGAGATGTAACTTCCACTATCCTTCAGACCATCATGGAGAAGTCAGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CTGAGCTCAAGGATACTTATGCTCGTTGGCTTCCTCTTGGACTGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106605 CTGAGCTCAAGGATACTTATGCTCGTTGGCTTCCTCTTGGACTGGGTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AACCACCTGG         GGAAGGGTGAGGCCATCGAGGCAATCCTGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106655 AACCACCTGGGTG...TAGGGAAGGGTGAGGCCATCGAGGCAATCCTGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGCACTGGAGGTTGTGTCAGAGCCATTCCGCAGTTTTGCCAACACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106819 TGCACTGGAGGTTGTGTCAGAGCCATTCCGCAGTTTTGCCAACACACTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGGATGTGTGTGCATATGCAG         GCTCTGGGAATGTGCTGAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106869 TGGATGTGTGTGCATATGCAGGTC...CAGGCTCTGGGAATGTGCTGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GTGCAGCAGCTGCTCCACATTTGTAGCGAACACTTTGACTCCAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107104 GTGCAGCAGCTGCTCCACATTTGTAGCGAACACTTTGACTCCAAAGAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGAGGAAGACAAAGACAAGAAGGAAAAGAAAGACAAGGACAAGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 GGAGGAAGACAAAGACAAGAAGGAAAAGAAAGACAAGGACAAGAAGGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCCCTGCTGACATGGGAGCACATCAG         GGAGTGGCTGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107204 CCCCTGCTGACATGGGAGCACATCAGGTT...CAGGGAGTGGCTGTTCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GGGATTGCCCTTATTGCTATGGGGGAGGAGATTGGTGCAGAGATGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107500 GGGATTGCCCTTATTGCTATGGGGGAGGAGATTGGTGCAGAGATGGCATT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 ACGAACCTTTGGCCACTTG         CTGAGATATGGGGAGCCTACAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107550 ACGAACCTTTGGCCACTTGGTG...CAGCTGAGATATGGGGAGCCTACAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TCCGGAGGGCTGTACCTTTAGCACTGGCCCTCATCTCTGTTTCAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108113 TCCGGAGGGCTGTACCTTTAGCACTGGCCCTCATCTCTGTTTCAAATCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CGACTCAACATCCTGGATACCCTAAGCAAATTCTCTCATGATGCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108163 CGACTCAACATCCTGGATACCCTAAGCAAATTCTCTCATGATGCTGATCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGAAGTTTCCTATAACTCCATTTTTGCCATGGGCATGGTGGGCAGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108213 AGAAGTTTCCTATAACTCCATTTTTGCCATGGGCATGGTGGGCAGTGGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2204       GTACCAATAATGCCCGTCTGGCTGCAATGCTGCGCCAGTTAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108263 ...CAGGTACCAATAATGCCCGTCTGGCTGCAATGCTGCGCCAGTTAGCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CAATATCATGCCAAGGACCCAAACAACCTCTTCATGGTGCGCTTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108392 CAATATCATGCCAAGGACCCAAACAACCTCTTCATGGTGCGCTTGGCACA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 G         GGCCTGACACATTTAGGGAAGGGCACCCTTACCCTCTGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108442 GGTA...CAGGGCCTGACACATTTAGGGAAGGGCACCCTTACCCTCTGCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CCTACCACAGCGACCGGCAGCTTATGAGCCAGGTGGCCGTGGCTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108664 CCTACCACAGCGACCGGCAGCTTATGAGCCAGGTGGCCGTGGCTGGACTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CTCACTGTGCTTGTCTCTTTCCTGGATGTTCGAAACA         TTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108714 CTCACTGTGCTTGTCTCTTTCCTGGATGTTCGAAACAGTG...CAGTTAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TCTAGGCAAATCACACTATGTATTGTATGGGCTGGTGGCTGCCATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109187 TCTAGGCAAATCACACTATGTATTGTATGGGCTGGTGGCTGCCATGCAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 CCCGAATGCTGGTTACGTTTGATGAGGAGCTGCGGCCATTGCCAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109237 CCCGAATGCTGGTTACGTTTGATGAGGAGCTGCGGCCATTGCCAGTGTCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GTCCGTGTGGGCCAG         GCAGTGGATGTGGTGGGCCAGGCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109287 GTCCGTGTGGGCCAGGTG...CAGGCAGTGGATGTGGTGGGCCAGGCTGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 CAAGCCGAAGACTATCACAGGGTTCCAGACGCATACAACCCCAGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109468 CAAGCCGAAGACTATCACAGGGTTCCAGACGCATACAACCCCAGTGTTGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 TGGCCCACGGGGAACGGGCAGAATTGGCCACTGAGGAGTTTCTTCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109518 TGGCCCACGGGGAACGGGCAGAATTGGCCACTGAGGAGTTTCTTCCTGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 ACCCCCATTCTGGAAGGTTTTGTTATCCTTCGGAAGAACCCCAATTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109568 ACCCCCATTCTGGAAGGTTTTGTTATCCTTCGGAAGAACCCCAATTATGA

   2900 
   2721 TCTC
        ||||
 109618 TCTC