seq1 = pF1KB5425.tfa, 390 bp
seq2 = pF1KB5425/gi568815597f_160111545.tfa (gi568815597f:160111545_160313483), 201939 bp

>pF1KB5425 390
>gi568815597f:160111545_160313483 (Chr1)

1-172  (100001-100172)   100% ->
173-328  (101566-101721)   100% ->
329-390  (101878-101939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGTACGGGACCCTCCTGCAAGACCTGACCAACAACATCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGTACGGGACCCTCCTGCAAGACCTGACCAACAACATCACCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGATCTAGAACAGCTCAAGTCGGCCTGCAAGGAAGACATCCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGATCTAGAACAGCTCAAGTCGGCCTGCAAGGAAGACATCCCCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAGAGTGAGGAGATCACTACTGGCAGTGCCTGGTTTAGCTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAAGAGTGAGGAGATCACTACTGGCAGTGCCTGGTTTAGCTTCCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCACAACAAGCTGGACAAAG         ACAACCTCTCCTACATTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100151 AGCCACAACAAGCTGGACAAAGGTG...CAGACAACCTCTCCTACATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCACATCTTTGAGATCTCCCGCCGTCCTGACCTACTCACTATGGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101585 GCACATCTTTGAGATCTCCCGCCGTCCTGACCTACTCACTATGGTGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTACAGAACCCGTGTGCTGAAGATCTCTGAGGAGGATGAGCTGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101635 ACTACAGAACCCGTGTGCTGAAGATCTCTGAGGAGGATGAGCTGGACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCTAACCCGTATCCCCAGTGCCAAGAAGTACAAAG         ACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101685 AAGCTAACCCGTATCCCCAGTGCCAAGAAGTACAAAGGTA...CAGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATCCGGCAGCCCTCTGAGGAAGAGATCATCAAATTGGCTCCCCCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 TATCCGGCAGCCCTCTGAGGAAGAGATCATCAAATTGGCTCCCCCACCGA

    400     .
    383 AGAAGGCC
        ||||||||
 101932 AGAAGGCC