seq1 = pF1KB5485.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KB5485/gi568815586f_111667056.tfa (gi568815586f:111667056_111903975), 236920 bp

>pF1KB5485 1551
>gi568815586f:111667056_111903975 (Chr12)

1-114  (99928-100041)   100% ->
115-219  (114863-114967)   100% ->
220-360  (116103-116243)   100% ->
361-440  (118212-118291)   100% ->
441-552  (122768-122879)   100% ->
553-681  (123379-123507)   100% ->
682-795  (124251-124364)   100% ->
796-898  (125006-125108)   100% ->
899-1083  (125543-125727)   100% ->
1084-1248  (131023-131187)   100% ->
1249-1406  (132851-133008)   100% ->
1407-1521  (136804-136918)   100% ->
1522-1551  (142488-142517)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCGCGCTGCCGCCCGCTTCGGGCCCCGCCTGGGCCGCCGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99928 ATGTTGCGCGCTGCCGCCCGCTTCGGGCCCCGCCTGGGCCGCCGCCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCAGCCGCCGCCACCCAGGCCGTGCCTGCCCCCAACCAGCAGCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99978 GTCAGCCGCCGCCACCCAGGCCGTGCCTGCCCCCAACCAGCAGCCCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTCTGCAACCAG         ATTTTCATAAACAATGAATGGCACGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100028 TCTTCTGCAACCAGGTG...TAGATTTTCATAAACAATGAATGGCACGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCGTCAGCAGGAAAACATTCCCCACCGTCAATCCGTCCACTGGAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114890 GCCGTCAGCAGGAAAACATTCCCCACCGTCAATCCGTCCACTGGAGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCTGTCAGGTAGCTGAAGGGGACAAG         GAAGATGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114940 CATCTGTCAGGTAGCTGAAGGGGACAAGGTG...TAGGAAGATGTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCAGTGAAGGCCGCCCGGGCCGCCTTCCAGCTGGGCTCACCTTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116116 AGGCAGTGAAGGCCGCCCGGGCCGCCTTCCAGCTGGGCTCACCTTGGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCATGGACGCATCACACAGGGGCCGGCTGCTGAACCGCCTGGCCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116166 CGCATGGACGCATCACACAGGGGCCGGCTGCTGAACCGCCTGGCCGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCGAGCGGGACCGGACCTACCTGGCG         GCCTTGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116216 GATCGAGCGGGACCGGACCTACCTGGCGGTG...CAGGCCTTGGAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGACAATGGCAAGCCCTATGTCATCTCCTACCTGGTGGATTTGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118225 TGGACAATGGCAAGCCCTATGTCATCTCCTACCTGGTGGATTTGGACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCCTCAAATGTCTCCG         GTATTATGCCGGCTGGGCTGATAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118275 GTCCTCAAATGTCTCCGGTA...AAGGTATTATGCCGGCTGGGCTGATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTACCACGGGAAAACCATCCCCATTGACGGAGACTTCTTCAGCTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122792 GTACCACGGGAAAACCATCCCCATTGACGGAGACTTCTTCAGCTACACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCATGAACCTGTGGGGGTGTGCGGGCAGATCATTCCG         TGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122842 GCCATGAACCTGTGGGGGTGTGCGGGCAGATCATTCCGGTG...CAGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATTTCCCGCTCCTGATGCAAGCATGGAAGCTGGGCCCAGCCTTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123382 AATTTCCCGCTCCTGATGCAAGCATGGAAGCTGGGCCCAGCCTTGGCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAAACGTGGTTGTGATGAAGGTAGCTGAGCAGACACCCCTCACCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123432 TGGAAACGTGGTTGTGATGAAGGTAGCTGAGCAGACACCCCTCACCGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTATGTGGCCAACCTGATCAAGGAG         GCTGGCTTTCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 123482 TCTATGTGGCCAACCTGATCAAGGAGGTG...CAGGCTGGCTTTCCCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTGTGGTCAACATTGTGCCTGGATTTGGCCCCACGGCTGGGGCCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124266 GGTGTGGTCAACATTGTGCCTGGATTTGGCCCCACGGCTGGGGCCGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCTCCCATGAGGATGTGGACAAAGTGGCATTCACAGGCTCCACTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 124316 TGCCTCCCATGAGGATGTGGACAAAGTGGCATTCACAGGCTCCACTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         ATTGGCCGCGTAATCCAGGTTGCTGCTGGGAGCAGCAACCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124366 TA...CAGATTGGCCGCGTAATCCAGGTTGCTGCTGGGAGCAGCAACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAGAGTGACCTTGGAGCTGGGGGGGAAGAGCCCCAACATCATCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125048 AAGAGAGTGACCTTGGAGCTGGGGGGGAAGAGCCCCAACATCATCATGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGATGCCGATA         TGGATTGGGCCGTGGAACAGGCCCACTTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125098 AGATGCCGATAGTG...CAGTGGATTGGGCCGTGGAACAGGCCCACTTCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCTGTTCTTCAACCAGGGCCAGTGCTGCTGTGCCGGCTCCCGGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125573 CCCTGTTCTTCAACCAGGGCCAGTGCTGCTGTGCCGGCTCCCGGACCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGCAGGAGGACATCTATGATGAGTTTGTGGAGCGGAGCGTTGCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125623 GTGCAGGAGGACATCTATGATGAGTTTGTGGAGCGGAGCGTTGCCCGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGTCTCGGGTGGTCGGGAACCCCTTTGATAGCAAGACCGAGCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125673 CAAGTCTCGGGTGGTCGGGAACCCCTTTGATAGCAAGACCGAGCAGGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGCAG         GTGGATGAAACTCAGTTTAAGAAGATCCTCGGCTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125723 CGCAGGTG...CAGGTGGATGAAACTCAGTTTAAGAAGATCCTCGGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCAACACGGGGAAGCAAGAGGGGGCGAAGCTGCTGTGTGGTGGGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131059 ATCAACACGGGGAAGCAAGAGGGGGCGAAGCTGCTGTGTGGTGGGGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCTGCTGACCGTGGTTACTTCATCCAGCCCACTGTGTTTGGAGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131109 TGCTGCTGACCGTGGTTACTTCATCCAGCCCACTGTGTTTGGAGATGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGATGGCATGACCATCGCCAAGGAGGAG         ATCTTCGGGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 131159 AGGATGGCATGACCATCGCCAAGGAGGAGGTG...CAGATCTTCGGGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGATGCAGATCCTGAAGTTCAAGACCATAGAGGAGGTTGTTGGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132863 GTGATGCAGATCCTGAAGTTCAAGACCATAGAGGAGGTTGTTGGGAGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAACAATTCCACGTACGGGCTGGCCGCAGCTGTCTTCACAAAGGATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132913 CAACAATTCCACGTACGGGCTGGCCGCAGCTGTCTTCACAAAGGATTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACAAGGCCAATTACCTGTCCCAGGCCCTCCAGGCGGGCACTGTGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 132963 ACAAGGCCAATTACCTGTCCCAGGCCCTCCAGGCGGGCACTGTGTGGTA.

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407      GGTCAACTGCTATGATGTGTTTGGAGCCCAGTCACCCTTTGGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133013 ..CAGGGTCAACTGCTATGATGTGTTTGGAGCCCAGTCACCCTTTGGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTACAAGATGTCGGGGAGTGGCCGGGAGTTGGGCGAGTACGGGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136849 CTACAAGATGTCGGGGAGTGGCCGGGAGTTGGGCGAGTACGGGCTGCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CATACACTGAAGTGAAAACT         GTCACAGTCAAAGTGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 136899 CATACACTGAAGTGAAAACTGTG...CAGGTCACAGTCAAAGTGCCTCAG

   1650     .
   1543 AAGAACTCA
        |||||||||
 142509 AAGAACTCA