seq1 = pF1KB5407.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KB5407/gi568815596f_10812427.tfa (gi568815596f:10812427_11013908), 201482 bp

>pF1KB5407 1482
>gi568815596f:10812427_11013908 (Chr2)

1-1482  (100001-101482)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGGTCCGGGGAGCGCAGCCTCCCGGAGCCGGGCAGCCAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGGGTCCGGGGAGCGCAGCCTCCCGGAGCCGGGCAGCCAGAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTGCCAGCGACGACATAGAGATAGTCGTCAACGTGGGGGGCGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTGCCAGCGACGACATAGAGATAGTCGTCAACGTGGGGGGCGTGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTGCTGTACGGGGACCTCCTCAGTCAGTACCCTGAGACCCGGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTGCTGTACGGGGACCTCCTCAGTCAGTACCCTGAGACCCGGCTGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTCATCAACTGCTTGGCTGGGGGCTACGACACCATCTTCTCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTCATCAACTGCTTGGCTGGGGGCTACGACACCATCTTCTCCCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACGACTACGACCCCGGCAAGCGCGAGTTCTACTTTGACAGGGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACGACTACGACCCCGGCAAGCGCGAGTTCTACTTTGACAGGGACCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCCTTCAAGTGTGTCATCGAGGTGTACTATTTCGGGGAGGTCCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGCCTTCAAGTGTGTCATCGAGGTGTACTATTTCGGGGAGGTCCACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAAGGGCATCTGCCCCATCTGCTTCAAGAACGAGATGGACTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGAAGGGCATCTGCCCCATCTGCTTCAAGAACGAGATGGACTTCTGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTGGACCTCAAGTTCCTGGACGACTGTTGCAAGAGCCACCTGAGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTGGACCTCAAGTTCCTGGACGACTGTTGCAAGAGCCACCTGAGCGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCGCGAGGAGCTGGAGGAGATCGCGCGCCGCGTGCAGCTCATCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCGCGAGGAGCTGGAGGAGATCGCGCGCCGCGTGCAGCTCATCCTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACCTGGGCGTGGACGCGGCCGAGGGCCGCTGGCGCCGCTGCCAGAAGTG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACCTGGGCGTGGACGCAGCCGAGGGCCGCTGGCGCCGCTGCCAGAAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGTCTGGAAGTTCCTGGAGAAGCCCGAGTCGTCGTGCCCGGCGCGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGTCTGGAAGTTCCTGGAGAAGCCCGAGTCGTCGTGCCCGGCGCGGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCCGTGCTCTCCTTCCTGCTCATCCTCGTCTCGTCCGTGGTCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCCGTGCTCTCCTTCCTGCTCATCCTCGTCTCGTCCGTGGTCATGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGGGCACCATCCCCGAGCTGCAGGTGCTGGACGCCGAGGGCAACCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGGGCACCATCCCCGAGCTGCAGGTGCTGGACGCCGAGGGCAACCGCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAGCACCCGACGCTGGAGAACGTGGAGACGGCGTGCATTGGCTGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGAGCACCCGACGCTGGAGAACGTGGAGACGGCGTGCATTGGCTGGTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCTGGAGTACCTGCTGCGCCTCTTCTCGTCACCCAACAAGCTGCACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCTGGAGTACCTGCTGCGCCTCTTCTCGTCACCCAACAAGCTGCACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGCTGTCCTTCATGAACATTGTGGACGTGCTGGCCATCCTCCCCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGCTGTCCTTCATGAACATTGTGGACGTGCTGGCCATCCTCCCCTTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGTGAGCCTCACGCTCACGCACCTGGGTGCCCGCATGATGGAGCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGTGAGCCTCACGCTCACGCACCTGGGTGCCCGCATGATGGAGCTGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGTGCAGCAGGCCGTGCAGGCGCTGCGGATCATGCGCATCGCGCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGTGCAGCAGGCCGTGCAGGCGCTGCGGATCATGCGCATCGCGCGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTCAAGCTGGCCCGCCACTCCTCGGGCCTGCAGACCCTCACCTATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCAAGCTGGCCCGCCACTCCTCGGGCCTGCAGACCCTCACCTATGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAAGCGCAGCTTCAAGGAACTGGGGCTGCTGCTCATGTACCTGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAGCGCAGCTTCAAGGAACTGGGGCTGCTGCTCATGTACCTGGCAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTATCTTCGTCTTCTCTGCCCTGGGCTACACCATGGAGCAGAGCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTATCTTCGTCTTCTCTGCCCTGGGCTACACCATGGAGCAGAGCCATCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGACCCTGTTTAAGAGCATCCCCCAGTCCTTCTGGTGGGCCATCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGACCCTGTTTAAGAGCATCCCCCAGTCCTTCTGGTGGGCCATCATCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATGACCACCGTCGGCTACGGCGACATCTACCCCAAGACCACGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CATGACCACCGTCGGCTACGGCGACATCTACCCCAAGACCACGCTGGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGCTCAACGCGGCCATCAGCTTCTTGTGTGGTGTCATCGCCATCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGCTCAACGCGGCCATCAGCTTCTTGTGTGGTGTCATCGCCATCGCCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCCATCCACCCCATCATCAACAACTTTGTCAGGTACTACAACAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCCATCCACCCCATCATCAACAACTTTGTCAGGTACTACAACAAGCAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CGTCCTGGAGACCGCGGCCAAGCACGAGCTGGAGCTGATGGAACTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CGTCCTGGAGACCGCGGCCAAGCACGAGCTGGAGCTGATGGAACTCAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CCAGCAGCGGGGGCGAGGGCAAGACCGGGGGCTCCCGCAGTGACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCAGCAGCGGGGGCGAGGGCAAGACCGGGGGCTCCCGCAGTGACCTGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AACCTCCCTCCAGAGCCTGCGGGGAAGGAGGCGCCGAGCTGCAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AACCTCCCTCCAGAGCCTGCGGGGAAGGAGGCGCCGAGCTGCAGCAGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCTGAAGCTCTCCCACAGCGACACCTTCATCCCCCTCCTGACCGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCTGAAGCTCTCCCACAGCGACACCTTCATCCCCCTCCTGACCGAGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :
   1451 AGCACCACAGGACCCGGCTCCAGAGTTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 AGCACCACAGGACCCGGCTCCAGAGTTGCAAG