seq1 = pF1KB5439.tfa, 621 bp
seq2 = pF1KB5439/gi568815595f_128695368.tfa (gi568815595f:128695368_128913419), 218052 bp

>pF1KB5439 621
>gi568815595f:128695368_128913419 (Chr3)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-180  (102576-102702)   100% ->
181-399  (111005-111223)   100% ->
400-528  (112176-112304)   100% ->
529-621  (117960-118052)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTCTAGGAAGAAAGTGTTGCTGAAGGTTATCATCCTGGGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTCTAGGAAGAAAGTGTTGCTGAAGGTTATCATCCTGGGAGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGG         AGTCGGGAAGACATCACTCATGAACCAGTATGTGAATA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGTA...CAGAGTCGGGAAGACATCACTCATGAACCAGTATGTGAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAATTCAGCAATCAGTACAAAGCCACAATAGGAGCTGACTTTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102614 AGAAATTCAGCAATCAGTACAAAGCCACAATAGGAGCTGACTTTCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGAGGTGATGGTGGATGACAGGCTAGTCACAATGCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102664 AAGGAGGTGATGGTGGATGACAGGCTAGTCACAATGCAGGTA...CAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATGGGACACAGCAGGACAGGAACGGTTCCAGTCTCTCGGTGTGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111007 ATGGGACACAGCAGGACAGGAACGGTTCCAGTCTCTCGGTGTGGCCTTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGAGGTGCAGACTGCTGCGTTCTGGTATTTGATGTGACTGCCCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111057 ACAGAGGTGCAGACTGCTGCGTTCTGGTATTTGATGTGACTGCCCCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACATTCAAAACCCTAGATAGCTGGAGAGATGAGTTTCTCATCCAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111107 ACATTCAAAACCCTAGATAGCTGGAGAGATGAGTTTCTCATCCAGGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCCCGAGATCCTGAAAACTTCCCATTTGTTGTGTTGGGAAACAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111157 TCCCCGAGATCCTGAAAACTTCCCATTTGTTGTGTTGGGAAACAAGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTCGAAAACAGACAA         GTGGCCACAAAGCGGGCACAGGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111207 ACCTCGAAAACAGACAAGTA...CAGGTGGCCACAAAGCGGGCACAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGTGCTACAGCAAAAACAACATTCCCTACTTTGAGACCAGTGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112200 TGGTGCTACAGCAAAAACAACATTCCCTACTTTGAGACCAGTGCCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCATCAACGTGGAGCAGGCGTTCCAGACGATTGCACGGAATGCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112250 GGCCATCAACGTGGAGCAGGCGTTCCAGACGATTGCACGGAATGCACTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCAG         GAAACGGAGGTGGAGCTGTACAACGAATTTCCTGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112300 AGCAGGTG...CAGGAAACGGAGGTGGAGCTGTACAACGAATTTCCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTATCAAACTGGACAAGAATGACCGGGCCAAGGCCTCGGCAGAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117996 CCTATCAAACTGGACAAGAATGACCGGGCCAAGGCCTCGGCAGAAAGCTG

    650     .
    615 CAGTTGC
        |||||||
 118046 CAGTTGC