seq1 = pF1KB5422.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KB5422/gi568815597f_11555836.tfa (gi568815597f:11555836_11761302), 205467 bp

>pF1KB5422 672
>gi568815597f:11555836_11761302 (Chr1)

1-265  (100001-100265)   100% ->
266-363  (102432-102529)   100% ->
364-499  (102901-103036)   100% ->
500-672  (105295-105467)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTGGGGAACATCAACGAGCTGCCCGAGAACATCCTGCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTGGGGAACATCAACGAGCTGCCCGAGAACATCCTGCTGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCACGCACGTGCCCGCCCGCCAGCTGCTGCTGAACTGCCGCCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCACGCACGTGCCCGCCCGCCAGCTGCTGCTGAACTGCCGCCTGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCCTCTGGCGGGACCTCATCGACCTCGTGACCCTCTGGAAACGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCCTCTGGCGGGACCTCATCGACCTCGTGACCCTCTGGAAACGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCTGCGAGAGGGCTTCATCACTGAGGACTGGGACCAGCCCGTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCTGCGAGAGGGCTTCATCACTGAGGACTGGGACCAGCCCGTGGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGAAGATCTTCTACTTCTTACGGAGCCTGCACAGGAACCTCCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGAAGATCTTCTACTTCTTACGGAGCCTGCACAGGAACCTCCTGCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCCGTGCGCTGAAG         AGGGGTTCGAGTTCTGGAGCCTGGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCCGTGCGCTGAAGGTG...CAGAGGGGTTCGAGTTCTGGAGCCTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGAATGGAGGCGATGAGTGGAAGGTGGAGGATCTCTCTCGAGACCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102458 GTGAATGGAGGCGATGAGTGGAAGGTGGAGGATCTCTCTCGAGACCAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGGAATTCCCCAATGACCAG         GTTCGCAGCCAGGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102508 GAAGGAATTCCCCAATGACCAGGTC...CAGGTTCGCAGCCAGGCCAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCGGGTCCAAGTACCAGCTGTGCGTTCAGCTCCTGTCGTCCGCGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102920 TGCGGGTCCAAGTACCAGCTGTGCGTTCAGCTCCTGTCGTCCGCGCACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCTCTGGGGACCTTCCAGCCAGACCCGGCGACCATCCAGCAGAAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 GCCTCTGGGGACCTTCCAGCCAGACCCGGCGACCATCCAGCAGAAGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGCCAAGTGGAGGGAG         GTCTCCCACACATTCTCCAACTAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103020 ATGCCAAGTGGAGGGAGGTG...CAGGTCTCCCACACATTCTCCAACTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGCCCGGCGTCCGCTACATCTGGTTTCAGCACGGCGGCGTGGACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105319 CCGCCCGGCGTCCGCTACATCTGGTTTCAGCACGGCGGCGTGGACACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTACTGGGCCGGCTGGTACGGCCCGAGGGTCACCAACAGCAGCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105369 TTACTGGGCCGGCTGGTACGGCCCGAGGGTCACCAACAGCAGCATCACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    624 TCGGGCCCCCGCTGCCCTGACACCCCCTGAGCCCCCATCTGCTGAACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105419 TCGGGCCCCCGCTGCCCTGACACCCCCTGAGCCCCCATCTGCTGAACCC