seq1 = pF1KB5394.tfa, 1779 bp
seq2 = pF1KB5394/gi568815596r_126948529.tfa (gi568815596r:126948529_127206943), 258415 bp

>pF1KB5394 1779
>gi568815596r:126948529_127206943 (Chr2)

(complement)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-165  (130238-130318)   100% ->
166-220  (136128-136182)   100% ->
221-315  (136297-136391)   100% ->
316-411  (136854-136949)   100% ->
412-519  (137913-138020)   100% ->
520-612  (138689-138781)   100% ->
613-698  (142926-143011)   100% ->
699-774  (143298-143373)   100% ->
775-857  (144747-144829)   100% ->
858-1002  (147789-147933)   100% ->
1003-1131  (149343-149471)   100% ->
1132-1239  (152932-153039)   100% ->
1240-1263  (153499-153522)   100% ->
1264-1371  (154582-154689)   100% ->
1372-1461  (155701-155790)   100% ->
1462-1572  (156032-156142)   100% ->
1573-1674  (156422-156523)   100% ->
1675-1779  (158311-158415)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGATGGGCAGTAAAGGGGTGACGGCGGGAAAGATCGCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGATGGGCAGTAAAGGGGTGACGGCGGGAAAGATCGCCAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGCAGAAGAAGCTCACCCGCGCGCAGGAGAAG         GTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGTGCAGAAGAAGCTCACCCGCGCGCAGGAGAAGGTG...CAGGTTCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGCTGGGGAAGGCAGATGAGACCAAGGATGAGCAGTTTGAGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130245 AGAAGCTGGGGAAGGCAGATGAGACCAAGGATGAGCAGTTTGAGCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCAGAATTTCAACAAGCAGCTG         ACGGAGGGCACCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 130295 GTCCAGAATTTCAACAAGCAGCTGGTG...CAGACGGAGGGCACCCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGAAGGATCTCCGGACCTACCTGGCCTCCGTCAAAG         CCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 136145 GCAGAAGGATCTCCGGACCTACCTGGCCTCCGTCAAAGGTA...CAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCACGAGGCTTCCAAGAAGCTGAATGAGTGTCTGCAGGAGGTGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136300 TGCACGAGGCTTCCAAGAAGCTGAATGAGTGTCTGCAGGAGGTGTATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCCGATTGGCCCGGCAGGGATGAGGCAAACAAGATCGCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 136350 CCCGATTGGCCCGGCAGGGATGAGGCAAACAAGATCGCAGAGGTG...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316  AACAACGACCTGCTGTGGATGGATTACCACCAGAAGCTGGTGGACCAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136853 GAACAACGACCTGCTGTGGATGGATTACCACCAGAAGCTGGTGGACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGCTGCTGACCATGGACACGTACCTGGGCCAGTTCCCCGACATCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136903 CGCTGCTGACCATGGACACGTACCTGGGCCAGTTCCCCGACATCAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412       TCACGCATTGCCAAGCGGGGGCGCAAGCTGGTGGACTACGACAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136953 ...CAGTCACGCATTGCCAAGCGGGGGCGCAAGCTGGTGGACTACGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCCGGCACCACTACGAGTCCCTTCAAACTGCCAAAAAGAAGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137957 TGCCCGGCACCACTACGAGTCCCTTCAAACTGCCAAAAAGAAGGATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCAAAATTGCCAAG         CCTGTCTCGCTGCTTGAGAAAGCCGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138007 CCAAAATTGCCAAGGTA...CAGCCTGTCTCGCTGCTTGAGAAAGCCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCCAGTGGTGCCAAGGCAAACTGCAGGCTCATCTCGTAGCTCAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138716 CCCCAGTGGTGCCAAGGCAAACTGCAGGCTCATCTCGTAGCTCAAACTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTGCTCCGAAATCAG         GCCGAGGAGGAGCTCATCAAAGCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 138766 CCTGCTCCGAAATCAGGTG...CAGGCCGAGGAGGAGCTCATCAAAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGAAGGTGTTTGAGGAGATGAATGTGGATCTGCAGGAGGAGCTGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142951 AGAAGGTGTTTGAGGAGATGAATGTGGATCTGCAGGAGGAGCTGCCGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTGTGGAACAG         CCGCGTAGGTTTCTACGTCAACACGTTCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 143001 CTGTGGAACAGGTG...TAGCCGCGTAGGTTTCTACGTCAACACGTTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GAGCATCGCGGGCCTGGAGGAAAACTTCCACAAGGAGATGAGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 143328 GAGCATCGCGGGCCTGGAGGAAAACTTCCACAAGGAGATGAGCAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775      CTCAACCAGAACCTCAATGATGTGCTGGTCGGCCTGGAGAAGCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143378 ..CAGCTCAACCAGAACCTCAATGATGTGCTGGTCGGCCTGGAGAAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CACGGGAGCAACACCTTCACGGTCAAGGCCCAGCCCAG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 144792 CACGGGAGCAACACCTTCACGGTCAAGGCCCAGCCCAGGTG...CAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CAACGCGCCTGCAAAAGGGAACAAGAGCCCTTCGCCTCCAGATGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147792 CAACGCGCCTGCAAAAGGGAACAAGAGCCCTTCGCCTCCAGATGGCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTGCCGCCACCCCCGAGATCAGAGTCAACCACGAGCCAGAGCCGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147842 CTGCCGCCACCCCCGAGATCAGAGTCAACCACGAGCCAGAGCCGGCCGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GGGGCCACGCCCGGGGCCACCCTCCCCAAGTCCCCATCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 147892 GGGGCCACGCCCGGGGCCACCCTCCCCAAGTCCCCATCTCAGGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003  CTCCGGAAAGGCCCACCAGTCCCTCCGCCTCCCAAACACACCCCGTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149342 GCTCCGGAAAGGCCCACCAGTCCCTCCGCCTCCCAAACACACCCCGTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGGAAGTCAAGCAGGAGCAGATCCTCAGCCTGTTTGAGGACACGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149392 AGGAAGTCAAGCAGGAGCAGATCCTCAGCCTGTTTGAGGACACGTTTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCTGAGATCAGCGTGACCACCCCCTCCCAG         TTTGAGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 149442 CCTGAGATCAGCGTGACCACCCCCTCCCAGGTC...AAGTTTGAGGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GGGGCCTTTCTCGGAGCAGGCCAGTCTGCTGGACCTGGACTTTGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152943 GGGGCCTTTCTCGGAGCAGGCCAGTCTGCTGGACCTGGACTTTGACCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCCCGCCCGTGACGAGCCCTGTGAAGGCACCCACGCCCTCTGGTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 152993 TCCCGCCCGTGACGAGCCCTGTGAAGGCACCCACGCCCTCTGGTCAGGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240       TCAATTCCATGGGACCTCTGGGAG         CCCACAGAGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 153043 ...CAGTCAATTCCATGGGACCTCTGGGAGGTA...CAGCCCACAGAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TCCAGCCGGCAGCCTGCCTTCCGGGGAGCCCAGCGCTGCCGAGGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154593 TCCAGCCGGCAGCCTGCCTTCCGGGGAGCCCAGCGCTGCCGAGGGCACCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTGCTGTGTCCTGGCCCAGCCAGACGGCCGAGCCGGGGCCTGCCCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 154643 TTGCTGTGTCCTGGCCCAGCCAGACGGCCGAGCCGGGGCCTGCCCAAGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372       CCAGCAGAGGCCTCGGAGGTGGCGGGTGGGACCCAACCTGCGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154693 ...CAGCCAGCAGAGGCCTCGGAGGTGGCGGGTGGGACCCAACCTGCGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGGAGCCCAGGAGCCAGGGGAGACGGCGGCAAGTGAAGCAGCCTCC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 155745 TGGAGCCCAGGAGCCAGGGGAGACGGCGGCAAGTGAAGCAGCCTCCGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462      AGCTCTCTTCCTGCTGTCGTGGTGGAGACCTTCCCAGCAACTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155795 ..CAGAGCTCTCTTCCTGCTGTCGTGGTGGAGACCTTCCCAGCAACTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AATGGCACCGTGGAGGGCGGCAGTGGGGCCGGGCGCTTGGACCTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156077 AATGGCACCGTGGAGGGCGGCAGTGGGGCCGGGCGCTTGGACCTGCCCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 AGGTTTCATGTTCAAG         GTACAGGCCCAGCACGACTACACGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 156127 AGGTTTCATGTTCAAGGTG...CAGGTACAGGCCCAGCACGACTACACGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CCACTGACACAGACGAGCTGCAGCTCAAGGCTGGTGATGTGGTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156447 CCACTGACACAGACGAGCTGCAGCTCAAGGCTGGTGATGTGGTGCTGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 ATCCCCTTCCAGAACCCTGAAGAGCAG         GATGAAGGCTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 156497 ATCCCCTTCCAGAACCCTGAAGAGCAGGTG...CAGGATGAAGGCTGGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CATGGGCGTGAAGGAGAGCGACTGGAACCAGCACAAGGAGCTGGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158325 CATGGGCGTGAAGGAGAGCGACTGGAACCAGCACAAGGAGCTGGAGAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 GCCGTGGCGTCTTCCCCGAGAACTTCACTGAGAGGGTCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158375 GCCGTGGCGTCTTCCCCGAGAACTTCACTGAGAGGGTCCCA