seq1 = pF1KB5459.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB5459/gi568815597r_145894013.tfa (gi568815597r:145894013_146096266), 202254 bp

>pF1KB5459 1173
>gi568815597r:145894013_146096266 (Chr1)

(complement)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-323  (100791-100863)   100% ->
324-471  (100976-101123)   100% ->
472-574  (101236-101338)   100% ->
575-831  (101467-101723)   100% ->
832-988  (101830-101986)   100% ->
989-1140  (102100-102251)   100% ->
1141-1173  (102381-102413)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGATGTTCAAGAAGATCAAGTCTTTTGAGGTGGTCTTTAACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGATGTTCAAGAAGATCAAGTCTTTTGAGGTGGTCTTTAACGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAAAGGTGTACGGCAGTGGCGAGAAGGTGGCTGGCCGGGTGATAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAAAGGTGTACGGCAGTGGCGAGAAGGTGGCTGGCCGGGTGATAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTGTGTGAAGTTACTCGTGTCAAAGCCGTTAGGATCCTGGCTTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTGTGTGAAGTTACTCGTGTCAAAGCCGTTAGGATCCTGGCTTGCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGCTAAAGTGCTTTGGATGCAGGGATCCCAGCAGTGCAAACAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGCTAAAGTGCTTTGGATGCAGGGATCCCAGCAGTGCAAACAGACTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGTACCTGCGCTATGAAGACACGCTTCTTCTGGAAGACCAGCCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGTACCTGCGCTATGAAGACACGCTTCTTCTGGAAGACCAGCCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GTGAGAATGAGATGGTGATCATGAGACCTGGAAACAAATAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTA...CAGGTGAGAATGAGATGGTGATCATGAGACCTGGAAACAAATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTACAAGTTCGGCTTTGAGCTTCCTCAGGG         GCCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100832 GAGTACAAGTTCGGCTTTGAGCTTCCTCAGGGGTA...CAGGCCTCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACATCCTTCAAAGGAAAATATGGGTGTGTAGACTACTGGGTGAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 AACATCCTTCAAAGGAAAATATGGGTGTGTAGACTACTGGGTGAAGGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTTGACCGCCCGAGCCAGCCAACTCAAGAGACAAAGAAAAACTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 TTCTTGACCGCCCGAGCCAGCCAACTCAAGAGACAAAGAAAAACTTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTAGTGGATCTGGTGGATGTCAATACCCCTGATTTAATG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101085 GTAGTGGATCTGGTGGATGTCAATACCCCTGATTTAATGGTG...TAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACCTGTGTCTGCTAAAAAAGAAAAGAAAGTTTCCTGCATGTTCATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101238 ACCTGTGTCTGCTAAAAAAGAAAAGAAAGTTTCCTGCATGTTCATTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGGCGGGTGTCTGTCTCTGCTCGAATTGACAGAAAAGGATTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101288 ATGGGCGGGTGTCTGTCTCTGCTCGAATTGACAGAAAAGGATTCTGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 G         GTGATGAGATTTCCATCCATGCTGACTTTGAGAATACATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101338 GGTA...TAGGTGATGAGATTTCCATCCATGCTGACTTTGAGAATACATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCCCGAATTGTGGTCCCCAAAGCTGCCATTGTGGCCCGCCACACTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101507 TTCCCGAATTGTGGTCCCCAAAGCTGCCATTGTGGCCCGCCACACTTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGCCAATGGCCAGACCAAGGTGCTGACTCAGAAGTTGTCATCAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101557 TTGCCAATGGCCAGACCAAGGTGCTGACTCAGAAGTTGTCATCAGTCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCAATCATATTATCTCAGGGACATGCGCATCATGGCGTGGCAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101607 GGCAATCATATTATCTCAGGGACATGCGCATCATGGCGTGGCAAGAGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCGGGTTCAGAAGATCAGGCCTTCTATCCTGGGCTGCAACATCCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101657 TCGGGTTCAGAAGATCAGGCCTTCTATCCTGGGCTGCAACATCCTTCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTGAATATTCCTTACTG         ATCTATGTTAGCGTTCCTGGATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101707 TTGAATATTCCTTACTGGTG...TAGATCTATGTTAGCGTTCCTGGATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGAAGGTCATCCTTGACCTGCCCCTGGTAATTGGCAGCAGATCAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 AAGAAGGTCATCCTTGACCTGCCCCTGGTAATTGGCAGCAGATCAGGTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AAGCAGCAGAACATCCAGCATGGCCAGCCGAACCAGCTCTGAGATGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 AAGCAGCAGAACATCCAGCATGGCCAGCCGAACCAGCTCTGAGATGAGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGGTAGATCTGAACATCCCTGATACCCCAGAAG         CTCCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101954 GGGTAGATCTGAACATCCCTGATACCCCAGAAGGTG...TAGCTCCTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGCTATATGGATGTCATTCCTGAAGATCACCGATTGGAGAGCCCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102108 TGCTATATGGATGTCATTCCTGAAGATCACCGATTGGAGAGCCCAACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCTCTGCTAGATGACATGGATGGCTCTCAAGACAGCCCTATCTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102158 TCCTCTGCTAGATGACATGGATGGCTCTCAAGACAGCCCTATCTTTATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGCCCCTGAGTTCAAGTTCATGCCACCACCGACTTATACTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102208 ATGCCCCTGAGTTCAAGTTCATGCCACCACCGACTTATACTGAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1141    GTGGATCCCTGCATCCTCAACAACAATGTGCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102378 TAGGTGGATCCCTGCATCCTCAACAACAATGTGCAG