seq1 = pF1KB5457.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KB5457/gi568815597f_10299629.tfa (gi568815597f:10299629_10519746), 220118 bp

>pF1KB5457 1449
>gi568815597f:10299629_10519746 (Chr1)

9-84  (100001-100076)   100% ->
85-264  (100765-100944)   100% ->
265-330  (103443-103508)   100% ->
331-449  (104533-104651)   100% ->
450-519  (108443-108512)   100% ->
520-654  (111790-111924)   100% ->
655-844  (113434-113623)   100% ->
845-975  (117359-117489)   100% ->
976-1109  (117748-117881)   100% ->
1110-1209  (119198-119297)   100% ->
1210-1332  (119789-119911)   100% ->
1333-1449  (120002-120118)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 AGCTGACATCGCGCTGATCGGATTGGCCGTCATGGGCCAGAACTTAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGCTGACATCGCGCTGATCGGATTGGCCGTCATGGGCCAGAACTTAATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 TGAACATGAATGACCACGGCTTTGTG         GTCTGTGCTTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 TGAACATGAATGACCACGGCTTTGTGGTA...TAGGTCTGTGCTTTTAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 AGGACTGTCTCCAAAGTTGATGATTTCTTGGCCAATGAGGCAAAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100780 AGGACTGTCTCCAAAGTTGATGATTTCTTGGCCAATGAGGCAAAGGGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 CAAAGTGGTGGGTGCCCAGTCCCTGAAAGAGATGGTCTCCAAGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100830 CAAAGTGGTGGGTGCCCAGTCCCTGAAAGAGATGGTCTCCAAGCTGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AGCCCCGGCGGATCATCCTCCTGGTGAAGGCTGGGCAAGCTGTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 AGCCCCGGCGGATCATCCTCCTGGTGAAGGCTGGGCAAGCTGTGGATGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 TTCATCGAGAAATTG         GTACCATTGTTGGATACTGGTGACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100930 TTCATCGAGAAATTGGTG...CAGGTACCATTGTTGGATACTGGTGACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 CATCATTGACGGAGGAAATTCTGAATATAGGGACACCACA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103469 CATCATTGACGGAGGAAATTCTGAATATAGGGACACCACAGTA...CAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 GACGGTGCCGAGACCTCAAGGCCAAGGGAATTTTATTTGTGGGGAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104534 GACGGTGCCGAGACCTCAAGGCCAAGGGAATTTTATTTGTGGGGAGCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 GTCAGTGGTGGAGAGGAAGGGGCCCGGTATGGCCCATCGCTCATGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104584 GTCAGTGGTGGAGAGGAAGGGGCCCGGTATGGCCCATCGCTCATGCCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 AGGGAACAAAGAAGCGTG         GCCCCACATCAAGACCATCTTCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104634 AGGGAACAAAGAAGCGTGGTG...CAGGCCCCACATCAAGACCATCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 AAGGCATTGCTGCAAAAGTGGGAACTGGAGAACCCTGCTGTGACTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108466 AAGGCATTGCTGCAAAAGTGGGAACTGGAGAACCCTGCTGTGACTGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520       GTGGGAGATGAGGGAGCAGGCCACTTCGTGAAGATGGTGCACAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108516 ...CAGGTGGGAGATGAGGGAGCAGGCCACTTCGTGAAGATGGTGCACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 CGGGATAGAGTATGGGGACATGCAGCTGATCTGTGAGGCATACCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111834 CGGGATAGAGTATGGGGACATGCAGCTGATCTGTGAGGCATACCACCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TGAAAGACGTGCTGGGCATGGCGCAGGACGAGATGGCCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111884 TGAAAGACGTGCTGGGCATGGCGCAGGACGAGATGGCCCAGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 GCCTTTGAGGATTGGAATAAGACAGAGCTAGACTCATTCCTGATTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113434 GCCTTTGAGGATTGGAATAAGACAGAGCTAGACTCATTCCTGATTGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 CACAGCCAATATTCTCAAGTTCCAAGACACCGATGGCAAACACCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113484 CACAGCCAATATTCTCAAGTTCCAAGACACCGATGGCAAACACCTGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 CAAAGATCAGGGACAGCGCGGGGCAGAAGGGCACAGGGAAGTGGACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113534 CAAAGATCAGGGACAGCGCGGGGCAGAAGGGCACAGGGAAGTGGACCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 ATCTCCGCCCTGGAATACGGCGTACCCGTCACCCTCATTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113584 ATCTCCGCCCTGGAATACGGCGTACCCGTCACCCTCATTGGTA...TAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 AGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTATCATCTCTGAAGGATGAGAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117360 AGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTATCATCTCTGAAGGATGAGAGAATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 AAGCTAGCAAAAAGCTGAAGGGTCCCCAGAAGTTCCAGTTTGATGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117410 AAGCTAGCAAAAAGCTGAAGGGTCCCCAGAAGTTCCAGTTTGATGGTGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 AAGAAATCATTCCTGGAGGACATTCGGAAG         GCACTCTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117460 AAGAAATCATTCCTGGAGGACATTCGGAAGGTG...TAGGCACTCTACGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 TTCCAAGATCATCTCTTACGCTCAAGGCTTTATGCTGCTAAGGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117759 TTCCAAGATCATCTCTTACGCTCAAGGCTTTATGCTGCTAAGGCAGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 CCACCGAGTTTGGCTGGACTCTCAATTATGGTGGCATCGCCCTGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117809 CCACCGAGTTTGGCTGGACTCTCAATTATGGTGGCATCGCCCTGATGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 AGAGGGGGCTGCATCATTAGAAG         TGTATTCCTAGGAAAGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117859 AGAGGGGGCTGCATCATTAGAAGGTA...CAGTGTATTCCTAGGAAAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1128 AAAGGATGCATTTGATCGAAACCCGGAACTTCAGAACCTCCTACTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119216 AAAGGATGCATTTGATCGAAACCCGGAACTTCAGAACCTCCTACTGGACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 ACTTCTTTAAGTCAGCTGTTGAAAACTGCCAG         GACTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119266 ACTTCTTTAAGTCAGCTGTTGAAAACTGCCAGGTA...CAGGACTCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219 CGGCGGGCAGTCAGCACTGGGGTCCAGGCTGGCATTCCCATGCCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119798 CGGCGGGCAGTCAGCACTGGGGTCCAGGCTGGCATTCCCATGCCCTGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 TACCACTGCCCTCTCCTTCTATGACGGGTACAGACATGAGATGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119848 TACCACTGCCCTCTCCTTCTATGACGGGTACAGACATGAGATGCTTCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319 CCAGCCTCATCCAG         GCTCAGCGGGATTACTTCGGGGCTCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 119898 CCAGCCTCATCCAGGTA...TAGGCTCAGCGGGATTACTTCGGGGCTCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360 ACCTATGAACTCTTGGCCAAACCAGGGCAGTTTATCCACACCAACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120029 ACCTATGAACTCTTGGCCAAACCAGGGCAGTTTATCCACACCAACTGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 AGGCCATGGTGGCACCGTGTCATCCTCGTCATACAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120079 AGGCCATGGTGGCACCGTGTCATCCTCGTCATACAATGCC