seq1 = pF1KB5440.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KB5440/gi568815593f_177500211.tfa (gi568815593f:177500211_177709692), 209482 bp

>pF1KB5440 981
>gi568815593f:177500211_177709692 (Chr5)

1-50  (100001-100050)   100% ->
51-413  (103969-104331)   100% ->
414-639  (107092-107317)   100% ->
640-723  (108329-108412)   100% ->
724-828  (108700-108804)   100% ->
829-981  (109330-109482)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCCTCGCGGAGGAAAGCGGCGCAGCTGCCCTGGGAGGACGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCCCTCGCGGAGGAAAGCGGCGCAGCTGCCCTGGGAGGACGGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51          GTCCGGGTTGCTCTCCGGCGGCCTCCCTCGGAAGTGTTCCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTG...CAGGTCCGGGTTGCTCTCCGGCGGCCTCCCTCGGAAGTGTTCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTTCCACCTGTTCGTGGCCTGCCTCTCGCTGGGCTTCTTCTCCCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104010 TCTTCCACCTGTTCGTGGCCTGCCTCTCGCTGGGCTTCTTCTCCCTACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCTGCAGCTCAGCTGCTCTGGGGACGTGGCCCGGGCAGTCAGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 TGGCTGCAGCTCAGCTGCTCTGGGGACGTGGCCCGGGCAGTCAGGGGACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGCAGGAGACCTCGGGCCCTCCCCGTGCCTGCCCCCCAGAGCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 AGGGCAGGAGACCTCGGGCCCTCCCCGTGCCTGCCCCCCAGAGCCGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGAGCACTGGGAAGAAGACGCATCCTGGGGCCCCCACCGCCTGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 CTGAGCACTGGGAAGAAGACGCATCCTGGGGCCCCCACCGCCTGGCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGTGCCCTTCCGCGAACGCTTCGAGGAGCTCCTGGTCTTCGTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104210 CTGGTGCCCTTCCGCGAACGCTTCGAGGAGCTCCTGGTCTTCGTGCCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGCGCCGCTTCCTGAGCAGGAAGAAGATCCGGCACCACATCTACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104260 CATGCGCCGCTTCCTGAGCAGGAAGAAGATCCGGCACCACATCTACGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAACCAGGTGGACCACTTCAG         GTTCAACCGGGCAGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104310 TCAACCAGGTGGACCACTTCAGGTA...CAGGTTCAACCGGGCAGCGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCAACGTGGGCTTCCTGGAGAGCAGCAACAGCACGGACTACATTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107111 ATCAACGTGGGCTTCCTGGAGAGCAGCAACAGCACGGACTACATTGCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCACGACGTTGACCTGCTCCCTCTCAACGAGGAGCTGGACTATGGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107161 GCACGACGTTGACCTGCTCCCTCTCAACGAGGAGCTGGACTATGGCTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGAGGCTGGGCCCTTCCACGTGGCCTCCCCGGAGCTCCACCCTCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107211 CTGAGGCTGGGCCCTTCCACGTGGCCTCCCCGGAGCTCCACCCTCTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACTACAAGACCTATGTCGGCGGCATCCTGCTGCTCTCCAAGCAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107261 CACTACAAGACCTATGTCGGCGGCATCCTGCTGCTCTCCAAGCAGCACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCGGCTG         TGCAATGGGATGTCCAACCGCTTCTGGGGCTGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107311 CCGGCTGGTG...CAGTGCAATGGGATGTCCAACCGCTTCTGGGGCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCCGCGAGGACGACGAGTTCTACCGGCGCATTAAGGGAGCTGGGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108363 GCCGCGAGGACGACGAGTTCTACCGGCGCATTAAGGGAGCTGGGCTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724          CTTTTCCGCCCCTCGGGAATCACAACTGGGTACAAGACATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108413 GTG...TAGCTTTTCCGCCCCTCGGGAATCACAACTGGGTACAAGACATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCGCCACCTGCATGACCCAGCCTGGCGGAAGAGGGACCAGAAGCGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108741 TCGCCACCTGCATGACCCAGCCTGGCGGAAGAGGGACCAGAAGCGCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGCTCAAAAACAG         GAGCAGTTCAAGGTGGACAGGGAGGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108791 CAGCTCAAAAACAGGTG...CAGGAGCAGTTCAAGGTGGACAGGGAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCCTGAACACTGTGAAGTACCATGTGGCTTCCCGCACTGCCCTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109357 GGCCTGAACACTGTGAAGTACCATGTGGCTTCCCGCACTGCCCTGTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGCGGGGCCCCCTGCACTGTCCTCAACATCATGTTGGACTGTGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109407 GGGCGGGGCCCCCTGCACTGTCCTCAACATCATGTTGGACTGTGACAAGA

   1000     .    :    .    :    .
    956 CCGCCACACCCTGGTGCACATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||
 109457 CCGCCACACCCTGGTGCACATTCAGC