seq1 = pF1KB5412.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB5412/gi568815575f_16619725.tfa (gi568815575f:16619725_16860356), 240632 bp

>pF1KB5412 1056
>gi568815575f:16619725_16860356 (ChrX)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-294  (115503-115621)   100% ->
295-361  (116442-116508)   100% ->
362-435  (121992-122065)   100% ->
436-575  (123977-124116)   100% ->
576-724  (135221-135369)   100% ->
725-783  (136939-136997)   100% ->
784-931  (137438-137585)   100% ->
932-1056  (140508-140632)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGGGGCTTGAGCAGTTGGTTGGGCTTGCAGCAGCCGGTGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCGGGGCTTGAGCAGTTGGTTGGGCTTGCAGCAGCCGGTGGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGTGGGCAGCCCAATGGAGATGCTCCACCCGAGCAGCCGTCCGAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTGGGCAGCCCAATGGAGATGCTCCACCCGAGCAGCCGTCCGAGACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTGAGTCTGCGGAGGAGGAGCTGCAGCAAGCGGGAGACCAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCTGAGTCTGCGGAGGAGGAGCTGCAGCAAGCGGGAGACCAGGAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCACCAGGCCAAAGACTTCGGCA         ACTATTTATTTAACTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 CTCCACCAGGCCAAAGACTTCGGCAGTG...CAGACTATTTATTTAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCATCTGCTGCCACAAAAAAGATAACTGAATCAGTTGCTGAAACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115519 TGCATCTGCTGCCACAAAAAAGATAACTGAATCAGTTGCTGAAACAGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACAATAAAGAAATCCGTAGAAGAAGGAAAAATAGATGGCATCATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115569 AAACAATAAAGAAATCCGTAGAAGAAGGAAAAATAGATGGCATCATTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAG         ACAATTATAGGAGATTTTCAGAAGGAACAGAAAAAATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115619 AAGGTA...CAGACAATTATAGGAGATTTTCAGAAGGAACAGAAAAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTGAAGAGCAACATACAAAGAAGTCAG         AAGCAGCTGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116480 TGTTGAAGAGCAACATACAAAGAAGTCAGGTA...TAGAAGCAGCTGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCCATGGGTTGACACTAACGATGAAGAAACAATTCAACAACAAATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122004 CCCCATGGGTTGACACTAACGATGAAGAAACAATTCAACAACAAATTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCTTATCAGCT         GACAAGAGGAATTTCCTTCGTGACCCTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122054 GCCTTATCAGCTGTA...AAGGACAAGAGGAATTTCCTTCGTGACCCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTGGCGTGCAATTTAATTTCGACTTTGATCAGATGTACCCCGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124006 GGCTGGCGTGCAATTTAATTTCGACTTTGATCAGATGTACCCCGTGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGTCATGCTCCAGGAGGATGAGCTGCTAAGCAAGATGAGATTTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124056 TGGTCATGCTCCAGGAGGATGAGCTGCTAAGCAAGATGAGATTTGCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTCCTAAACT         TGTGAAGGAAGAAGTGTTCTGGAGGAACTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124106 GTTCCTAAACTGTA...AAGTGTGAAGGAAGAAGTGTTCTGGAGGAACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTTTACCGCGTCTCCCTGATTAAGCAGTCAGCCCAGCTCACGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135251 CTTTTACCGCGTCTCCCTGATTAAGCAGTCAGCCCAGCTCACGGCCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGCCCAACAGCAGGCCGCAGGGAAGGAGGAGAAGAGCAATGGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135301 CTGCCCAACAGCAGGCCGCAGGGAAGGAGGAGAAGAGCAATGGCAGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGATTTGCCGCTGGCAG         AGGCAGTACGGCCCAAAACGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 135351 CAAGATTTGCCGCTGGCAGGTA...TAGAGGCAGTACGGCCCAAAACGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACCCGTTGTAATCAAATCTCAGCTTAAAACTCAAGAG         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 136961 ACCCGTTGTAATCAAATCTCAGCTTAAAACTCAAGAGGTA...CAGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGAAGAAATTTCTACTAGCCCAGGTGTTTCTGAGTTTGTCAGTGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137442 AGGAAGAAATTTCTACTAGCCCAGGTGTTTCTGAGTTTGTCAGTGATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCGATGCCTGTAACCTAAATCAGGAAGATCTAAGGAAAGAAATGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137492 TTCGATGCCTGTAACCTAAATCAGGAAGATCTAAGGAAAGAAATGGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTAGTGCTTGACAAAAAGCAAGAGGAGACAGCCGTACTGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 137542 ACTAGTGCTTGACAAAAAGCAAGAGGAGACAGCCGTACTGGAAGGTA...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932    AGGATTCTGCAGATTGGGAAAAAGAACTGCAGCAGGAACTTCAAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140505 TAGAGGATTCTGCAGATTGGGAAAAAGAACTGCAGCAGGAACTTCAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TATGAAGTGGTGACAGAATCTGAAAAACGAGATGAAAACTGGGATAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140555 TATGAAGTGGTGACAGAATCTGAAAAACGAGATGAAAACTGGGATAAGGA

   1100     .    :    .    :    .
   1029 AATAGAGAAAATGCTTCAAGAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 140605 AATAGAGAAAATGCTTCAAGAGGAAAAT