seq1 = pF1KB5398.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KB5398/gi568815597f_227997115.tfa (gi568815597f:227997115_228198010), 200896 bp

>pF1KB5398 543
>gi568815597f:227997115_228198010 (Chr1)

1-148  (100001-100148)   99% ->
149-259  (100228-100338)   100% ->
260-384  (100477-100601)   100% ->
385-543  (100738-100896)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACATCTTCGCCAACCTCTTCAAGGGCCTTTTTGGAAAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100001 ATGGGGAACATCTTCGCCAACCTCTTCAAGGGCCTTTTTGGCAAAAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGCGCATCCTCATGGTGGGCCTGGATGCTGCAGGGAAGACCACGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGCGCATCCTCATGGTGGGCCTGGATGCTGCAGGGAAGACCACGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACAAGCTTAAGCTGGGTGAGATCGTGACCACCATTCCCACCATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 TCTACAAGCTTAAGCTGGGTGAGATCGTGACCACCATTCCCACCATAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        GCTTCAACGTGGAAACCGTGGAGTACAAGAACATCAGCTTCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 G...CAGGCTTCAACGTGGAAACCGTGGAGTACAAGAACATCAGCTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGTGGGACGTGGGTGGCCAGGACAAGATCCGGCCCCTGTGGCGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 TGTGTGGGACGTGGGTGGCCAGGACAAGATCCGGCCCCTGTGGCGCCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCAGAACACACAAG         GCCTGATCTTCGTGGTGGACAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100321 ACTTCCAGAACACACAAGGTA...CAGGCCTGATCTTCGTGGTGGACAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGACAGAGAGCGTGTGAACGAGGCCCGTGAGGAGCTCATGAGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 AATGACAGAGAGCGTGTGAACGAGGCCCGTGAGGAGCTCATGAGGATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCGAGGACGAGCTCCGGGATGCTGTCCTCCTGGTGTTCGCCAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 GGCCGAGGACGAGCTCCGGGATGCTGTCCTCCTGGTGTTCGCCAACAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AG         GACCTCCCCAACGCCATGAATGCGGCCGAGATCACAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 AGGTA...CAGGACCTCCCCAACGCCATGAATGCGGCCGAGATCACAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCTGGGGCTGCACTCACTACGCCACAGGAACTGGTACATTCAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100777 AAGCTGGGGCTGCACTCACTACGCCACAGGAACTGGTACATTCAGGCCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCGCCACCAGCGGCGACGGGCTCTATGAAGGACTGGACTGGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 CTGCGCCACCAGCGGCGACGGGCTCTATGAAGGACTGGACTGGCTGTCCA

    550     .    :    .    :
    524 ATCAGCTCCGGAACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||
 100877 ATCAGCTCCGGAACCAGAAG