seq1 = pF1KB5446.tfa, 1965 bp
seq2 = pF1KB5446/gi568815581f_7119985.tfa (gi568815581f:7119985_7325094), 205110 bp

>pF1KB5446 1965
>gi568815581f:7119985_7325094 (Chr17)

1-62  (100001-100062)   98% ->
63-138  (100138-100213)   100% ->
139-204  (100480-100545)   100% ->
205-277  (100620-100692)   100% ->
278-342  (100782-100846)   100% ->
343-477  (100940-101074)   100% ->
478-622  (101554-101698)   100% ->
623-752  (101968-102097)   100% ->
753-878  (102193-102318)   100% ->
879-1077  (102683-102881)   100% ->
1078-1182  (103149-103253)   100% ->
1183-1269  (103660-103746)   98% ->
1270-1332  (103829-103891)   100% ->
1333-1434  (103984-104085)   100% ->
1435-1532  (104162-104259)   100% ->
1533-1605  (104337-104409)   100% ->
1606-1678  (104496-104568)   100% ->
1679-1751  (104658-104730)   100% ->
1752-1827  (104825-104900)   100% ->
1828-1965  (104973-105110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGCGGCTCGGATGGCCGCGAGCTTGGGGCGGCAGTTGCTGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100001 ATGCAGGCGGCTCGGATGGCCGCGAGCTTGGGGCGGCAGCTGCTGAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGGCGGAAG         CTCGCGGCTCACGGCGCTCCTGGGGCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGGCGGAAGGTC...CAGCTCGCGGCTCACGGCGCTCCTGGGGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCGGCCCGGCCCTGCCCGGCGGCCCTATGCCGGGGGTGCCGCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100167 CCCGGCCCGGCCCTGCCCGGCGGCCCTATGCCGGGGGTGCCGCTCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       CTGGCTCTGGACAAGTCAGATTCCCACCCCTCTGACGCTCTGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 ...CAGCTGGCTCTGGACAAGTCAGATTCCCACCCCTCTGACGCTCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGAAAAAACCGGCCAAGGCG         GAATCTAAGTCCTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100524 CAGGAAAAAACCGGCCAAGGCGGTA...CAGGAATCTAAGTCCTTTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGGGAATGTTCAAAGGCCAGCTCACCACAGATCAGGTGTTCCCATACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100639 TGGGAATGTTCAAAGGCCAGCTCACCACAGATCAGGTGTTCCCATACCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCCG         TGCTCAACGAAGAGCAGACACAGTTTCTTAAAGAGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100689 TCCGGTA...CAGTGCTCAACGAAGAGCAGACACAGTTTCTTAAAGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGTGGAGCCTGTGTCCCGTTTCTTCGAG         GAAGTGAACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100819 GGTGGAGCCTGTGTCCCGTTTCTTCGAGGTA...CAGGAAGTGAACGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CCGCCAAGAATGACGCTCTGGAGATGGTGGAGGAGACCACTTGGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100953 CCGCCAAGAATGACGCTCTGGAGATGGTGGAGGAGACCACTTGGCAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTCAAGGAGCTGGGGGCCTTTGGTCTGCAAGTGCCCAGTGAGCTGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101003 CTCAAGGAGCTGGGGGCCTTTGGTCTGCAAGTGCCCAGTGAGCTGGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGGGCCTTTGCAACACCCAG         TACGCCCGTTTGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101053 TGTGGGCCTTTGCAACACCCAGGTG...CAGTACGCCCGTTTGGTGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCGTGGGCATGCATGACCTTGGCGTGGGCATTACCCTGGGGGCCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101573 TCGTGGGCATGCATGACCTTGGCGTGGGCATTACCCTGGGGGCCCATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGCATCGGTTTCAAAGGCATCCTGCTCTTTGGCACAAAGGCCCAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101623 AGCATCGGTTTCAAAGGCATCCTGCTCTTTGGCACAAAGGCCCAGAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAAATACCTCCCCAAGCTGGCATCTG         GGGAGACTGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101673 AAAATACCTCCCCAAGCTGGCATCTGGTG...CAGGGGAGACTGTGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTTTCTGTCTAACCGAGCCCTCAAGCGGGTCAGATGCAGCCTCCATCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101983 CTTTCTGTCTAACCGAGCCCTCAAGCGGGTCAGATGCAGCCTCCATCCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACCTCTGCTGTGCCCAGCCCCTGTGGAAAATACTATACCCTCAATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102033 ACCTCTGCTGTGCCCAGCCCCTGTGGAAAATACTATACCCTCAATGGAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAGCTTTGGATCAG         TAATGGGGGCCTAGCAGACATCTTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102083 CAAGCTTTGGATCAGGCA...CAGTAATGGGGGCCTAGCAGACATCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CGGTCTTTGCCAAGACACCAGTTACAGATCCAGCCACAGGAGCCGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102219 CGGTCTTTGCCAAGACACCAGTTACAGATCCAGCCACAGGAGCCGTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGAAGATCACAGCTTTTGTGGTGGAGAGGGGCTTCGGGGGCATTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102269 GAGAAGATCACAGCTTTTGTGGTGGAGAGGGGCTTCGGGGGCATTACCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879          TGGGCCCCCTGAGAAGAAGATGGGCATCAAGGCTTCAAACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102319 GTG...CAGTGGGCCCCCTGAGAAGAAGATGGGCATCAAGGCTTCAAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGCAGAGGTGTTCTTTGATGGAGTACGGGTGCCATCGGAGAACGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102724 CAGCAGAGGTGTTCTTTGATGGAGTACGGGTGCCATCGGAGAACGTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGTGAGGTTGGGAGTGGCTTCAAGGTTGCCATGCACATCCTCAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102774 GGTGAGGTTGGGAGTGGCTTCAAGGTTGCCATGCACATCCTCAACAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAGGTTTGGCATGGCTGCGGCCCTGGCAGGTACCATGAGAGGCATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102824 AAGGTTTGGCATGGCTGCGGCCCTGGCAGGTACCATGAGAGGCATCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAAGGCG         GTAGATCATGCCACTAATCGTACCCAGTTTGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 CTAAGGCGGTG...CAGGTAGATCATGCCACTAATCGTACCCAGTTTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGAAAATTCACAACTTTGGGCTGATCCAGGAGAAGCTGGCACGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103182 GAGAAAATTCACAACTTTGGGCTGATCCAGGAGAAGCTGGCACGGATGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TATGCTGCAGTATGTAACTGAG         TCCATGGCCTACATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| ||||||||||
 103232 TATGCTGCAGTATGTAACTGAGGTG...CAGTCCATGGCTTACATGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GTGCTAACATGGACCAGGGAGCCACGGACTTCCAGATAGAGGCCGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103679 GTGCTAACATGGACCAGGGAGCCACGGACTTCCAGATAGAGGCCGCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGCAAAATCTTTGGCTCG         GAGGCAGCCTGGAAGGTGACAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103729 AGCAAAATCTTTGGCTCGGTG...TAGGAGGCAGCCTGGAAGGTGACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGAATGCATCCAAATCATGGGGGGTATGGGCTTCATGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103852 TGAATGCATCCAAATCATGGGGGGTATGGGCTTCATGAAGGTA...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AACCTGGAGTAGAGCGTGTGCTCCGAGATCTTCGCATCTTCCGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103985 AACCTGGAGTAGAGCGTGTGCTCCGAGATCTTCGCATCTTCCGGATCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GAGGGGACAAATGACATTCTTCGGCTGTTTGTGGCTCTGCAGGGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104035 GAGGGGACAAATGACATTCTTCGGCTGTTTGTGGCTCTGCAGGGCTGTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 G         GACAAAGGAAAGGAGCTCTCTGGGCTTGGCAGTGCTCTAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104085 GGTA...TAGGACAAAGGAAAGGAGCTCTCTGGGCTTGGCAGTGCTCTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGAATCCCTTTGGGAATGCTGGCCTCCTGCTAGGAGAGGCAGGCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 AGAATCCCTTTGGGAATGCTGGCCTCCTGCTAGGAGAGGCAGGCAAACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CTGAGGCG         GCGGGCAGGGCTGGGCAGCGGCCTGAGTCTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104252 CTGAGGCGGTA...CAGGCGGGCAGGGCTGGGCAGCGGCCTGAGTCTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CGGACTTGTCCACCCGGAGTTGAGTCGGAGTGGCGAGCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104370 CGGACTTGTCCACCCGGAGTTGAGTCGGAGTGGCGAGCTGGTA...AAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CAGTACGGGCTCTGGAGCAGTTTGCCACTGTGGTGGAGGCCAAGCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104497 CAGTACGGGCTCTGGAGCAGTTTGCCACTGTGGTGGAGGCCAAGCTGATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAACACAAGAAGGGGATTGTCA         ATGAACAGTTTCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104547 AAACACAAGAAGGGGATTGTCAGTA...CAGATGAACAGTTTCTGCTGCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GCGGCTGGCAGACGGGGCCATCGACCTCTATGCCATGGTGGTGGTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104677 GCGGCTGGCAGACGGGGCCATCGACCTCTATGCCATGGTGGTGGTTCTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 CGAG         GGCCTCAAGATCCCTGAGTGAGGGCCACCCCACGGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104727 CGAGGTG...CAGGGCCTCAAGATCCCTGAGTGAGGGCCACCCCACGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CAGCATGAGAAAATGCTCTGTGACACCTGGTGTATCGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104862 CAGCATGAGAAAATGCTCTGTGACACCTGGTGTATCGAGGTG...CAGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 TGCAGCTCGGATCCGAGAGGGCATGGCCGCCCTGCAGTCTGACCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104975 TGCAGCTCGGATCCGAGAGGGCATGGCCGCCCTGCAGTCTGACCCCTGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 AGCAAGAGCTCTACCGCAACTTCAAAAGCATCTCCAAGGCCTTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105025 AGCAAGAGCTCTACCGCAACTTCAAAAGCATCTCCAAGGCCTTGGTGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .
   1930 CGGGGTGGTGTGGTCACCAGCAACCCACTTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105075 CGGGGTGGTGTGGTCACCAGCAACCCACTTGGCTTC