seq1 = pF1KB5441.tfa, 1017 bp
seq2 = pF1KB5441/gi568815590r_11745128.tfa (gi568815590r:11745128_11953454), 208327 bp

>pF1KB5441 1017
>gi568815590r:11745128_11953454 (Chr8)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-212  (100760-100845)   100% ->
213-327  (102475-102589)   100% ->
328-446  (104291-104409)   100% ->
447-532  (105303-105388)   100% ->
533-676  (105633-105776)   100% ->
677-793  (106287-106403)   100% ->
794-922  (107666-107794)   100% ->
923-1017  (108233-108327)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCAGCTCTGGGCCTCCCTCTGCTGCCTGCTGGTGTTGGCCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCAGCTCTGGGCCTCCCTCTGCTGCCTGCTGGTGTTGGCCAATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGAGCAGGCCCTCTTTCCATCCCCTGTCGGATGAGCTGGTCAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGAGCAGGCCCTCTTTCCATCCCCTGTCGGATGAGCTGGTCAACTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACAAACGGAATACCACGTGGCAG         GCCGGGCACAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 TCAACAAACGGAATACCACGTGGCAGGTA...CAGGCCGGGCACAACTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAACGTGGACATGAGCTACTTGAAGAGGCTATGTGGTACCTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 TACAACGTGGACATGAGCTACTTGAAGAGGCTATGTGGTACCTTCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGCCCAAGCCACCCCAGAG         AGTTATGTTTACCGAGGACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100825 TGGGCCCAAGCCACCCCAGAGGTG...CAGAGTTATGTTTACCGAGGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAAGCTGCCTGCAAGCTTCGATGCACGGGAACAATGGCCACAGTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 TGAAGCTGCCTGCAAGCTTCGATGCACGGGAACAATGGCCACAGTGTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCATCAAAGAGATCAGAGACCAGGGCTCCTGTGGCTCCTGCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102545 ACCATCAAAGAGATCAGAGACCAGGGCTCCTGTGGCTCCTGCTGGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     GCCTTCGGGGCTGTGGAAGCCATCTCTGACCGGATCTGCATCCACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102595 .CAGGCCTTCGGGGCTGTGGAAGCCATCTCTGACCGGATCTGCATCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAATGCGCACGTCAGCGTGGAGGTGTCGGCGGAGGACCTGCTCACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104337 CCAATGCGCACGTCAGCGTGGAGGTGTCGGCGGAGGACCTGCTCACATGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGGCAGCATGTGTGGGGACGG         CTGTAATGGTGGCTATCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104387 TGTGGCAGCATGTGTGGGGACGGGTG...CAGCTGTAATGGTGGCTATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTGAAGCTTGGAACTTCTGGACAAGAAAAGGCCTGGTTTCTGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105321 TGCTGAAGCTTGGAACTTCTGGACAAGAAAAGGCCTGGTTTCTGGTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTATGAATCCCATGTAG         GGTGCAGACCGTACTCCATCCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105371 TCTATGAATCCCATGTAGGTA...CAGGGTGCAGACCGTACTCCATCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCTGTGAGCACCACGTCAACGGCTCCCGGCCCCCATGCACGGGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105656 CCCTGTGAGCACCACGTCAACGGCTCCCGGCCCCCATGCACGGGGGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATACCCCCAAGTGTAGCAAGATCTGTGAGCCTGGCTACAGCCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105706 AGATACCCCCAAGTGTAGCAAGATCTGTGAGCCTGGCTACAGCCCGACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAAACAGGACAAGCACTACG         GATACAATTCCTACAGCGTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105756 ACAAACAGGACAAGCACTACGGTA...CAGGATACAATTCCTACAGCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCAATAGCGAGAAGGACATCATGGCCGAGATCTACAAAAACGGCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106307 TCCAATAGCGAGAAGGACATCATGGCCGAGATCTACAAAAACGGCCCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGGAGCTTTCTCTGTGTATTCGGACTTCCTGCTCTACAAGTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106357 GGAGGGAGCTTTCTCTGTGTATTCGGACTTCCTGCTCTACAAGTCAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794       GAGTGTACCAACACGTCACCGGAGAGATGATGGGTGGCCATGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106407 ...CAGGAGTGTACCAACACGTCACCGGAGAGATGATGGGTGGCCATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATCCGCATCCTGGGCTGGGGAGTGGAGAATGGCACACCCTACTGGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107710 ATCCGCATCCTGGGCTGGGGAGTGGAGAATGGCACACCCTACTGGCTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGCCAACTCCTGGAACACTGACTGGGGTGACAATG         GCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107760 TGCCAACTCCTGGAACACTGACTGGGGTGACAATGGTG...CAGGCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTAAAATACTCAGAGGACAGGATCACTGTGGAATCGAATCAGAAGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108239 TTAAAATACTCAGAGGACAGGATCACTGTGGAATCGAATCAGAAGTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    979 GCTGGAATTCCACGCACCGATCAGTACTGGGAAAAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108289 GCTGGAATTCCACGCACCGATCAGTACTGGGAAAAGATC