seq1 = pF1KB5481.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KB5481/gi568815582f_21857234.tfa (gi568815582f:21857234_22083168), 225935 bp

>pF1KB5481 1359
>gi568815582f:21857234_22083168 (Chr16)

1-33  (96191-96223)   100% ->
34-117  (100002-100085)   100% ->
118-267  (100184-100333)   100% ->
268-332  (101302-101366)   100% ->
333-389  (105227-105283)   100% ->
390-514  (105528-105652)   100% ->
515-612  (108175-108272)   100% ->
613-670  (111395-111452)   100% ->
671-766  (114292-114387)   100% ->
767-966  (114690-114889)   100% ->
967-1047  (116663-116743)   100% ->
1048-1124  (118934-119010)   100% ->
1125-1278  (123314-123467)   100% ->
1279-1359  (125855-125935)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTACTAACCAGAGCCGGCTCTTTCTCG         AGATTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  96191 ATGAAGCTACTAACCAGAGCCGGCTCTTTCTCGGTG...TAGAGATTTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCCCTCAAAGTTGCCCCCAAAGTTAAAGCCACAGCTGCGCCTGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 TTCCCTCAAAGTTGCCCCCAAAGTTAAAGCCACAGCTGCGCCTGCAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACCGCCACAACCTCAGGACCTTGAG         TTTACCAAGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100060 CACCGCCACAACCTCAGGACCTTGAGGTT...CAGTTTACCAAGTTACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATGGCTTGGTGATTGCTTCTTTGGAAAACTATTCTCCTGTATCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 AATGGCTTGGTGATTGCTTCTTTGGAAAACTATTCTCCTGTATCAAGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGTTTGTTCATTAAAGCAGGCAGTAGATATGAGGACTTCAGCAATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 TGGTTTGTTCATTAAAGCAGGCAGTAGATATGAGGACTTCAGCAATTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAACCACCCATTTGCTGCGTCTTACATCCAGTCTG         ACGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100299 GAACCACCCATTTGCTGCGTCTTACATCCAGTCTGGTG...AAGACGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAGGAGCTTCATCTTTCAAGATAACCCGTGGAATTGAAGCAGTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101308 AAAGGAGCTTCATCTTTCAAGATAACCCGTGGAATTGAAGCAGTTGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAATTAAG         TGTGACCGCAACAAGGGAAAACATGGCTTATA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101358 CAAATTAAGGTT...CAGTGTGACCGCAACAAGGGAAAACATGGCTTATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGTGGAATGCCTGCGGGGTGATGT         TGATATTCTAATGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105259 CTGTGGAATGCCTGCGGGGTGATGTGTA...TAGTGATATTCTAATGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTCCTGCTCAATGTCACCACAGCACCAGAATTTCGTCGTTGGGAAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105544 TTCCTGCTCAATGTCACCACAGCACCAGAATTTCGTCGTTGGGAAGTAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGACCTTCAGCCTCAGCTAAAGATTGACAAAGCTGTGGCCTTTCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105594 TGACCTTCAGCCTCAGCTAAAGATTGACAAAGCTGTGGCCTTTCAGAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGCAGACTC         ATGTCATTGAAAATTTGCATGCAGCAGCTTAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105644 CGCAGACTCGTA...CAGATGTCATTGAAAATTTGCATGCAGCAGCTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CGGAATGCCTTGGCTAATCCCTTGTATTGTCCTGACTATAGGATTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108207 CGGAATGCCTTGGCTAATCCCTTGTATTGTCCTGACTATAGGATTGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTGACATCAGAGGAG         TTACATTACTTCGTTCAGAACCATT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108257 AGTGACATCAGAGGAGGTA...CAGTTACATTACTTCGTTCAGAACCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCACAAGTGCAAGAATGGCTTTGATTGGACTTG         GTGTGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111420 TCACAAGTGCAAGAATGGCTTTGATTGGACTTGGTA...CAGGTGTGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CATCCTGTTCTAAAGCAAGTTGCTGAACAGTTTCTCAACATGAGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114300 CATCCTGTTCTAAAGCAAGTTGCTGAACAGTTTCTCAACATGAGGGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCTTGGTTTATCTGGTGCAAAGGCCAACTACCGTGGAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114350 GCTTGGTTTATCTGGTGCAAAGGCCAACTACCGTGGAGGTA...CAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AAATCCGAGAACAGAATGGAGACAGTCTTGTCCATGCTGCTTTTGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114693 AAATCCGAGAACAGAATGGAGACAGTCTTGTCCATGCTGCTTTTGTAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GAAAGTGCTGTCGCGGGAAGTGCAGAGGCAAATGCATTTAGTGTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114743 GAAAGTGCTGTCGCGGGAAGTGCAGAGGCAAATGCATTTAGTGTTCTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCATGTCCTCGGTGCTGGGCCACATGTCAAGAGGGGCAGCAACACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114793 GCATGTCCTCGGTGCTGGGCCACATGTCAAGAGGGGCAGCAACACCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCCATCTGCACCAGGCTGTTGCCAAGGCAACTCAGCAGCCATTTGAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114843 GCCATCTGCACCAGGCTGTTGCCAAGGCAACTCAGCAGCCATTTGATGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    967       GTTTCTGCATTTAATGCCAGTTACTCAGATTCTGGACTCTTTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114893 ...CAGGTTTCTGCATTTAATGCCAGTTACTCAGATTCTGGACTCTTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GATTTATACTATCTCCCAGGCCACAGCTGCTGGAGAT         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116707 GATTTATACTATCTCCCAGGCCACAGCTGCTGGAGATGTA...TAGGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCAAGGCTGCCTATAATCAAGTAAAAACAATAGCTCAAGGAAACCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118938 TCAAGGCTGCCTATAATCAAGTAAAAACAATAGCTCAAGGAAACCTTTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AACACAGATGTCCAAGCTGCCAA         GAACAAGCTGAAAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118988 AACACAGATGTCCAAGCTGCCAAGTA...CAGGAACAAGCTGAAAGCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 ATACCTAATGTCAGTGGAGTCTTCTGAGTGTTTCCTGGAAGAAGTCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123332 ATACCTAATGTCAGTGGAGTCTTCTGAGTGTTTCCTGGAAGAAGTCGGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CCCAGGCTCTAGTTGCTGGTTCTTACATGCCACCATCCACAGTCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123382 CCCAGGCTCTAGTTGCTGGTTCTTACATGCCACCATCCACAGTCCTTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CAGATTGATTCAGTGGCTAATGCTGATATCATAAAT         GCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123432 CAGATTGATTCAGTGGCTAATGCTGATATCATAAATGTA...AAGGCGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AAAGAAGTTTGTTTCTGGCCAGAAGTCAATGGCAGCAAGTGGAAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125860 AAAGAAGTTTGTTTCTGGCCAGAAGTCAATGGCAGCAAGTGGAAATTTGG

   1450     .    :    .    :    .
   1334 GACATACACCTTTTGTTGATGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||
 125910 GACATACACCTTTTGTTGATGAGTTG