seq1 = pF1KB5451.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB5451/gi568815588f_69975659.tfa (gi568815588f:69975659_70211680), 236022 bp

>pF1KB5451 1116
>gi568815588f:69975659_70211680 (Chr10)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-279  (114402-114508)   100% ->
280-477  (116099-116296)   100% ->
478-588  (118077-118187)   100% ->
589-688  (119996-120095)   100% ->
689-778  (124550-124639)   100% ->
779-953  (133375-133549)   100% ->
954-1116  (135860-136022)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGCCGGAGTGGGAAGAAGAAAATGTCCAAGCTGTCCCGTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGCCGGAGTGGGAAGAAGAAAATGTCCAAGCTGTCCCGTTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGGGCAGGTGTCATCTTTCCAGTGGGGAGGCTGATGCGTTATCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGGGCAGGTGTCATCTTTCCAGTGGGGAGGCTGATGCGTTATCTGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGGACGTTCAAGTACCGGATCAGCGTGGGCGCCCCTGTCTACATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGGACGTTCAAGTACCGGATCAGCGTGGGCGCCCCTGTCTACATGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGTCATTGAGTACCTGGCAG         CGGAAATTCTAGAATTGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 GCAGTCATTGAGTACCTGGCAGGTA...CAGCGGAAATTCTAGAATTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGCAATGCCGCGAGGGACAACAAGAAGGCCCGGATAGCCCCGAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114421 CGGCAATGCCGCGAGGGACAACAAGAAGGCCCGGATAGCCCCGAGACACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTGCTGGCAGTTGCCAATGACGAGGAGCTCAACCAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114471 TCTTGCTGGCAGTTGCCAATGACGAGGAGCTCAACCAGGTA...CAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAAAGGAGTGACCATCGCCAGTGGAGGCGTCCTGCCCAGAATTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116102 CTAAAAGGAGTGACCATCGCCAGTGGAGGCGTCCTGCCCAGAATTCACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGAACTGCTGGCCAAAAAGCGAGGGACCAAAGGCAAGTCGGAAACGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116152 CGAACTGCTGGCCAAAAAGCGAGGGACCAAAGGCAAGTCGGAAACGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTCCCCACCCCCAGAGAAAAGAGGCAGGAAGGCCACGTCAGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116202 TCTCCCCACCCCCAGAGAAAAGAGGCAGGAAGGCCACGTCAGGCAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGGGAAGAAATCCAAGGCTGCCAAACCACGGACGTCCAAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116252 GGGGGGAAGAAATCCAAGGCTGCCAAACCACGGACGTCCAAAAAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     TCCAAACCAAAGGACAGCGATAAAGAAGGAACTTCAAATTCCACCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116302 .CAGTCCAAACCAAAGGACAGCGATAAAGAAGGAACTTCAAATTCCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGAAGATGGGCCAGGGGATGGATTCACCATTCTGTCTTCTAAGAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118123 CTGAAGATGGGCCAGGGGATGGATTCACCATTCTGTCTTCTAAGAGCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTCTGGGACAGAAG         CTGTCCTTAACCCAGAGTGACATCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118173 GTTCTGGGACAGAAGGTA...CAGCTGTCCTTAACCCAGAGTGACATCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCATATTGGCTCCATGAGAGTGGAGGGCATTGTCCACCCAACCACAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120022 CCATATTGGCTCCATGAGAGTGGAGGGCATTGTCCACCCAACCACAGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAATTGACCTCAAAGAAGATATAG         GTAAAGCCTTGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120072 AAATTGACCTCAAAGAAGATATAGGTA...CAGGTAAAGCCTTGGAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGGGGGAAAAGAGTTCTTGGAAACGGTAAAGGAGCTTCGCAAATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124567 GCTGGGGGAAAAGAGTTCTTGGAAACGGTAAAGGAGCTTCGCAAATCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGCCCTTTGGAAGTCGCCGAAG         CCGCCGTCAGCCAATCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124617 AGGCCCTTTGGAAGTCGCCGAAGGTA...CAGCCGCCGTCAGCCAATCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGGACTCGCAGCCAAATTTGTCATCCACTGTCACATCCCTCAGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133393 GTGGACTCGCAGCCAAATTTGTCATCCACTGTCACATCCCTCAGTGGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCGACAAATGTGAAGAACAGCTTGAAGAGACCATCAAAAACTGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133443 TCCGACAAATGTGAAGAACAGCTTGAAGAGACCATCAAAAACTGCCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCGGCGGAGGACAAGAAGCTAAAGTCCGTCGCGTTCCCGCCTTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133493 AGCGGCGGAGGACAAGAAGCTAAAGTCCGTCGCGTTCCCGCCTTTCCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCGGCAG         AAACTGCTTTCCCAAACAGACTGCGGCCCAGGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133543 GCGGCAGGTA...CAGAAACTGCTTTCCCAAACAGACTGCGGCCCAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCCTCAAAGCCATCTCAGCCCACTTTGATGACTCGAGCGCGTCCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135894 ACCCTCAAAGCCATCTCAGCCCACTTTGATGACTCGAGCGCGTCCTCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAGAACGTGTACTTCCTGCTCTTCGACAGCGAGAGCATCGGCATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135944 GAAGAACGTGTACTTCCTGCTCTTCGACAGCGAGAGCATCGGCATCTACG

   1150     .    :    .    :    .
   1088 TGCAGGAGATGGCCAAGCTCGACGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 135994 TGCAGGAGATGGCCAAGCTCGACGCCAAG