seq1 = pF1KB5456.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KB5456/gi568815575f_154452003.tfa (gi568815575f:154452003_154664458), 212456 bp

>pF1KB5456 1257
>gi568815575f:154452003_154664458 (ChrX)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-399  (104163-104374)   100% ->
400-518  (106530-106648)   100% ->
519-671  (108405-108557)   100% ->
672-768  (109686-109782)   100% ->
769-912  (110808-110951)   100% ->
913-1055  (111557-111699)   100% ->
1056-1117  (111957-112018)   100% ->
1118-1257  (112317-112456)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAGGCACCTCTGGAAGAGCCAACTGTGTGAGATGGTGCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAGGCACCTCTGGAAGAGCCAACTGTGTGAGATGGTGCAGCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTGGCCCGGCAGCAGATCAGGACGTACTGGGCGAAGAGTCTCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTGGCCCGGCAGCAGATCAGGACGTACTGGGCGAAGAGTCTCCTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGCCAGCCATGCTGCACCTGCCTTCAGAACAGGGCGCTCCTGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGCCAGCCATGCTGCACCTGCCTTCAGAACAGGGCGCTCCTGAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCAGCGCTGCCTGGAGGAGAATCAAGAGCTCCGAG         ATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 CTCCAGCGCTGCCTGGAGGAGAATCAAGAGCTCCGAGGTG...CAGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGGCAGAGCAACCAGATTCTGCGGGAGCGCTGCGAGGAGCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104167 CATCCGGCAGAGCAACCAGATTCTGCGGGAGCGCTGCGAGGAGCTTCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTCCAAGCCAGCCAGAGGGAGGAGAAGGAGTTCCTCATGTGCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104217 ATTTCCAAGCCAGCCAGAGGGAGGAGAAGGAGTTCCTCATGTGCAAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGAGGCCAGGAAACTGGTGGAGAGACTCGGCCTGGAGAAGCTCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104267 CAGGAGGCCAGGAAACTGGTGGAGAGACTCGGCCTGGAGAAGCTCGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGAGGCAGAAGGAGCAGGCTCTGCGGGAGGTGGAGCACCTGAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104317 GAAGAGGCAGAAGGAGCAGGCTCTGCGGGAGGTGGAGCACCTGAAGAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCAGCAG         CAGATGGCTGAGGACAAGGCCTCTGTGAAAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104367 GCCAGCAGGTA...CAGCAGATGGCTGAGGACAAGGCCTCTGTGAAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGTGACGTCCTTGCTCGGGGAGCTGCAGGAGAGCCAGAGTCGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106563 CAGGTGACGTCCTTGCTCGGGGAGCTGCAGGAGAGCCAGAGTCGCTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCTGCCACTAAGGAATGCCAGGCTCTGGAGGGTCG         GGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106613 GGCTGCCACTAAGGAATGCCAGGCTCTGGAGGGTCGGTG...CAGGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGCGGCCAGCGAGCAGGCGCGGCAGCTGGAGAGTGAGCGCGAGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108410 GGGCGGCCAGCGAGCAGGCGCGGCAGCTGGAGAGTGAGCGCGAGGCGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGCAGCAGCACAGCGTGCAGGTGGACCAGCTGCGCATGCAGGGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108460 CAGCAGCAGCACAGCGTGCAGGTGGACCAGCTGCGCATGCAGGGCCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGTGGAGGCCGCGCTCCGCATGGAGCGCCAGGCCGCCTCGGAGGAGAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108510 CGTGGAGGCCGCGCTCCGCATGGAGCGCCAGGCCGCCTCGGAGGAGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672        GAGGAAGCTGGCCCAGTTGCAGGTGGCCTATCACCAGCTCTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108560 G...CAGGAGGAAGCTGGCCCAGTTGCAGGTGGCCTATCACCAGCTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAGAATACGACAACCACATCAAGAGCAGCGTGGTGGGCAGTGAGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109729 CAAGAATACGACAACCACATCAAGAGCAGCGTGGTGGGCAGTGAGCGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGA         GGAATGCAGCTGGAAGATCTCAAACAGCAGCTCCAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109779 GCGAGTG...TAGGGAATGCAGCTGGAAGATCTCAAACAGCAGCTCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGCCGAGGAGGCCCTGGTGGCCAAACAGGAGGTGATCGATAAGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110845 AGGCCGAGGAGGCCCTGGTGGCCAAACAGGAGGTGATCGATAAGCTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGGAGGCCGAGCAGCACAAGATTGTGATGGAGACCGTTCCGGTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110895 GAGGAGGCCGAGCAGCACAAGATTGTGATGGAGACCGTTCCGGTGCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCCCAG         GCGGATATCTACAAGGCGGACTTCCAGGCTGAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110945 GGCCCAGGTG...CAGGCGGATATCTACAAGGCGGACTTCCAGGCTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGCAGGCCCGGGAGAAGCTGGCCGAGAAGAAGGAGCTCCTGCAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111591 GGCAGGCCCGGGAGAAGCTGGCCGAGAAGAAGGAGCTCCTGCAGGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGAGCAGCTGCAGAGGGAGTACAGCAAACTGAAGGCCAGCTGTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111641 CTGGAGCAGCTGCAGAGGGAGTACAGCAAACTGAAGGCCAGCTGTCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTCGGCCAG         GATCGAGGACATGAGGAAGCGGCATGTCGAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111691 GTCGGCCAGGTG...AAGGATCGAGGACATGAGGAAGCGGCATGTCGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTCCCAGGCCCCCTTGCCCCCCGCCCCTG         CCTACCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111989 TCTCCCAGGCCCCCTTGCCCCCCGCCCCTGGTG...CAGCCTACCTCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCTCCCCTGGCCCTGCCCAGCCAGAGGAGGAGCCCCCCCGAGGAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112328 TCTCCCCTGGCCCTGCCCAGCCAGAGGAGGAGCCCCCCCGAGGAGCCACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGACTTCTGCTGTCCCAAGTGCCAGTATCAGGCCCCTGATATGGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112378 TGACTTCTGCTGTCCCAAGTGCCAGTATCAGGCCCCTGATATGGACACCC

   1300     .    :    .    :    .
   1229 TGCAGATACATGTCATGGAGTGCATTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 112428 TGCAGATACATGTCATGGAGTGCATTGAG