seq1 = pF1KB5474.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KB5474/gi568815578f_44801534.tfa (gi568815578f:44801534_45006435), 204902 bp

>pF1KB5474 738
>gi568815578f:44801534_45006435 (Chr20)

1-300  (100001-100300)   100% ->
301-424  (102460-102583)   100% ->
425-588  (103435-103598)   100% ->
589-684  (104468-104563)   100% ->
685-738  (104849-104902)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAATGGATAAAAGTGAGCTGGTACAGAAAGCCAAACTCGCTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAATGGATAAAAGTGAGCTGGTACAGAAAGCCAAACTCGCTGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGAGCGATATGATGATATGGCTGCAGCCATGAAGGCAGTCACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGAGCGATATGATGATATGGCTGCAGCCATGAAGGCAGTCACAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGGCATGAACTCTCCAACGAAGAGAGAAATCTGCTCTCTGTTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGGCATGAACTCTCCAACGAAGAGAGAAATCTGCTCTCTGTTGCCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAATGTGGTAGGCGCCCGCCGCTCTTCCTGGCGTGTCATCTCCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAATGTGGTAGGCGCCCGCCGCTCTTCCTGGCGTGTCATCTCCAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGCAGAAAACAGAGAGGAATGAGAAGAAGCAGCAGATGGGCAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGCAGAAAACAGAGAGGAATGAGAAGAAGCAGCAGATGGGCAAAGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCGTGAGAAGATAGAGGCAGAACTGCAGGACATCTGCAATGATGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCGTGAGAAGATAGAGGCAGAACTGCAGGACATCTGCAATGATGTTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301          GAGCTGTTGGACAAATATCTTATTCCCAATGCTACACAACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTA...TAGGAGCTGTTGGACAAATATCTTATTCCCAATGCTACACAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAAAGTAAGGTGTTCTACTTGAAAATGAAAGGAGATTATTTTAGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 AGAAAGTAAGGTGTTCTACTTGAAAATGAAAGGAGATTATTTTAGGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTCTGAAGTGGCATCTGGAGACAACAAACAAA         CCACTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102551 TTTCTGAAGTGGCATCTGGAGACAACAAACAAAGTA...CAGCCACTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCGAACTCCCAGCAGGCTTACCAGGAAGCATTTGAAATTAGTAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103443 TCGAACTCCCAGCAGGCTTACCAGGAAGCATTTGAAATTAGTAAGAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATGCAGCCTACACACCCAATTCGTCTTGGTCTGGCACTAAATTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103493 AATGCAGCCTACACACCCAATTCGTCTTGGTCTGGCACTAAATTTCTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTTTTACTATGAGATTCTAAACTCTCCTGAAAAGGCCTGTAGCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103543 TCTTTTACTATGAGATTCTAAACTCTCCTGAAAAGGCCTGTAGCCTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAACG         GCATTTGATGAAGCAATTGCTGAATTGGATACGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103593 AAAACGGTG...TAGGCATTTGATGAAGCAATTGCTGAATTGGATACGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAATGAAGAGTCTTATAAAGACAGCACTCTGATCATGCAGTTACTTAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104503 GAATGAAGAGTCTTATAAAGACAGCACTCTGATCATGCAGTTACTTAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACAATCTCACT         CTGTGGACATCGGAAAACCAGGGAGACGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104553 ACAATCTCACTGTA...CAGCTGTGGACATCGGAAAACCAGGGAGACGAA

    750     .    :    .    :
    715 GGAGACGCTGGGGAGGGAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||
 104879 GGAGACGCTGGGGAGGGAGAGAAC