seq1 = pF1KB5477.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB5477/gi568815587f_65240385.tfa (gi568815587f:65240385_65451756), 211372 bp

>pF1KB5477 1173
>gi568815587f:65240385_65451756 (Chr11)

1-32  (93503-93534)   100% ->
33-193  (100001-100161)   100% ->
194-301  (100582-100689)   100% ->
302-465  (101015-101178)   100% ->
466-558  (103361-103453)   100% ->
559-637  (103607-103685)   100% ->
638-775  (105282-105419)   100% ->
776-904  (105546-105674)   100% ->
905-1017  (105863-105975)   100% ->
1018-1099  (108466-108547)   100% ->
1100-1173  (111299-111372)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGTGGTGGAGAATGTAGTGAAGCT         CCTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  93503 ATGGCGGCTGTGGTGGAGAATGTAGTGAAGCTGTG...CAGCCTTGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGTACTACAAAGATGCCATGGAGCAGTGCCACAATTACAATGCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GCAGTACTACAAAGATGCCATGGAGCAGTGCCACAATTACAATGCTCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTGTGCTGAGCGCAGCGTGCGCCTGCCTTTCTTGGACTCACAGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 TCTGTGCTGAGCGCAGCGTGCGCCTGCCTTTCTTGGACTCACAGACCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAGCCCAGAGCAATTGTTACATCTGGATGGAAAAGCGACACCGGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 GTAGCCCAGAGCAATTGTTACATCTGGATGGAAAAGCGACACCGGGGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GATTGGCCTCCGGACAGCTGTACTCCTACCCTGCCCGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100160 AGGTG...CAGGATTGGCCTCCGGACAGCTGTACTCCTACCCTGCCCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTGGCGGAAAAAGCGGCGAGCCCATCCCCCTGAGGATCCACGACTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100621 GCTGGCGGAAAAAGCGGCGAGCCCATCCCCCTGAGGATCCACGACTTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCCATCTATTAAGCCAG         ACACAGACCAGACCCTGAAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100671 TTCCCATCTATTAAGCCAGGTA...CAGACACAGACCAGACCCTGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGGGGCTGATCTCTCAGGATGGCAGTAGTTTAGAGGCTCTGTTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101037 GGAGGGGCTGATCTCTCAGGATGGCAGTAGTTTAGAGGCTCTGTTGCGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGACCCCCTGGAGAAGCGAGGTGCCCCGGATCCCCGAGTTGATGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101087 CTGACCCCCTGGAGAAGCGAGGTGCCCCGGATCCCCGAGTTGATGATGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCTGGGCGAGTTTCCTGTGACCAACAGTCGAGCGCGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101137 AGCCTGGGCGAGTTTCCTGTGACCAACAGTCGAGCGCGAAAGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  CGGATCCTAGAACCAGATGACTTCCTGGATGACCTCGATGATGAAGACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103360 GCGGATCCTAGAACCAGATGACTTCCTGGATGACCTCGATGATGAAGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAAGAAGATACTCCCAAGCGTCGGGGAAAGGGGAAATCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103410 ATGAAGAAGATACTCCCAAGCGTCGGGGAAAGGGGAAATCCAAGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    GGTAAGGGTGTGGGCAGTGCCCGTAAGAAGCTGGATGCTTCCATCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103604 CAGGGTAAGGGTGTGGGCAGTGCCCGTAAGAAGCTGGATGCTTCCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGGACCGGGATAAGCCCTATGCCTGTGACA         TTTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103654 GGAGGACCGGGATAAGCCCTATGCCTGTGACAGTG...CAGTTTGTGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACGTTACAAGAACCGACCAGGCCTCAGTTACCACTATGCCCACTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105291 AACGTTACAAGAACCGACCAGGCCTCAGTTACCACTATGCCCACTCCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTGGCTGAGGAGGAGGGCGAGGACAAGGAAGACTCTCAACCACCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105341 TTGGCTGAGGAGGAGGGCGAGGACAAGGAAGACTCTCAACCACCCACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTTTCCCAGAGGTCTGAGGAGCAGAAAT         CCAAAAAGGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105391 TGTTTCCCAGAGGTCTGAGGAGCAGAAATGTA...TAGCCAAAAAGGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGATGGATTGGCCTTGCCCAACAACTACTGTGACTTCTGCCTGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105558 CTGATGGATTGGCCTTGCCCAACAACTACTGTGACTTCTGCCTGGGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCAAAGATTAACAAGAAGACGGGACAACCCGAGGAGCTGGTGTCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105608 TCAAAGATTAACAAGAAGACGGGACAACCCGAGGAGCTGGTGTCCTGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGACTGTGGCCGCTCAG         GGCATCCATCTTGCCTCCAATTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105658 TGACTGTGGCCGCTCAGGTA...CAGGGCATCCATCTTGCCTCCAATTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCCCCGTGATGATGGCGGCAGTGAAGACATACCGCTGGCAGTGCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105887 CCCCCGTGATGATGGCGGCAGTGAAGACATACCGCTGGCAGTGCATCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCAAATGTTGCAATATCTGCGGCACCTCCGAGAATGAC         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105937 TGCAAATGTTGCAATATCTGCGGCACCTCCGAGAATGACGTG...CAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCAGTTGCTCTTCTGTGATGACTGCGATCGTGGCTACCACATGTACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108468 CCAGTTGCTCTTCTGTGATGACTGCGATCGTGGCTACCACATGTACTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCACCCCGTCCATGTCTGAGCCCCCTGAAG         GAAGTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108518 TCACCCCGTCCATGTCTGAGCCCCCTGAAGGTA...CAGGAAGTTGGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGCCACCTGTGTCTGGACCTGTTGAAAGAGAAAGCTTCCATCTACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111310 TGCCACCTGTGTCTGGACCTGTTGAAAGAGAAAGCTTCCATCTACCAGAA

   1250     .    :
   1161 CCAGAACTCCTCT
        |||||||||||||
 111360 CCAGAACTCCTCT