seq1 = pF1KB5452.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KB5452/gi568815597r_193080297.tfa (gi568815597r:193080297_193281562), 201266 bp

>pF1KB5452 1266
>gi568815597r:193080297_193281562 (Chr1)

(complement)

1-1266  (100001-101266)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCAGTGGAGGAGAAGACACTGCTGCTTTGCAAAGATGACCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCAGTGGAGGAGAAGACACTGCTGCTTTGCAAAGATGACCTGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCAAAAGGTCTCTGTTCCGCACTCATCTTATTGGAGTACTTTCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCAAAAGGTCTCTGTTCCGCACTCATCTTATTGGAGTACTTTCTCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTTCTTTTTGCTATGTTTTTGTTTTTCAATCATCATGACTGGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTTCTTTTTGCTATGTTTTTGTTTTTCAATCATCATGACTGGCTGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAGAGCTGGATTCAAAGAAAACCCTGTGACATACACTTTCCGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGAGCTGGATTCAAAGAAAACCCTGTGACATACACTTTCCGAGGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCGGTCAACAAAAAGTGAGACAAACCACAGCTCCCTTCGGAACATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCGGTCAACAAAAAGTGAGACAAACCACAGCTCCCTTCGGAACATTTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGAAACAGTCCCTCAAACCCTGAGGCCTCAAACAGCAACTAACTCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGAAACAGTCCCTCAAACCCTGAGGCCTCAAACAGCAACTAACTCTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACACAGACCTGTCACCACAAGGAGTTACAGGCCTGGAGAATACACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACACAGACCTGTCACCACAAGGAGTTACAGGCCTGGAGAATACACTTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCAATGGAAGTATTTACAATGAAAAAGGTACTGGACATCCAAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCAATGGAAGTATTTACAATGAAAAAGGTACTGGACATCCAAATTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCATTTCAAATATATTATTAATGAGCCTGAAAAATGCCAAGAGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCATTTCAAATATATTATTAATGAGCCTGAAAAATGCCAAGAGAAAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTTTTTTAATACTACTAATAGCTGCAGAGCCTGGACAAATAGAAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTTTTTTAATACTACTAATAGCTGCAGAGCCTGGACAAATAGAAGCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAGAGCTATTCGGCAAACTTGGGGCAATGAAAGTCTAGCACCTGGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAGAGCTATTCGGCAAACTTGGGGCAATGAAAGTCTAGCACCTGGTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAATCACAAGAATATTTTTGTTGGGCTTAAGTATTAAGCTAAATGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAATCACAAGAATATTTTTGTTGGGCTTAAGTATTAAGCTAAATGGCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTCAACGTGCAATACTGGAAGAAAGCAGACAATATCATGATATAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTCAACGTGCAATACTGGAAGAAAGCAGACAATATCATGATATAATTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ACAGGAATACTTAGATACGTACTATAATTTGACCATTAAAACACTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ACAGGAATACTTAGATACGTACTATAATTTGACCATTAAAACACTAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCATGAACTGGGTTGCAACATACTGTCCACATATTCCATATGTTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCATGAACTGGGTTGCAACATACTGTCCACATATTCCATATGTTATGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACTGACAGTGACATGTTTGTCAACACTGAATATTTAATCAATAAGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACTGACAGTGACATGTTTGTCAACACTGAATATTTAATCAATAAGTTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAGCCAGATCTGCCTCCCAGACATAACTATTTCACTGGTTACCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAGCCAGATCTGCCTCCCAGACATAACTATTTCACTGGTTACCTAATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GAGGATATGCACCCAATCGAAACAAAGATAGCAAGTGGTACATGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GAGGATATGCACCCAATCGAAACAAAGATAGCAAGTGGTACATGCCACCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GACCTCTACCCAAGTGAGCGTTATCCTGTCTTCTGTTCTGGAACTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACCTCTACCCAAGTGAGCGTTATCCTGTCTTCTGTTCTGGAACTGGTTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGTTTTTTCTGGAGATCTGGCAGAAAAGATTTTTAAAGTTTCTTTAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGTTTTTTCTGGAGATCTGGCAGAAAAGATTTTTAAAGTTTCTTTAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCCGCCGTTTGCACTTGGAAGATGTATATGTAGGGATCTGTCTTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCCGCCGTTTGCACTTGGAAGATGTATATGTAGGGATCTGTCTTGCCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTGAGAATTGATCCTGTACCCCCTCCCAATGAGTTTGTGTTCAATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TTGAGAATTGATCCTGTACCCCCTCCCAATGAGTTTGTGTTCAATCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCGAGTCTCTTATTCGAGCTGTAAATACAGCCACCTAATTACCTCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCGAGTCTCTTATTCGAGCTGTAAATACAGCCACCTAATTACCTCTCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGTTCCAGCCTAGTGAACTGATAAAATACTGGAACCATTTACAACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGTTCCAGCCTAGTGAACTGATAAAATACTGGAACCATTTACAACAAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAGCACAATGCCTGTGCCAACGCAGCAAAAGAAAAGGCAGGCAGGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAGCACAATGCCTGTGCCAACGCAGCAAAAGAAAAGGCAGGCAGGTATCG

   1250     .    :    .
   1251 CCACCGTAAACTACAT
        ||||||||||||||||
 101251 CCACCGTAAACTACAT