seq1 = pF1KB5490.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KB5490/gi568815594r_39400146.tfa (gi568815594r:39400146_39621512), 221367 bp

>pF1KB5490 1482
>gi568815594r:39400146_39621512 (Chr4)

(complement)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-264  (107329-107430)   100% ->
265-465  (110652-110852)   100% ->
466-663  (110963-111160)   100% ->
664-811  (111606-111753)   100% ->
812-906  (112853-112947)   100% ->
907-1037  (115765-115895)   100% ->
1038-1171  (116143-116276)   100% ->
1172-1263  (117005-117096)   100% ->
1264-1374  (117528-117638)   100% ->
1375-1482  (121260-121367)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGAAATTAAGAAGATCTGTTGCATCGGTGCAGGCTATGTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGAAATTAAGAAGATCTGTTGCATCGGTGCAGGCTATGTTGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCACATGTAGTGTCATTGCTCATATGTGTCCTGAAATCAGGGTAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCACATGTAGTGTCATTGCTCATATGTGTCCTGAAATCAGGGTAACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTTGATGTCAATGAATCAAGAATCAATGCGTGGAATTCTCCTACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTTGATGTCAATGAATCAAGAATCAATGCGTGGAATTCTCCTACACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTATTTATGAG         CCAGGACTAAAAGAAGTGGTAGAATCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTATTTATGAGGTA...TAGCCAGGACTAAAAGAAGTGGTAGAATCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGAGGAAAAAATCTTTTTTTTTCTACCAATATTGATGATGCCATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107358 TCGAGGAAAAAATCTTTTTTTTTCTACCAATATTGATGATGCCATCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCTGATCTTGTATTTATTTCT         GTGAATACTCCAACAAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107408 AAGCTGATCTTGTATTTATTTCTGTA...CAGGTGAATACTCCAACAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTATGGAATGGGGAAAGGCCGGGCAGCAGATCTGAAGTATATTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110670 ACCTATGGAATGGGGAAAGGCCGGGCAGCAGATCTGAAGTATATTGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGTGCTAGACGCATTGTGCAAAACTCAAATGGGTACAAAATTGTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110720 TTGTGCTAGACGCATTGTGCAAAACTCAAATGGGTACAAAATTGTGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAAAGCACAGTTCCAGTGCGGGCAGCAGAAAGTATCCGTCGCATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110770 AGAAAAGCACAGTTCCAGTGCGGGCAGCAGAAAGTATCCGTCGCATATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGCAAACACAAAACCCAACTTGAATTTACAG         GTGCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110820 GATGCAAACACAAAACCCAACTTGAATTTACAGGTA...TAGGTGCTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACCCTGAGTTTCTGGCAGAGGGAACAGCCATCAAGGACCTAAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110971 CAACCCTGAGTTTCTGGCAGAGGGAACAGCCATCAAGGACCTAAAGAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGACAGAGTACTGATTGGAGGGGATGAAACTCCAGAGGGCCAGAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111021 CAGACAGAGTACTGATTGGAGGGGATGAAACTCCAGAGGGCCAGAGAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGCAGGCCCTGTGTGCTGTATATGAGCACTGGGTTCCCAGAGAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111071 GTGCAGGCCCTGTGTGCTGTATATGAGCACTGGGTTCCCAGAGAAAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTCACCACTAATACTTGGTCTTCAGAGCTTTCCAAACTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111121 CCTCACCACTAATACTTGGTCTTCAGAGCTTTCCAAACTGGTT...AAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGCAAATGCTTTTCTTGCCCAGAGAATAAGCAGCATTAACTCCATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111607 CAGCAAATGCTTTTCTTGCCCAGAGAATAAGCAGCATTAACTCCATAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTCTGTGTGAAGCAACAGGAGCTGATGTAGAAGAGGTAGCAACAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111657 GCTCTGTGTGAAGCAACAGGAGCTGATGTAGAAGAGGTAGCAACAGCGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGAATGGACCAGAGAATTGGAAACAAGTTTCTAAAAGCCAGTGTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111707 TGGAATGGACCAGAGAATTGGAAACAAGTTTCTAAAAGCCAGTGTTGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812       GGTTTGGTGGGAGCTGTTTCCAAAAGGATGTTCTGAATTTGGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111757 ...CAGGGTTTGGTGGGAGCTGTTTCCAAAAGGATGTTCTGAATTTGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TATCTCTGTGAGGCTCTGAATTTGCCAGAAGTAGCTCGTTATTGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112897 TATCTCTGTGAGGCTCTGAATTTGCCAGAAGTAGCTCGTTATTGGCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 G         GTCATAGACATGAATGACTACCAGAGGAGGAGGTTTGCTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112947 GGTA...CAGGTCATAGACATGAATGACTACCAGAGGAGGAGGTTTGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCGGATCATAGATAGTCTGTTTAATACAGTAACTGATAAGAAGATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115805 CCCGGATCATAGATAGTCTGTTTAATACAGTAACTGATAAGAAGATAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTTTGGGATTTGCATTCAAAAAGGACACTGGTGATACAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115855 ATTTTGGGATTTGCATTCAAAAAGGACACTGGTGATACAAGGTA...TAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAATCTTCTAGTATATATATTAGCAAATATTTGATGGATGAAGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116143 AGAATCTTCTAGTATATATATTAGCAAATATTTGATGGATGAAGGTGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATCTACATATATATGATCCAAAAGTACCTAGGGAACAAATAGTTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116193 ATCTACATATATATGATCCAAAAGTACCTAGGGAACAAATAGTTGTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTTTCTCATCCAGGTGTTTCAGAGGATGACCAAG         TGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116243 CTTTCTCATCCAGGTGTTTCAGAGGATGACCAAGGTA...CAGTGTCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTCGTGACCATTTCCAAGGATCCATATGAAGCATGTGATGGTGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117012 GCTCGTGACCATTTCCAAGGATCCATATGAAGCATGTGATGGTGCCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGTTGTTATTTGCACTGAGTGGGACATGTTTAAG         GAATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117062 CTGTTGTTATTTGCACTGAGTGGGACATGTTTAAGGTA...CAGGAATTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATTATGAACGCATTCATAAAAAAATGCTAAAGCCAGCCTTTATCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117534 GATTATGAACGCATTCATAAAAAAATGCTAAAGCCAGCCTTTATCTTCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGGACGGCGTGTCCTGGATGGGCTCCACAATGAACTACAAACCATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117584 TGGACGGCGTGTCCTGGATGGGCTCCACAATGAACTACAAACCATTGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCCAG         ATTGAAACAATTGGCAAAAAGGTGTCTTCAAAGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117634 TCCAGGTA...CAGATTGAAACAATTGGCAAAAAGGTGTCTTCAAAGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATTCCATATGCTCCTTCTGGTGAAATTCCGAAGTTTAGTCTTCAAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121296 ATTCCATATGCTCCTTCTGGTGAAATTCCGAAGTTTAGTCTTCAAGATCC

   1550     .    :    .    :
   1461 ACCTAACAAGAAACCTAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||
 121346 ACCTAACAAGAAACCTAAAGTG