seq1 = pF1KB5473.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB5473/gi568815594f_82330830.tfa (gi568815594f:82330830_82560117), 229288 bp

>pF1KB5473 783
>gi568815594f:82330830_82560117 (Chr4)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-186  (117091-117192)   100% ->
187-389  (120214-120416)   100% ->
390-522  (123893-124025)   100% ->
523-646  (126086-126209)   100% ->
647-783  (129152-129288)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGTGCTTTCGGTCCCCGCCGAAGTCACCGTGATCCTGTTAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCGTGCTTTCGGTCCCCGCCGAAGTCACCGTGATCCTGTTAGATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAAGGTACCACAACCCCGATTGCTTTCGTGAAG         GACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGAAGGTACCACAACCCCGATTGCTTTCGTGAAGGTG...CAGGACATTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATTTCCTTACATCGAAGAAAATGTTAAAGAGTATCTGCAGACACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117098 TATTTCCTTACATCGAAGAAAATGTTAAAGAGTATCTGCAGACACATTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAAGAGGAGTGCCAGCAGGATGTCAGTCTTTTGAGGAAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117148 GAAGAAGAGGAGTGCCAGCAGGATGTCAGTCTTTTGAGGAAACAGGTT..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GCTGAAGAGGACGCCCACCTGGATGGGGCTGTTCCTATCCCTGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117198 .AAGGCTGAAGAGGACGCCCACCTGGATGGGGCTGTTCCTATCCCTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATCTGGGAATGGAGTGGATGATCTGCAACAGATGATCCAGGCCGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120260 CATCTGGGAATGGAGTGGATGATCTGCAACAGATGATCCAGGCCGTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATAATGTGTGCTGGCAGATGTCCCTGGATCGAAAGACCACTGCACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120310 GATAATGTGTGCTGGCAGATGTCCCTGGATCGAAAGACCACTGCACTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAGCTGCAGGGCCACATGTGGAGGGCGGCATTCACAGCTGGGCGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120360 ACAGCTGCAGGGCCACATGTGGAGGGCGGCATTCACAGCTGGGCGCATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGCAGA         GTTCTTTGCAGATGTAGTTCCAGCAGTCAGGAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120410 AAGCAGAGTA...TAGGTTCTTTGCAGATGTAGTTCCAGCAGTCAGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGAGAGAGGCCGGAATGAAGGTGTACATCTATTCCTCAGGGAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123927 TGGAGAGAGGCCGGAATGAAGGTGTACATCTATTCCTCAGGGAGTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCACAGAAACTGTTATTCGGGCATTCTACGGAGGGAGATATTCTTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123977 GGCACAGAAACTGTTATTCGGGCATTCTACGGAGGGAGATATTCTTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         CTTGTTGATGGTCACTTTGATACCAAGATTGGACACAAAGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124027 TA...CAGCTTGTTGATGGTCACTTTGATACCAAGATTGGACACAAAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAGTGAAAGTTACCGAAAGATTGCAGACAGCATTGGGTGCTCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126128 GAGAGTGAAAGTTACCGAAAGATTGCAGACAGCATTGGGTGCTCAACCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACATTTTGTTTCTGACAGATGTTACTCGAG         AGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126178 CAACATTTTGTTTCTGACAGATGTTACTCGAGGTG...CAGAGGCCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGCTGAGGAAGCAGATGTGCACGTAGCTGTGGTGGTGAGACCAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129161 CTGCTGAGGAAGCAGATGTGCACGTAGCTGTGGTGGTGAGACCAGGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGGATTAACAGATGATGAGAAGACTTACTACAGCCTCATCACATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129211 GCAGGATTAACAGATGATGAGAAGACTTACTACAGCCTCATCACATCCTT

    800     .    :    .    :    .
    756 CAGTGAACTATACCTGCCTTCCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 129261 CAGTGAACTATACCTGCCTTCCTCAACC