seq1 = pF1KB5479.tfa, 1458 bp
seq2 = pF1KB5479/gi568815593r_140458588.tfa (gi568815593r:140458588_140664245), 205658 bp

>pF1KB5479 1458
>gi568815593r:140458588_140664245 (Chr5)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-213  (100331-100494)   100% ->
214-290  (100576-100652)   100% ->
291-351  (101523-101583)   100% ->
352-498  (101747-101893)   100% ->
499-632  (102019-102154)   97% ->
633-747  (102545-102659)   100% ->
748-832  (102797-102881)   100% ->
833-916  (103145-103228)   100% ->
917-1032  (103492-103607)   100% ->
1033-1224  (103742-103933)   100% ->
1225-1458  (105425-105658)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGCAAGGATTACATGCTGGCCATCATTCTGGTCAACTGCGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGCTGGGCAAGGATTACATGCTGGCCATCATTCTGGTCAACTGCGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         ATGACTTGTGGGGGGACCACAGTCTGGAGGTGGAGGCTGGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...TAGATGACTTGTGGGGGGACCACAGTCTGGAGGTGGAGGCTGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCTCCTGGCTGGAGGAAGATCCACGATGCTGCAGGTACTTACTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100373 TGCCTCCTGGCTGGAGGAAGATCCACGATGCTGCAGGTACTTACTACTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGTACCCAGCGGTAGCACCCAGTGGCAGCGCCCAACCTGGGAACTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100423 CATGTACCCAGCGGTAGCACCCAGTGGCAGCGCCCAACCTGGGAACTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATGCAGAGGACCCAGGCACG         GGAACGGAGGGGATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100473 AGATGCAGAGGACCCAGGCACGGTA...CAGGGAACGGAGGGGATCTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACTGCGGCCCCCCAAAGGGAGATCCTTCTCCAGCCTGGAGAGTTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100595 GACTGCGGCCCCCCAAAGGGAGATCCTTCTCCAGCCTGGAGAGTTCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCGGAG         TAACTCTCTGTCCTGGTATGGTGGGGAATCCTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100645 GACCGGAGGTA...CAGTAACTCTCTGTCCTGGTATGGTGGGGAATCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCCAGAGCATGGAGCCAGGGGCTAAG         TGCTTTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101556 CATCCAGAGCATGGAGCCAGGGGCTAAGGTA...CAGTGCTTTGCAGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCTCTCTGGGCTGGGTAGAGGTACCTGAAGAGGACCTGGCACCGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101760 GCTCTCTGGGCTGGGTAGAGGTACCTGAAGAGGACCTGGCACCGGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGCAGTATTGCAGTCAATAACTGTATCCAGCAGCTGGCCCAGACCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101810 AGCAGTATTGCAGTCAATAACTGTATCCAGCAGCTGGCCCAGACCCGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGGAGCCAGCCTCCAGATGGTGCCTGGGGTGAG         GGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101860 CCGGAGCCAGCCTCCAGATGGTGCCTGGGGTGAGGTG...CAGGGCCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACATGCTGATGATCCTGAAGAAGGATGCCATGAGCCTAGTGAATCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102026 ACATGCTGATGATCCTGAAGAAGGATGCCATGAGCCTAGTGAATCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACCACAGTCTGATCCACTGCCAGCCTCTGGTGCACATCCGTGTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102076 GACCACAGTCTGATCCACTGCCAGCCTCTGGTGCACATCCGTGTGTGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTGGGGAGCTCCAAGGGCCG TGA CAG         GGACTTCGCTTT
        |||||||||||||||||||||-|||- | >>>...>>>||||||||||||
 102126 CGTGGGGAGCTCCAAGGGCCGGTGAGGATGCC...TAGGGACTTCGCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 TGTGGCAAGTGACAAAGATAGCTGTATGCTCAAGTGCCATGTGTTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102557 TGTGGCAAGTGACAAAGATAGCTGTATGCTCAAGTGCCATGTGTTTTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695 GTGATGTCCCTGCCAAGGCCATTGCCAGTGCCCTACATGGGCTTTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102607 GTGATGTCCCTGCCAAGGCCATTGCCAGTGCCCTACATGGGCTTTGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745 CAG         ATCTTGTCAGAGCGAGTAGAGGTCAGTGGTGATGCCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102657 CAGGTA...TAGATCTTGTCAGAGCGAGTAGAGGTCAGTGGTGATGCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786 TTGCTGCTCCCCAGACCCCATCTCTCCTGAAGACCTGCCACGGCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102835 TTGCTGCTCCCCAGACCCCATCTCTCCTGAAGACCTGCCACGGCAAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833       TGGAGCTGCTGGATGCGGTAAGCCAAGCTGCTCAGAAGTACGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102885 ...CAGTGGAGCTGCTGGATGCGGTAAGCCAAGCTGCTCAGAAGTACGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877 GCACTGTATATGGGGACACTGCCAGTCACCAAGGCCATGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103189 GCACTGTATATGGGGACACTGCCAGTCACCAAGGCCATGGGTG...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    918 CATGGATGTGCTGAACGAGGCCATTGGTACCCTCACCGCCAGGGGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103493 CATGGATGTGCTGAACGAGGCCATTGGTACCCTCACCGCCAGGGGGGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968 GGAATGCCTGGGTCCCCACCATGCTCAGTGTGTCTGACTCTCTCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103543 GGAATGCCTGGGTCCCCACCATGCTCAGTGTGTCTGACTCTCTCATGACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018 GCACACCCCATTCAG         GCAGAGGCCAGTACAGAGGAGGAGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103593 GCACACCCCATTCAGGTA...CAGGCAGAGGCCAGTACAGAGGAGGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1059 ATTGTGGCAGTGCCCTGTGCGCCTTGTGACATTTATTGGTGTTGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 ATTGTGGCAGTGCCCTGTGCGCCTTGTGACATTTATTGGTGTTGGCCGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1109 ACCCACACACCTTTGGCCTCATCGCTGACCTGGGCCGTCAGAGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103818 ACCCACACACCTTTGGCCTCATCGCTGACCTGGGCCGTCAGAGCTTCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159 TGCGCAGCCTTCTGGTGCCAGCCCCATGCAGGGGGACTCTCTGAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 TGCGCAGCCTTCTGGTGCCAGCCCCATGCAGGGGGACTCTCTGAAGCTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1209 GCAGGCTGCCTGTATG         GTTCAGTACCAGAAGTGTCTTGTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103918 GCAGGCTGCCTGTATGGTG...TAGGTTCAGTACCAGAAGTGTCTTGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 CCTCTGCAGCTCGAGGCAAGGCCTGGGGTGCCCAGGCCCGTGCCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105450 CCTCTGCAGCTCGAGGCAAGGCCTGGGGTGCCCAGGCCCGTGCCCGCCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 CGGCTCAAGCGGACCAGCTCCATGGATTCCCCAGGAGGTCCCCTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105500 CGGCTCAAGCGGACCAGCTCCATGGATTCCCCAGGAGGTCCCCTGCCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 CCCCCTGCTCAAAGGAGGGGTTGGCGGTGCAGGGGCAACCCCTCGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105550 CCCCCTGCTCAAAGGAGGGGTTGGCGGTGCAGGGGCAACCCCTCGAAAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 GGGGTGTCTTCTCTTTTCTTGATGCCTTCCGGCTGAAACCCTCTCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105600 GGGGTGTCTTCTCTTTTCTTGATGCCTTCCGGCTGAAACCCTCTCTGCTC

   1550     .
   1450 CATATGCCC
        |||||||||
 105650 CATATGCCC