seq1 = pF1KB5462.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB5462/gi568815596r_97556861.tfa (gi568815596r:97556861_97763890), 207030 bp

>pF1KB5462 1128
>gi568815596r:97556861_97763890 (Chr2)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-113  (101945-102009)   100% ->
114-189  (103245-103320)   100% ->
190-315  (104414-104539)   100% ->
316-440  (104888-105012)   100% ->
441-657  (105248-105464)   100% ->
658-750  (105575-105667)   100% ->
751-925  (105774-105948)   99% ->
926-987  (106382-106443)   100% ->
988-1028  (106699-106739)   100% ->
1029-1128  (106931-107030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCCTACGACATCATCGCCAACCAGCCTGTGGTCATCGACAAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGAGTCCTACGACATCATCGCCAACCAGCCTGTGGTCATCGACAACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GGTTCGGGGGTGATTAAAGCTGGCTTTGCAGGAGACCAGATTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 G...CAGGGTTCGGGGGTGATTAAAGCTGGCTTTGCAGGAGACCAGATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAATACTGTTTCCCAAACTA         TGTCGGGCGGCCGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101988 CCAAATACTGTTTCCCAAACTAGTA...CAGTGTCGGGCGGCCGAAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGCGGGTGATGGCTGGAGCCCTGGAGGGGGACCTCTTCATCGGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103264 ATGCGGGTGATGGCTGGAGCCCTGGAGGGGGACCTCTTCATCGGACCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCAGAG         GAGCACCGGGGGCTGCTGACCATCCGCTACCCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103314 AGCAGAGGTA...CAGGAGCACCGGGGGCTGCTGACCATCCGCTACCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGAGCACGGCGTGGTGCGAGACTGGAACGACATGGAACGCATCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104448 TGGAGCACGGCGTGGTGCGAGACTGGAACGACATGGAACGCATCTGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACGTCTACTCCAAGGATCAGCTGCAGACCTTCTCGGAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104498 TACGTCTACTCCAAGGATCAGCTGCAGACCTTCTCGGAGGAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316  CATCCTGTGCTCCTCACGGAGGCCCCGCTCAACCCGAGTAAGAACCGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104887 GCATCCTGTGCTCCTCACGGAGGCCCCGCTCAACCCGAGTAAGAACCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAAGGCGGCAGAGGTGTTCTTTGAGACCTTCAACGTGCCGGCCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104937 AGAAGGCGGCAGAGGTGTTCTTTGAGACCTTCAACGTGCCGGCCCTGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCTCCATGCAGGCTGTGCTCAGTCT         GTACGCAACAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104987 ATCTCCATGCAGGCTGTGCTCAGTCTGTG...CAGGTACGCAACAGGACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CACGACAGGAGTGGTTCTAGACTCAGGGGACGGGGTCACTCATGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105263 CACGACAGGAGTGGTTCTAGACTCAGGGGACGGGGTCACTCATGCTGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCATCTATGAGGGCTTTGCCATGCCTCACTCCATCATGCGGGTGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105313 CCATCTATGAGGGCTTTGCCATGCCTCACTCCATCATGCGGGTGGACATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCGGCCGCGACGTCTCCCGCTACCTCCGACTCCTGCTGCGCAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105363 GCCGGCCGCGACGTCTCCCGCTACCTCCGACTCCTGCTGCGCAAGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTTGACTTCCATACCTCGGCTGAGTTTGAGGTTGTCCGGACAATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105413 GGTTGACTTCCATACCTCGGCTGAGTTTGAGGTTGTCCGGACAATCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         CGAGCGTGCTACCTGTCCATCAACCCACAGAAGGATGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105463 AGGTG...CAGCGAGCGTGCTACCTGTCCATCAACCCACAGAAGGATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCTCTGGAGACGGAGAAGGTGCAGTACACGTTGCCAGACGGCAGCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105614 GCTCTGGAGACGGAGAAGGTGCAGTACACGTTGCCAGACGGCAGCACGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAT         GTGGGGCCTGCACGATTCCGGGCCCCCGAGCTGCTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105664 TGATGTA...AAGGTGGGGCCTGCACGATTCCGGGCCCCCGAGCTGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCAGCCGGACCTTGTGGGGGATGAGAGTGAGGGGCTCCATGAGGTGGTG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 105811 TCCAGCCGGACCTTGTCGGGGATGAGAGTGAGGGGCTCCATGAGGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCTTCGCCATACACAAGTCCGACATGGACCTGCGCCGGACGCTGTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105861 GCCTTCGCCATACACAAGTCCGACATGGACCTGCGCCGGACGCTGTTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAACATCGTGCTCTCAGGTGGCTCAACGCTTTTCAAAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105911 CAACATCGTGCTCTCAGGTGGCTCAACGCTTTTCAAAGGTA...CAGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCGGAGACCGATTACTCAGTGAAGTGAAGAAGCTTGCCCCAAAGGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106385 TCGGAGACCGATTACTCAGTGAAGTGAAGAAGCTTGCCCCAAAGGATATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAATCAAG         ATCTCAGCCCCGCAGGAACGGCTGTACTCCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106435 AAAATCAAGGTG...TAGATCTCAGCCCCGCAGGAACGGCTGTACTCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATGGATTGG         CGGCTCCATCCTGGCCTCGCTGGACACTTTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106731 ATGGATTGGGTG...CAGCGGCTCCATCCTGGCCTCGCTGGACACTTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGAAGATGTGGGTGTCCAAAAAGGAGTATGAAGAGGATGGCTCCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 AGAAGATGTGGGTGTCCAAAAAGGAGTATGAAGAGGATGGCTCCCGTGCT

   1200     .    :    .
   1111 ATTCATCGCAAAACTTTC
        ||||||||||||||||||
 107013 ATTCATCGCAAAACTTTC