seq1 = pF1KB5403.tfa, 2739 bp
seq2 = pF1KB5403/gi568815582f_28611687.tfa (gi568815582f:28611687_28835510), 223824 bp

>pF1KB5403 2739
>gi568815582f:28611687_28835510 (Chr16)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-167  (102015-102080)   100% ->
168-357  (102223-102412)   100% ->
358-483  (102635-102760)   100% ->
484-538  (102950-103004)   100% ->
539-648  (103133-103242)   100% ->
649-776  (103621-103748)   100% ->
777-936  (111478-111637)   100% ->
937-1040  (111762-111865)   100% ->
1041-1182  (112636-112777)   100% ->
1183-1308  (112972-113097)   100% ->
1309-1402  (113233-113326)   100% ->
1403-1593  (114919-115109)   100% ->
1594-1818  (115335-115559)   100% ->
1819-2182  (120143-120506)   100% ->
2183-2342  (122834-122993)   100% ->
2343-2408  (123092-123157)   100% ->
2409-2496  (123246-123333)   100% ->
2497-2659  (123487-123649)   100% ->
2660-2739  (123745-123824)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCGGTTTTTCACCACCGGTTCGGACAGCGAGTCCGAGTCGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCGGTTTTTCACCACCGGTTCGGACAGCGAGTCCGAGTCGTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCGGGGAGGAGCTCGTCACCAAACCTGTCGGAGGCAACTATGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCGGGGAGGAGCTCGTCACCAAACCTGTCGGAGGCAACTATGGCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 A         GCCATTGTTGCTGAGCGAGGATGAAGAAGATACCAAGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTG...CAGGCCATTGTTGCTGAGCGAGGATGAAGAAGATACCAAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGTCCGCAGTGCCAAGGACAAGAG         GTTTGAGGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102055 GTTGTCCGCAGTGCCAAGGACAAGAGGTA...CAGGTTTGAGGAGCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAACCTTATCCGGACCATCCGTAATGCCATGAAGATTCGTGATGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102238 CAACCTTATCCGGACCATCCGTAATGCCATGAAGATTCGTGATGTCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTGCCTGGAAGAGTTTGAGCTCCTGGGAAAAGCATATGGGAAGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102288 AGTGCCTGGAAGAGTTTGAGCTCCTGGGAAAAGCATATGGGAAGGCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCATTGTGGACAAAGAAGGTGTCCCCCGGTTCTATATCCGCATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102338 AGCATTGTGGACAAAGAAGGTGTCCCCCGGTTCTATATCCGCATCCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCTAGAGGACTATCTTAATGAG         CTTTGGGAAGATAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102388 TGACCTAGAGGACTATCTTAATGAGGTG...TAGCTTTGGGAAGATAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGGAAGAAGAAGATGAACAAGAACAATGCCAAGGCTCTGAGCACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 AAGGGAAGAAGAAGATGAACAAGAACAATGCCAAGGCTCTGAGCACCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTCAGAAGATCCGAAAATACAACCGTGATTTCGAGTCCCATATCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 CGTCAGAAGATCCGAAAATACAACCGTGATTTCGAGTCCCATATCACAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACAAGCAG         AACCCCGAGCAGTCTGCGGATGAAGATGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 CTACAAGCAGGTG...CAGAACCCCGAGCAGTCTGCGGATGAAGATGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAAAATGAGGAGGATTCAGAAG         GCTCTTCAGATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102981 AGAAAAATGAGGAGGATTCAGAAGGTG...TAGGCTCTTCAGATGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGGATGAGGACGGAGTCAGTGCTGCAACTTTCTTGAAGAAGAAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 GAGGATGAGGACGGAGTCAGTGCTGCAACTTTCTTGAAGAAGAAATCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCTCCTTCTGGGGAGAGTCGCAAGTTCCTCAAAAAGATGGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103200 AGCTCCTTCTGGGGAGAGTCGCAAGTTCCTCAAAAAGATGGATGTA...A

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   GATGAAGATGAGGACTCAGAAGATTCCGAAGATGATGAAGACTGGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103619 AGGATGAAGATGAGGACTCAGAAGATTCCGAAGATGATGAAGACTGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACAGGTTCCACATCTTCCGATTCCGACTCAGAGGAGGAAGAAGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103669 ACAGGTTCCACATCTTCCGATTCCGACTCAGAGGAGGAAGAAGGGAAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACCGCGCTGGCCTCAAGATTTCTTAAAAA         GGCACCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103719 AACCGCGCTGGCCTCAAGATTTCTTAAAAAGTA...CAGGGCACCCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGATGAGGACAAGAAGGCAGCCGAGAAGAAACGGGAGGACAAAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111489 CAGATGAGGACAAGAAGGCAGCCGAGAAGAAACGGGAGGACAAAGCTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAAGCACGACAGGAAATCCAAGCGCCTGGATGAGGAGGAGGAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111539 AAGAAGCACGACAGGAAATCCAAGCGCCTGGATGAGGAGGAGGAGGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAAGGCGGGGAGTGGGAAAGGGTCCGGGGCGGAGTGCCGTTGGTTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111589 TGAAGGCGGGGAGTGGGAAAGGGTCCGGGGCGGAGTGCCGTTGGTTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937         GAGAAGCCAAAAATGTTTGCCAAGGGAACTGAGATCACCCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111639 TG...CAGGAGAAGCCAAAAATGTTTGCCAAGGGAACTGAGATCACCCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTGTTGTTATCAAGAAACTGAATGAGATCCTACAGGCACGAGGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111804 GCTGTTGTTATCAAGAAACTGAATGAGATCCTACAGGCACGAGGCAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGGAACTGATCG         TGCTGCCCAGATTGAGCTGCTGCAACTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111854 GGGAACTGATCGGTA...TAGTGCTGCCCAGATTGAGCTGCTGCAACTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGTTCAGATTGCAGCGGAAAACAACCTGGGAGAGGGCGTCATTGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112665 TGGTTCAGATTGCAGCGGAAAACAACCTGGGAGAGGGCGTCATTGTCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATCAAGTTCAATATCATCGCCTCTCTCTATGACTACAACCCCAACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112715 ATCAAGTTCAATATCATCGCCTCTCTCTATGACTACAACCCCAACCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AACCTACATGAAG         CCAGAGATGTGGGGGAAGTGCCTGGACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112765 AACCTACATGAAGGTG...CAGCCAGAGATGTGGGGGAAGTGCCTGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCATCAATGAGCTGATGGATATCCTGTTTGCAAATCCCAACATTTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113000 GCATCAATGAGCTGATGGATATCCTGTTTGCAAATCCCAACATTTTTGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GGAGAGAATATTCTGGAAGAGAGTGAGAACCTGCACAACGCTGACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113050 GGAGAGAATATTCTGGAAGAGAGTGAGAACCTGCACAACGCTGACCAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1309        CCACTGCGTGTCCGTGGCTGCATCCTAACTCTGGTGGAACGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113100 A...CAGCCACTGCGTGTCCGTGGCTGCATCCTAACTCTGGTGGAACGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGATGAAGAATTTACCAAAATAATGCAAAATACTGACCCTCACTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113276 TGGATGAAGAATTTACCAAAATAATGCAAAATACTGACCCTCACTCCCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 G         AGTACGTGGAGCACTTGAAGGATGAGGCCCAGGTGTGTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113326 GGTG...CAGAGTACGTGGAGCACTTGAAGGATGAGGCCCAGGTGTGTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATCATCGAGCGTGTGCAGCGCTACCTGGAGGAGAAGGGCACTACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114959 CATCATCGAGCGTGTGCAGCGCTACCTGGAGGAGAAGGGCACTACCGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGGTCTGCCGCATCTACCTGCTGCGCATCCTGCACACCTACTACAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115009 AGGTCTGCCGCATCTACCTGCTGCGCATCCTGCACACCTACTACAAGTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GATTACAAGGCCCATCAGCGACAGCTGACCCCGCCTGAGGGCTCCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115059 GATTACAAGGCCCATCAGCGACAGCTGACCCCGCCTGAGGGCTCCTCAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 G         TCTGAGCAAGACCAGGCAGAAAATGAGGGCGAGGACTCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115109 GGTG...CAGTCTGAGCAAGACCAGGCAGAAAATGAGGGCGAGGACTCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTGTGTTGATGGAGAGACTGTGCAAGTACATCTACGCCAAGGACCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115375 CTGTGTTGATGGAGAGACTGTGCAAGTACATCTACGCCAAGGACCGCACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GACCGGATCCGCACATGTGCCATCCTCTGCCACATCTACCACCATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115425 GACCGGATCCGCACATGTGCCATCCTCTGCCACATCTACCACCATGCTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCACTCGCGCTGGTACCAGGCCCGCGACCTCATGCTCATGAGCCACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115475 GCACTCGCGCTGGTACCAGGCCCGCGACCTCATGCTCATGAGCCACTTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGGACAACATTCAGCATGCAGACCCGCCAGTGCAG         ATCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115525 AGGACAACATTCAGCATGCAGACCCGCCAGTGCAGGTA...CAGATCCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TACAACCGCACCATGGTGCAGCTGGGCATCTGTGCCTTCCGCCAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120149 TACAACCGCACCATGGTGCAGCTGGGCATCTGTGCCTTCCGCCAAGGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GACCAAGGACGCACACAACGCCCTGCTGGACATCCAGTCGAGTGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120199 GACCAAGGACGCACACAACGCCCTGCTGGACATCCAGTCGAGTGGCCGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCAAGGAGCTTCTGGGCCAGGGCCTGCTGCTGCGCAGCCTGCAGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120249 CCAAGGAGCTTCTGGGCCAGGGCCTGCTGCTGCGCAGCCTGCAGGAGCGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AACCAGGAGCAGGAGAAGGTGGAGCGGCGCCGTCAGGTCCCCTTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120299 AACCAGGAGCAGGAGAAGGTGGAGCGGCGCCGTCAGGTCCCCTTCCACCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCACATCAACCTGGAGCTGCTGGAGTGTGTCTACCTGGTGTCTGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120349 GCACATCAACCTGGAGCTGCTGGAGTGTGTCTACCTGGTGTCTGCCATGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TCCTGGAGATCCCCTACATGGCCGCCCATGAGAGCGATGCCCGCCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120399 TCCTGGAGATCCCCTACATGGCCGCCCATGAGAGCGATGCCCGCCGACGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 ATGATCAGCAAGCAGTTCCACCACCAGCTGCGCGTGGGCGAGCGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120449 ATGATCAGCAAGCAGTTCCACCACCAGCTGCGCGTGGGCGAGCGACAGCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CCTGCTGG         GTCCCCCTGAGTCCATGCGGGAACATGTGGTCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120499 CCTGCTGGGTG...CAGGTCCCCCTGAGTCCATGCGGGAACATGTGGTCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTGCCTCCAAGGCCATGAAGATGGGTGACTGGAAGACCTGTCACAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122867 CTGCCTCCAAGGCCATGAAGATGGGTGACTGGAAGACCTGTCACAGTTTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ATCATCAATGAGAAGATGAATGGGAAAGTGTGGGACCTTTTCCCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122917 ATCATCAATGAGAAGATGAATGGGAAAGTGTGGGACCTTTTCCCCGAGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGACAAAGTCCGCACCATGCTGGTTAG         GAAGATCCAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 122967 TGACAAAGTCCGCACCATGCTGGTTAGGTG...CAGGAAGATCCAGGAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGTCACTGAGGACCTACCTCTTCACCTACAGCAGTGTCTATGACTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123106 AGTCACTGAGGACCTACCTCTTCACCTACAGCAGTGTCTATGACTCCATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AG         CATGGAGACGCTGTCAGACATGTTTGAGCTGGATCTGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123156 AGGTA...CAGCATGGAGACGCTGTCAGACATGTTTGAGCTGGATCTGCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CACTGTGCACTCCATCATCAGCAAAATGATCATTAATGAGGAGCTGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123285 CACTGTGCACTCCATCATCAGCAAAATGATCATTAATGAGGAGCTGATGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2497         GCCTCCCTGGACCAGCCAACACAGACAGTGGTGATGCACCGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123335 TA...CAGGCCTCCCTGGACCAGCCAACACAGACAGTGGTGATGCACCGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 ACTGAGCCCACTGCCCAGCAGAACCTGGCTCTGCAGCTGGCCGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123529 ACTGAGCCCACTGCCCAGCAGAACCTGGCTCTGCAGCTGGCCGAGAAGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 GGGCAGCCTGGTGGAGAACAACGAACGGGTGTTTGACCACAAGCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123579 GGGCAGCCTGGTGGAGAACAACGAACGGGTGTTTGACCACAAGCAGGGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 CCTACGGGGGCTACTTCCGAG         ACCAGAAGGACGGCTACCGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123629 CCTACGGGGGCTACTTCCGAGGTG...CAGACCAGAAGGACGGCTACCGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 AAAAACGAGGGCTACATGCGCCGCGGTGGCTACCGCCAGCAGCAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123765 AAAAACGAGGGCTACATGCGCCGCGGTGGCTACCGCCAGCAGCAGTCTCA

   2900     .    :
   2730 GACGGCCTAC
        ||||||||||
 123815 GACGGCCTAC