seq1 = pF1KB5414.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KB5414/gi568815596f_207455636.tfa (gi568815596f:207455636_207697055), 241420 bp

>pF1KB5414 1023
>gi568815596f:207455636_207697055 (Chr2)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-261  (104591-104737)   100% ->
262-303  (105484-105525)   100% ->
304-404  (111828-111928)   100% ->
405-547  (114544-114686)   100% ->
548-730  (119637-119819)   100% ->
731-881  (121870-122020)   100% ->
882-1023  (141279-141420)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCATGGAATCTGGAGCCGAGAACCAGCAGAGTGGAGATGCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCATGGAATCTGGAGCCGAGAACCAGCAGAGTGGAGATGCAGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACAGAAGCTGAAAACCAACAAATGACAGTTCAAGCCCAGCCACAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACAGAAGCTGAAAACCAACAAATGACAGTTCAAGCCCAGCCACAGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACATTAGCCCAG         GTATCTATGCCAGCAGCTCATGCAACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACATTAGCCCAGGTA...TAGGTATCTATGCCAGCAGCTCATGCAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCATCTGCTCCCACCGTAACTCTAGTACAGCTGCCCAATGGGCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104618 TCATCTGCTCCCACCGTAACTCTAGTACAGCTGCCCAATGGGCAGACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAAGTCCATGGAGTCATTCAGGCGGCCCAGCCATCAGTTATTCAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104668 TCAAGTCCATGGAGTCATTCAGGCGGCCCAGCCATCAGTTATTCAGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACAAGTCCAAACAGTTCAG         TCTTCCTGTAAGGACTTAAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104718 CACAAGTCCAAACAGTTCAGGTA...CAGTCTTCCTGTAAGGACTTAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACTTTTCTCCGGAACACAG         ATTTCAACTATTGCAGAAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105505 AGACTTTTCTCCGGAACACAGGTG...CAGATTTCAACTATTGCAGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAGATTCACAGGAGTCAGTGGATAGTGTAACTGATTCCCAAAAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111848 TGAAGATTCACAGGAGTCAGTGGATAGTGTAACTGATTCCCAAAAGCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGAAATTCTTTCAAGGAGGCCTTCCTACAG         GAAAATTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111898 GGGAAATTCTTTCAAGGAGGCCTTCCTACAGGTA...TAGGAAAATTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGACTTATCTTCTGATGCACCAGGAGTGCCAAGGATTGAAGAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114554 AATGACTTATCTTCTGATGCACCAGGAGTGCCAAGGATTGAAGAAGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCTGAAGAGGAGACTTCAGCACCTGCCATCACCACTGTAACGGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114604 GTCTGAAGAGGAGACTTCAGCACCTGCCATCACCACTGTAACGGTGCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCCAATTTACCAAACTAGCAGTGGACAGTATA         TTGCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114654 CTCCAATTTACCAAACTAGCAGTGGACAGTATAGTG...TAGTTGCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCCAGGGAGGAGCAATACAGCTGGCTAACAATGGTACCGATGGGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119645 ACCCAGGGAGGAGCAATACAGCTGGCTAACAATGGTACCGATGGGGTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCCTGCAAACATTAACCATGACCAATGCAGCAGCCACTCAGCCGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119695 GGGCCTGCAAACATTAACCATGACCAATGCAGCAGCCACTCAGCCGGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTACCATTCTACAGTATGCACAGACCACTGATGGACAGCAGATCTTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119745 CTACCATTCTACAGTATGCACAGACCACTGATGGACAGCAGATCTTAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCAGCAACCAAGTTGTTGTTCAAG         CTGCCTCTGGAGACGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119795 CCCAGCAACCAAGTTGTTGTTCAAGGTA...CAGCTGCCTCTGGAGACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACAAACATACCAGATTCGCACAGCACCCACTAGCACTATTGCCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121886 ACAAACATACCAGATTCGCACAGCACCCACTAGCACTATTGCCCCTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGTTATGGCATCCTCCCCAGCACTTCCTACACAGCCTGCTGAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121936 TTGTTATGGCATCCTCCCCAGCACTTCCTACACAGCCTGCTGAAGAAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCACGAAAGAGAGAGGTCCGTCTAATGAAGAACAG         GGAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121986 GCACGAAAGAGAGAGGTCCGTCTAATGAAGAACAGGTA...TAGGGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCTCGAGAGTGTCGTAGAAAGAAGAAAGAATATGTGAAATGTTTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141285 AGCTCGAGAGTGTCGTAGAAAGAAGAAAGAATATGTGAAATGTTTAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACAGAGTGGCAGTGCTTGAAAATCAAAACAAGACATTGATTGAGGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141335 ACAGAGTGGCAGTGCTTGAAAATCAAAACAAGACATTGATTGAGGAGCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    988 AAAGCACTTAAGGACCTTTACTGCCACAAATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141385 AAAGCACTTAAGGACCTTTACTGCCACAAATCAGAT