seq1 = pF1KB5399.tfa, 573 bp
seq2 = pF1KB5399/gi568815596f_17492075.tfa (gi568815596f:17492075_17755391), 263317 bp

>pF1KB5399 573
>gi568815596f:17492075_17755391 (Chr2)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-378  (157336-157551)   100% ->
379-573  (163123-163317)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGCAGAATAGCAAACTGGCCCCTGAAGTGATGGAGGACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGCAGAATAGCAAACTGGCCCCTGAAGTGATGGAGGACCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAGCACAGAGTTTAATGAGCATGAACTCAAGCAGTGGTACAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAGCACAGAGTTTAATGAGCATGAACTCAAGCAGTGGTACAAAGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTCAAGGACTGTCCAAGTGGGAGGCTAAATCTCGAGGAATTTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTCAAGGACTGTCCAAGTGGGAGGCTAAATCTCGAGGAATTTCAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCTATGTGAAG         TTCTTTCCTTATGGAGACGCCTCCAAGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCTATGTGAAGGTA...CAGTTCTTTCCTTATGGAGACGCCTCCAAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCCAGCATGCCTTCCGAACCTTCGACAAGAATGGGGACGGCACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157365 TGCCCAGCATGCCTTCCGAACCTTCGACAAGAATGGGGACGGCACCATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCGAGAGTTCATCTGCGCTCTGTCCATCACCTCCAGGGGCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157415 ACTTCCGAGAGTTCATCTGCGCTCTGTCCATCACCTCCAGGGGCAGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCAGAAGCTGAACTGGGCCTTCAATATGTATGACCTGGATGGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157465 GAGCAGAAGCTGAACTGGGCCTTCAATATGTATGACCTGGATGGTGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGATCACCCGAGTGGAGATGCTGGAGATCATCGAG         GCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 157515 CAAGATCACCCGAGTGGAGATGCTGGAGATCATCGAGGTG...AAGGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTACAAAATGGTAGGCACTGTGATCATGATGAAAATGAATGAGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163127 TCTACAAAATGGTAGGCACTGTGATCATGATGAAAATGAATGAGGATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGACGCCTGAGCAGCGAGTAGACAAGATTTTCAGCAAGATGGATAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163177 CTGACGCCTGAGCAGCGAGTAGACAAGATTTTCAGCAAGATGGATAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAAGATGACCAGATTACACTGGATGAATTCAAAGAAGCTGCAAAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163227 CAAAGATGACCAGATTACACTGGATGAATTCAAAGAAGCTGCAAAGAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCCTTCCATTGTATTACTTCTGCAGTGCGACATCCAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163277 ACCCTTCCATTGTATTACTTCTGCAGTGCGACATCCAGAAA