seq1 = pF1KB5432.tfa, 1827 bp
seq2 = pF1KB5432/gi568815576f_41522005.tfa (gi568815576f:41522005_41763812), 241808 bp

>pF1KB5432 1827
>gi568815576f:41522005_41763812 (Chr22)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-195  (106114-106226)   100% ->
196-334  (114109-114247)   100% ->
335-589  (114512-114766)   100% ->
590-773  (115604-115787)   100% ->
774-960  (124892-125078)   100% ->
961-1129  (128719-128887)   100% ->
1130-1291  (131525-131686)   100% ->
1292-1421  (134899-135028)   100% ->
1422-1522  (136248-136348)   100% ->
1523-1636  (139327-139440)   100% ->
1637-1827  (141618-141808)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGGTGGGAGTCATATTACAAAACCGAGGGCGATGAAGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGGGTGGGAGTCATATTACAAAACCGAGGGCGATGAAGAAGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAACAAGAAGAGAACCTTGAAGCAAGTG         GAGACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGAAGAACAAGAAGAGAACCTTGAAGCAAGTGGTA...TAGGAGACTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATATTCAGGAAGAGATAGTTTGATTTTTTTGGTTGATGCCTCCAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106123 AATATTCAGGAAGAGATAGTTTGATTTTTTTGGTTGATGCCTCCAAGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTTTGAATCTCAGAGTGAAGATGAGTTGACACCTTTTGACATGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106173 ATGTTTGAATCTCAGAGTGAAGATGAGTTGACACCTTTTGACATGAGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAG         TGTATCCAAAGTGTGTACATCAGTAAGATCATAAGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106223 CCAGGTA...CAGTGTATCCAAAGTGTGTACATCAGTAAGATCATAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGATCGAGATCTCTTGGCTGTGGTGTTCTATGGTACCGAGAAAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114146 GTGATCGAGATCTCTTGGCTGTGGTGTTCTATGGTACCGAGAAAGACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATTCAGTGAATTTTAAAAATATTTACGTCTTACAGGAGCTGGATAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114196 AATTCAGTGAATTTTAAAAATATTTACGTCTTACAGGAGCTGGATAATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AG         GTGCAAAACGAATTCTAGAGCTTGACCAGTTTAAGGGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114246 AGGTC...CAGGTGCAAAACGAATTCTAGAGCTTGACCAGTTTAAGGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAGGGACAAAAACGTTTCCAAGACATGATGGGCCACGGATCTGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114551 AGCAGGGACAAAAACGTTTCCAAGACATGATGGGCCACGGATCTGACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCACTCAGTGAAGTGCTGTGGGTCTGTGCCAACCTCTTTAGTGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114601 TCACTCAGTGAAGTGCTGTGGGTCTGTGCCAACCTCTTTAGTGATGTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTCAAGATGAGTCATAAGAGGATCATGCTGTTCACCAATGAAGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114651 ATTCAAGATGAGTCATAAGAGGATCATGCTGTTCACCAATGAAGACAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCATGGCAATGACAGTGCCAAAGCCAGCCGGGCCAGGACCAAAGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114701 CCCATGGCAATGACAGTGCCAAAGCCAGCCGGGCCAGGACCAAAGCCGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GATCTCCGAGATACAG         GCATCTTCCTTGACTTGATGCACCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114751 GATCTCCGAGATACAGGTG...CAGGCATCTTCCTTGACTTGATGCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGAAACCTGGGGGCTTTGACATATCCTTGTTCTACAGAGATATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115629 GAAGAAACCTGGGGGCTTTGACATATCCTTGTTCTACAGAGATATCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATAGCAGAGGATGAGGACCTCAGGGTTCACTTTGAGGAATCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115679 GCATAGCAGAGGATGAGGACCTCAGGGTTCACTTTGAGGAATCCAGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTAGAAGACCTGTTGCGGAAGGTTCGCGCCAAGGAGACCAGGAAGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115729 CTAGAAGACCTGTTGCGGAAGGTTCGCGCCAAGGAGACCAGGAAGCGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACTCAGCAG         GTTAAAGCTGAAGCTCAACAAAGATATAGTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115779 ACTCAGCAGGTG...CAGGTTAAAGCTGAAGCTCAACAAAGATATAGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTCTGTGGGCATTTATAATCTGGTCCAGAAGGCTCTCAAGCCTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124924 TCTCTGTGGGCATTTATAATCTGGTCCAGAAGGCTCTCAAGCCTCCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATAAAGCTCTATCGGGAAACAAATGAACCAGTGAAAACCAAGACCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124974 ATAAAGCTCTATCGGGAAACAAATGAACCAGTGAAAACCAAGACCCGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTTAATACAAGTACAGGCGGTTTGCTTCTGCCTAGCGATACCAAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125024 CTTTAATACAAGTACAGGCGGTTTGCTTCTGCCTAGCGATACCAAGAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCAG         ATCTATGGGAGTCGTCAGATTATACTGGAGAAAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125074 CTCAGGTA...CAGATCTATGGGAGTCGTCAGATTATACTGGAGAAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAACAGAAGAGCTAAAACGGTTTGATGATCCAGGTTTGATGCTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128755 GAAACAGAAGAGCTAAAACGGTTTGATGATCCAGGTTTGATGCTCATGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTTCAAGCCGTTGGTACTGCTGAAGAAACACCATTACCTGAGGCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128805 TTTCAAGCCGTTGGTACTGCTGAAGAAACACCATTACCTGAGGCCCTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGTTCGTGTACCCAGAGGAGTCGCTGGTGATTG         GGAGCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128855 TGTTCGTGTACCCAGAGGAGTCGCTGGTGATTGGTA...TAGGGAGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACCCTGTTCAGTGCTCTGCTCATCAAGTGTCTGGAGAAGGAGGTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131533 ACCCTGTTCAGTGCTCTGCTCATCAAGTGTCTGGAGAAGGAGGTTGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATTGTGCAGATACACACCCCGCAGGAACATCCCTCCTTATTTTGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131583 ATTGTGCAGATACACACCCCGCAGGAACATCCCTCCTTATTTTGTGGCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGGTGCCACAGGAAGAAGAGTTGGATGACCAGAAAATTCAGGTGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131633 TGGTGCCACAGGAAGAAGAGTTGGATGACCAGAAAATTCAGGTGACTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CCAG         GCTTCCAGCTGGTCTTTTTACCCTTTGCTGATGATAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131683 CCAGGTA...CAGGCTTCCAGCTGGTCTTTTTACCCTTTGCTGATGATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AAGGAAGATGCCCTTTACTGAAAAAATCATGGCAACTCCAGAGCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134936 AAGGAAGATGCCCTTTACTGAAAAAATCATGGCAACTCCAGAGCAGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCAAGATGAAGGCTATCGTTGAGAAGCTTCGCTTCACATACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 134986 GCAAGATGAAGGCTATCGTTGAGAAGCTTCGCTTCACATACAGGTG...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1422   AAGTGACAGCTTTGAGAACCCCGTGCTGCAGCAGCACTTCAGGAACCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136246 AGAAGTGACAGCTTTGAGAACCCCGTGCTGCAGCAGCACTTCAGGAACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGAGGCCTTGGCCTTGGATTTGATGGAGCCGGAACAAGCAGTGGACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136296 GGAGGCCTTGGCCTTGGATTTGATGGAGCCGGAACAAGCAGTGGACCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CAT         TGCCCAAGGTTGAAGCAATGAATAAAAGACTGGGCTCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136346 CATGTA...TAGTGCCCAAGGTTGAAGCAATGAATAAAAGACTGGGCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTGGTGGATGAGTTTAAGGAGCTTGTTTACCCACCAGATTACAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139365 TTGGTGGATGAGTTTAAGGAGCTTGTTTACCCACCAGATTACAATCCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGGGAAAGTTACCAAGAGAAAACACG         ATAATGAAGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 139415 AGGGAAAGTTACCAAGAGAAAACACGGTG...CAGATAATGAAGGTTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GAAGCAAAAGGCCCAAGGTGGAGTATTCAGAAGAGGAGCTGAAGACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141633 GAAGCAAAAGGCCCAAGGTGGAGTATTCAGAAGAGGAGCTGAAGACCCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATCAGCAAGGGTACGCTGGGCAAGTTCACTGTGCCCATGCTGAAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141683 ATCAGCAAGGGTACGCTGGGCAAGTTCACTGTGCCCATGCTGAAAGAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTGCCGGGCTTACGGGCTGAAGAGTGGGCTGAAGAAGCAGGAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141733 CTGCCGGGCTTACGGGCTGAAGAGTGGGCTGAAGAAGCAGGAGCTGCTGG

   1900     .    :    .    :    .
   1802 AAGCCCTCACCAAGCACTTCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 141783 AAGCCCTCACCAAGCACTTCCAGGAC