seq1 = pF1KB5402.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB5402/gi568815588f_110398122.tfa (gi568815588f:110398122_110610423), 212302 bp

>pF1KB5402 1152
>gi568815588f:110398122_110610423 (Chr10)

1-379  (100001-100379)   99% ->
380-528  (104600-104748)   100% ->
529-748  (108814-109033)   99% ->
749-1152  (111899-112302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTCACGTCGCTCGACGGGCGCCAGCTGCGCAAGATGCTCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTCACGTCGCTCGACGGGCGCCAGCTGCGCAAGATGCTCCGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGCGGCGGCGCGCTGCGTGGTGCTCGACTGCCGGCCCTATCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGCGGCGGCGCGCTGCGTGGTGCTCGACTGCCGGCCCTATCTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCTGCCTCGAACGTGCGCGGCTCGCTCAACGTCAACCTCAACTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCTGCCTCGAACGTGCGCGGCTCGCTCAACGTCAACCTCAACTCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCTGCGGCGGGCCCGGGGCGGCGCGGTGTCGGCGCGCTACGTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCTGCGGCGGGCCCGGGGCGGCGCGGTGTCGGCGCGCTACGTGCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACGAGGCGGCGCGCGCGCGGCTCCTGCAGGAGGGCGGCGGCGGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACGAGGCGGCGCGCGCGCGGCTCCTGCAGGAGGGCGGCGGCGGCGTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCGTGGTGGTGCTGGACCAGGGCAGCCGCCACTGGCAGAAGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCGTGGTGGTGCTGGACCAGGGCAGCCGCCACTGGCAGAAGCTGCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGAGAGCGCCGCGCGTGTCGTCCTCACCCCGCTACTCGCTTGCCTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100301 GAGGAGAGCGCCGCGCGTGTCGTCCTCACCTCGCTACTCGCTTGCCTACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCGGCCCGCGGGTCTACTTCCTCAAAG         GGGGATATGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100351 CGCCGGCCCGCGGGTCTACTTCCTCAAAGGTG...TAGGGGGATATGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTCTACTCGGAATATCCTGAGTGTTGCGTGGATGTAAAACCCATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104612 CTTTCTACTCGGAATATCCTGAGTGTTGCGTGGATGTAAAACCCATTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAAGAGAAGATTGAGAGTGAGAGAGCCCTCATCAGCCAGTGTGGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104662 CAAGAGAAGATTGAGAGTGAGAGAGCCCTCATCAGCCAGTGTGGAAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTGGTAAATGTCAGCTACAGGCCAGCTTATGACCAG         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104712 AGTGGTAAATGTCAGCTACAGGCCAGCTTATGACCAGGTA...CAGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCCAGTTGAAATCCTTCCCTTCCTCTACCTTGGAAGTGCCTACCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108818 GCCCAGTTGAAATCCTTCCCTTCCTCTACCTTGGAAGTGCCTACCATGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCAAGTGCGAGTTCCTCGCCAACCTGCACATCACAGCCCTGCTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108868 TCCAAGTGCGAGTTCCTCGCCAACCTGCACATCACAGCCCTGCTGAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCCCGACGGACCTCCGAGGCCTGCATGACCCACCTACACTACAAATGGA
        |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
 108918 CTCCCGACGGACCTCCGAGGCCTGCGCGACCCACCTACACTACAAATGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCCTGTGGAAGACAGCCACACGGCTGACATTAGCTCCCACTTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108968 TCCCTGTGGAAGACAGCCACACGGCTGACATTAGCTCCCACTTTCAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCAATAGACTTCATTG         ACTGTGTCAGGGAAAAGGGAGGCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109018 GCAATAGACTTCATTGGTA...CAGACTGTGTCAGGGAAAAGGGAGGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGTCCTGGTCCACTGTGAGGCTGGGATCTCCCGTTCACCCACCATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111924 GGTCCTGGTCCACTGTGAGGCTGGGATCTCCCGTTCACCCACCATCTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGCTTACCTTATGAAGACCAAGCAGTTCCGCCTGAAGGAGGCCTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111974 TGGCTTACCTTATGAAGACCAAGCAGTTCCGCCTGAAGGAGGCCTTCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TACATCAAGCAGAGGAGGAGCATGGTCTCGCCCAACTTTGGCTTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112024 TACATCAAGCAGAGGAGGAGCATGGTCTCGCCCAACTTTGGCTTCATGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCAGCTCCTGCAGTACGAATCTGAGATCCTGCCCTCCACGCCCAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112074 CCAGCTCCTGCAGTACGAATCTGAGATCCTGCCCTCCACGCCCAACCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGCCTCCCTCCTGCCAAGGGGAGGCAGCAGGCTCTTCACTGATAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112124 AGCCTCCCTCCTGCCAAGGGGAGGCAGCAGGCTCTTCACTGATAGGCCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTGCAGACACTGAGCCCTGACATGCAGGGTGCCTACTGCACATTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112174 TTGCAGACACTGAGCCCTGACATGCAGGGTGCCTACTGCACATTCCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTCGGTGCTGGCACCGGTGCCTACCCACTCAACAGTCTCAGAGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112224 CTCGGTGCTGGCACCGGTGCCTACCCACTCAACAGTCTCAGAGCTCAGCA

   1150     .    :    .    :    .
   1124 GAAGCCCTGTGGCAACGGCCACATCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 112274 GAAGCCCTGTGGCAACGGCCACATCCTGC