seq1 = pF1KB5401.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KB5401/gi568815576r_31183087.tfa (gi568815576r:31183087_31392344), 209258 bp

>pF1KB5401 789
>gi568815576r:31183087_31392344 (Chr22)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-187  (101049-101165)   100% ->
188-307  (101261-101380)   100% ->
308-508  (102646-102846)   100% ->
509-587  (102952-103030)   100% ->
588-789  (109057-109258)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTTGGCCTGGGTACAAGCATTCCTCGTCAGCAACATGCTCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTTGGCCTGGGTACAAGCATTCCTCGTCAGCAACATGCTCCTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGCCTATGGATCTGGAG         GCTGTTTCTGGGACAACGGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGCCTATGGATCTGGAGGTG...CAGGCTGTTTCTGGGACAACGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTGTACCGGGAGGACCAGACCTCCCCCGCGCCGGGCCTCCGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101070 ACCTGTACCGGGAGGACCAGACCTCCCCCGCGCCGGGCCTCCGCTGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTGGCTGGACGCGCAGAGCGGGCTGGCCTCGGCCCCCGTGTCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101120 AACTGGCTGGACGCGCAGAGCGGGCTGGCCTCGGCCCCCGTGTCGGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GGGCCGGCAATCACAGTTACTGCCGAAACCCGGACGAGGACCCGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101170 ..TAGGGGCCGGCAATCACAGTTACTGCCGAAACCCGGACGAGGACCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGGGCCCTGGTGCTACGTCAGTGGCGAGGCCGGCGTCCCTGAGAAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 GCGGGCCCTGGTGCTACGTCAGTGGCGAGGCCGGCGTCCCTGAGAAACGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTTGCGAGGACCTGCGCTGTCCAG         AGACCACCTCCCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101356 CCTTGCGAGGACCTGCGCTGTCCAGGTA...CAGAGACCACCTCCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGCCAGCCTTCACGACAGAAATCCAGGAAGCGTCTGAAGGGCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102662 CCTGCCAGCCTTCACGACAGAAATCCAGGAAGCGTCTGAAGGGCCAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGATGAGGTGCAGGTGTTCGCTCCTGCCAACGCCCTGCCCGCTCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102712 CAGATGAGGTGCAGGTGTTCGCTCCTGCCAACGCCCTGCCCGCTCGGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGCGGCAGCTGTGCAGCCAGTGATTGGGATCAGCCAGCGGGTGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102762 GAGGCGGCAGCTGTGCAGCCAGTGATTGGGATCAGCCAGCGGGTGCGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAACTCCAAGGAGAAAAAGGACCTGGGAACTCTGG         GCTACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102812 GAACTCCAAGGAGAAAAAGGACCTGGGAACTCTGGGTA...CAGGCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGGGCATTACCATGATGGTGATCATCATTGCCATCGGAGCTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 TGCTGGGCATTACCATGATGGTGATCATCATTGCCATCGGAGCTGGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCTTGGGCTACTCCTACAAGAG         GGGGAAGGATTTGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103008 ATCTTGGGCTACTCCTACAAGAGGTC...CAGGGGGAAGGATTTGAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAGCATGATCAGAAAGTATGTGAGAGGGAGATGCAGCGAATCACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109075 ACAGCATGATCAGAAAGTATGTGAGAGGGAGATGCAGCGAATCACTCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTGTCTGCCTTCACCAACCCCACCTGTGAGATTGTGGATGAGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109125 CCTTGTCTGCCTTCACCAACCCCACCTGTGAGATTGTGGATGAGAAGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCGTGGTCCACACCAGCCAGACTCCAGTTGACCCTCAGGAGGGCAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 109175 GTCGTGGTCCACACCAGCCAGACTCCAGTTGACCCTCAGGAGGGCACCAC

    800     .    :    .    :    .    :
    756 CCCCCTTATGGGCCAGGCCGGGACTCCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109225 CCCCCTTATGGGCCAGGCCGGGACTCCTGGGGCC