seq1 = pF1KB5408.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KB5408/gi568815596r_27031417.tfa (gi568815596r:27031417_27234421), 203005 bp

>pF1KB5408 1251
>gi568815596r:27031417_27234421 (Chr2)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-325  (100701-100890)   100% ->
326-546  (101085-101305)   100% ->
547-627  (101499-101579)   100% ->
628-752  (101695-101819)   100% ->
753-926  (102019-102192)   100% ->
927-999  (102340-102412)   100% ->
1000-1159  (102591-102750)   100% ->
1160-1251  (102914-103005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCGGCGCCGGGCGCCAGAGCTGTACCGGGCTCCGTTCCCGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCGGCGCCGGGCGCCAGAGCTGTACCGGGCTCCGTTCCCGTTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGCTTCAGGTCGACCCCAGCACTGGGCTGCTCATCGCTGCGGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGCTTCAGGTCGACCCCAGCACTGGGCTGCTCATCGCTGCGGGCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGCGCCGCCAAGACAGGCATAAAGAATGGCGTG         CACTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GAGGCGCCGCCAAGACAGGCATAAAGAATGGCGTGGTG...CAGCACTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCAGCTAGAGCTGATTAATGGGCGCTTGAGTGCCTCCTTGCTGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100707 CTGCAGCTAGAGCTGATTAATGGGCGCTTGAGTGCCTCCTTGCTGCACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCATGACACAGAGACACGGGCCACCATGAACTTGGCACTGGCTGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100757 CCATGACACAGAGACACGGGCCACCATGAACTTGGCACTGGCTGGTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTTGCTGCAGGGCAGGATGCCCACTGTCAGCTCCTGCGCTTCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100807 TCCTTGCTGCAGGGCAGGATGCCCACTGTCAGCTCCTGCGCTTCCAGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATCAACAGCAGGGCAACAAGGCAGAGAAGGCCG         GTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100857 CATCAACAGCAGGGCAACAAGGCAGAGAAGGCCGGTG...CAGGTTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGCAGGGGCCTCGACAAAGGAAGGGAGCAGCCCCAGCAGAGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101092 GGAGCAGGGGCCTCGACAAAGGAAGGGAGCAGCCCCAGCAGAGAAGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGGAGCGGAAACCCAGCACGAGGGGCTAGAACTCAGGGTAGAGAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101142 GTGGAGCGGAAACCCAGCACGAGGGGCTAGAACTCAGGGTAGAGAATTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGCGGTGCAGACAGACTTTAGCTCCGATCCACTGCAGAAAGTTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101192 CAGGCGGTGCAGACAGACTTTAGCTCCGATCCACTGCAGAAAGTTGTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCAACCACGATAATACCCTGCTTGCCACTGGAGGAACAGATGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101242 CTTCAACCACGATAATACCCTGCTTGCCACTGGAGGAACAGATGGCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCGTGTCTGGAAG         GTGCCCAGCCTGGAGAAGGTTCTGGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101292 TCCGTGTCTGGAAGGTG...CAGGTGCCCAGCCTGGAGAAGGTTCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCAAAGCCCACGAAGGGGAGATTGAAGACCTGGCTTTAGGGCCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101526 TTCAAAGCCCACGAAGGGGAGATTGAAGACCTGGCTTTAGGGCCTGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAG         TTGGTAACCGTGGGCCGGGACCTTAAGGCCTCTGTGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101576 CAAGGTG...TAGTTGGTAACCGTGGGCCGGGACCTTAAGGCCTCTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCAGAAGGATCAGCTGGTGACACAGCTGCACTGGCAAGAAAATGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 GGCAGAAGGATCAGCTGGTGACACAGCTGCACTGGCAAGAAAATGGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCTTTTCCAGCACACCTTACCGCTACCAGGCCTGCAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101782 ACCTTTTCCAGCACACCTTACCGCTACCAGGCCTGCAGGTG...CAGGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGGCAGGTTCCAGACCAGCCTGCTGGCCTGCGACTCTTCACAGTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 TGGGCAGGTTCCAGACCAGCCTGCTGGCCTGCGACTCTTCACAGTGCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCCCCACAAGCGCCTGCGCCAGCCCCCTCCCTGCTACCTCACAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102072 TTCCCCACAAGCGCCTGCGCCAGCCCCCTCCCTGCTACCTCACAGCCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGGCTCCAACTTCTTGCCCCTTCGGACCAAGTCCTGTGGCCATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 GATGGCTCCAACTTCTTGCCCCTTCGGACCAAGTCCTGTGGCCATGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGTCTCCTGCCTCGATGTCAG         TGAATCCGGCACCTTCCTAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102172 CGTCTCCTGCCTCGATGTCAGGTG...CAGTGAATCCGGCACCTTCCTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCTGGGCACAGTCACTGGCTCTGTTGCCATCTACATAGCTTTCTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102360 GCCTGGGCACAGTCACTGGCTCTGTTGCCATCTACATAGCTTTCTCTCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAG         TGCCTCTACTACGTGAGGGAGGCCCATGGCATTGTGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102410 CAGGTA...CAGTGCCTCTACTACGTGAGGGAGGCCCATGGCATTGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GACGGATGTGGCCTTTCTACCTGAGAAGGGTCGTGGTCCAGAGCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102629 GACGGATGTGGCCTTTCTACCTGAGAAGGGTCGTGGTCCAGAGCTCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGTCCCATGAAACTGCCCTGTTCTCTGTGGCTGTGGACAGTCGTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102679 GGTCCCATGAAACTGCCCTGTTCTCTGTGGCTGTGGACAGTCGTTGCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGCATCTGTTGCCCTCACGGC         GGAGTGTTCCTGTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102729 CTGCATCTGTTGCCCTCACGGCGTG...CAGGGAGTGTTCCTGTGTGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTGCTCCTGCTGTGTGTCGGGCTTATTATTGTGACCATCCTGCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 CCTGCTCCTGCTGTGTGTCGGGCTTATTATTGTGACCATCCTGCTGCTCC

   1300     .    :    .    :
   1229 AGAGTGCCTTTCCAGGTTTCCTT
        |||||||||||||||||||||||
 102983 AGAGTGCCTTTCCAGGTTTCCTT