seq1 = pF1KB5390.tfa, 2760 bp
seq2 = pF1KB5390/gi568815575f_47133044.tfa (gi568815575f:47133044_47347927), 214884 bp

>pF1KB5390 2760
>gi568815575f:47133044_47347927 (ChrX)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-286  (106027-106136)   100% ->
287-417  (106308-106438)   100% ->
418-535  (106747-106864)   100% ->
536-681  (107262-107407)   100% ->
682-743  (107544-107605)   100% ->
744-846  (107731-107833)   100% ->
847-1020  (108234-108407)   100% ->
1021-1179  (108498-108656)   100% ->
1180-1404  (109039-109263)   100% ->
1405-1488  (109396-109479)   100% ->
1489-1583  (109583-109677)   100% ->
1584-1790  (110353-110559)   100% ->
1791-1843  (111455-111507)   100% ->
1844-2086  (111639-111881)   100% ->
2087-2157  (111973-112043)   100% ->
2158-2270  (112327-112439)   100% ->
2271-2420  (114029-114178)   100% ->
2421-2536  (114261-114376)   100% ->
2537-2625  (114568-114656)   100% ->
2626-2760  (114750-114884)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGGTCGCAGCAAATCCAGCTGCTGCTGCGGCGGCTGTGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGGTCGCAGCAAATCCAGCTGCTGCTGCGGCGGCTGTGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGCGGCGGTGACTGAGGATAGAGAGCCACAGCACGAGGAGCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAGCGGCGGTGACTGAGGATAGAGAGCCACAGCACGAGGAGCTGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGACAGCCAGTGGCGCCAGATAGAAAACGGCGAGAGTGGGCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTGGACAGCCAGTGGCGCCAGATAGAAAACGGCGAGAGTGGGCGAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGTCCACTGCGGGCCGGCGAAAGCTG         GTTCCTTGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 CGTCCACTGCGGGCCGGCGAAAGCTGGTG...CAGGTTCCTTGTGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCACTGGTATAAGCAGTGGGAGGCATACGTGCAGGGAGGGGACCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 GCACTGGTATAAGCAGTGGGAGGCATACGTGCAGGGAGGGGACCAGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGCACCTTCCCTGGCTGCATCAACAATGCCACACTCTTTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106092 CCAGCACCTTCCCTGGCTGCATCAACAATGCCACACTCTTTCAAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     ATGAGATAAACTGGCGCCTCAAGGAGGGACTGGTGGAAGGCGAGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106142 .CAGATGAGATAAACTGGCGCCTCAAGGAGGGACTGGTGGAAGGCGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTATGTGCTGCTCCCAGCAGCTGCTTGGCATTACCTGGTCAGCTGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106354 TTATGTGCTGCTCCCAGCAGCTGCTTGGCATTACCTGGTCAGCTGGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCTAGAGCATGGCCAGCCACCCATTGAACGCAAG         GTCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106404 GTCTAGAGCATGGCCAGCCACCCATTGAACGCAAGGTA...CAGGTCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTGCCCAACATCCAGAAGGTCGAAGTGTACCCAGTAGAACTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106753 GAGCTGCCCAACATCCAGAAGGTCGAAGTGTACCCAGTAGAACTGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTCCGGCACAATGATTTGGGCAAATCTCACACTGTTCAGTTCAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106803 TGTCCGGCACAATGATTTGGGCAAATCTCACACTGTTCAGTTCAGCCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGATTCTATTG         GCCTAGTATTGCGCACAGCTCGGGAGCGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106853 CCGATTCTATTGGTG...CAGGCCTAGTATTGCGCACAGCTCGGGAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTCTGGTGGAGCCCCAGGAAGACACTCGGCTTTGGGCCAAGAACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107291 TTTCTGGTGGAGCCCCAGGAAGACACTCGGCTTTGGGCCAAGAACTCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGCTCTTTGGATAGGTTGTATGACACACACATCACGGTTCTCGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107341 AGGCTCTTTGGATAGGTTGTATGACACACACATCACGGTTCTCGATGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCTTGAGACTGGGCAG         TTGATCATCATGGAGACCCGCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107391 CCCTTGAGACTGGGCAGGTA...CAGTTGATCATCATGGAGACCCGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGATGGCACTTGGCCCAGCGCACAGCTGCATGTCAT         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107568 AAAGATGGCACTTGGCCCAGCGCACAGCTGCATGTCATGTG...CAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAACAACATGTCGGAAGAGGATGAGGACTTCAAGGGTCAGCCAGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107734 CAACAACATGTCGGAAGAGGATGAGGACTTCAAGGGTCAGCCAGGCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGGCCTCACCAATCTGGGCAACACGTGCTTCATGAACTCGGCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107784 GTGGCCTCACCAATCTGGGCAACACGTGCTTCATGAACTCGGCCCTGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          TGCCTCAGCAATGTGCCACAGCTCACCGAGTACTTCCTCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107834 GTT...CAGTGCCTCAGCAATGTGCCACAGCTCACCGAGTACTTCCTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAACTGCTACCTGGAGGAGCTCAACTTCCGCAACCCACTGGGCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 CAACTGCTACCTGGAGGAGCTCAACTTCCGCAACCCACTGGGCATGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGAGATCGCAGAGGCCTATGCAGACCTGGTGAAGCAGGCGTGGTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 GTGAGATCGCAGAGGCCTATGCAGACCTGGTGAAGCAGGCGTGGTCTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACCACCGCTCCATTGTGCCACATGTGTTCAAG         AACAAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108375 CACCACCGCTCCATTGTGCCACATGTGTTCAAGGTG...TAGAACAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGCCATTTTGCATCCCAATTTCTGGGCTACCAGCAGCATGACTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108506 TGGCCATTTTGCATCCCAATTTCTGGGCTACCAGCAGCATGACTCTCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCTGCTGTCATTCCTCCTGGACGGGCTGCATGAGGACCTTAATCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108556 AGCTGCTGTCATTCCTCCTGGACGGGCTGCATGAGGACCTTAATCGGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGAAGAAGGAGTATGTGGAGCTGTGCGATGCTGCTGGGCGACCGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108606 AAGAAGAAGGAGTATGTGGAGCTGTGCGATGCTGCTGGGCGACCGGATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 G         GAGGTGGCACAGGAGGCATGGCAAAACCACAAACGGCGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108656 GGTA...CAGGAGGTGGCACAGGAGGCATGGCAAAACCACAAACGGCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACGATTCTGTGATCGTGGACACTTTCCACGGCCTCTTCAAGTCCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109079 ACGATTCTGTGATCGTGGACACTTTCCACGGCCTCTTCAAGTCCACGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGTGCCCCGATTGTGGCAATGTATCTGTGACCTTCGACCCCTTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109129 GTGTGCCCCGATTGTGGCAATGTATCTGTGACCTTCGACCCCTTCTGCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTCAGTGTTCCACTGCCTATCAGCCACAAGAGGGTCTTGGAGGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109179 CCTCAGTGTTCCACTGCCTATCAGCCACAAGAGGGTCTTGGAGGTCTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTATCCCCATGGATCCGCGCCGCAAGCCAGAGCAG         CACCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109229 TTATCCCCATGGATCCGCGCCGCAAGCCAGAGCAGGTG...TAGCACCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTCGTGGTCCCCAAGAAAGGCAAGATCTCGGATCTATGTGTGGCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109402 CTCGTGGTCCCCAAGAAAGGCAAGATCTCGGATCTATGTGTGGCTCTGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAAACACACGGGCATCTCGCCAGAGAGG         ATGATGGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109452 CAAACACACGGGCATCTCGCCAGAGAGGGTG...TAGATGATGGTGGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGTCTTCAGTCACCGCTTCTATAAGCTCTATCAGCTAGAGGAGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109596 ATGTCTTCAGTCACCGCTTCTATAAGCTCTATCAGCTAGAGGAGCCTCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGCAGCATCTTGGACCGTGATGATATCTTCGT         CTATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109646 AGCAGCATCTTGGACCGTGATGATATCTTCGTGTG...CAGCTATGAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GTCAGGTCGCATTGAGGCCATTGAGGGCTCAAGAGAGGACATCGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110362 GTCAGGTCGCATTGAGGCCATTGAGGGCTCAAGAGAGGACATCGTGGTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CTGTCTACCTGCGGGAGCGCACCCCTGCCCGTGACTACAACAACTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110412 CTGTCTACCTGCGGGAGCGCACCCCTGCCCGTGACTACAACAACTCCTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TACGGCCTGATGCTTTTTGGACACCCCCTCCTGGTATCAGTGCCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110462 TACGGCCTGATGCTTTTTGGACACCCCCTCCTGGTATCAGTGCCCCGGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCGCTTCACCTGGGAGGGCCTGTATAACGTCCTGATGTACCGGCTCTC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110512 CCGCTTCACCTGGGAGGGCCTGTATAACGTCCTGATGTACCGGCTCTCGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1791        ACGCTACGTGACCAAACCCAACTCAGATGATGAGGACGATGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110562 A...CAGACGCTACGTGACCAAACCCAACTCAGATGATGAGGACGATGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GATGAGAAAG         AAGATGACGAGGAGGATAAAGATGACGTCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111498 GATGAGAAAGGTG...TAGAAGATGACGAGGAGGATAAAGATGACGTCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGGGCCCTCAACTGGGGGCAGCCTCCGAGACCCTGAGCCAGAGCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111670 TGGGCCCTCAACTGGGGGCAGCCTCCGAGACCCTGAGCCAGAGCAGGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GGCCCAGCTCTGGAGTCACGAACAGGTGCCCGTTCCTCCTGGACAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111720 GGCCCAGCTCTGGAGTCACGAACAGGTGCCCGTTCCTCCTGGACAATTGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CTTGGCACATCTCAGTGGCCCCCAAGGCGACGACGCAAGCAGCTGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111770 CTTGGCACATCTCAGTGGCCCCCAAGGCGACGACGCAAGCAGCTGTTCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CCTGCAGACGGTGAACTCCAATGGGACCAGCGACCGCACAACCTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111820 CCTGCAGACGGTGAACTCCAATGGGACCAGCGACCGCACAACCTCCCCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAGAAGTCCATG         CCCAGCCGTACATTGCTATCGACTGGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111870 AAGAAGTCCATGGTA...CAGCCCAGCCGTACATTGCTATCGACTGGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CCAGAGATGAAGAAGCGTTACTATGACGAGGTAGAGGCTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 112002 CCAGAGATGAAGAAGCGTTACTATGACGAGGTAGAGGCTGAGGTA...TA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2158  GGCTACGTGAAGCATGACTGCGTCGGGTACGTGATGAAGAAGGCTCCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112326 GGGCTACGTGAAGCATGACTGCGTCGGGTACGTGATGAAGAAGGCTCCCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TGCGGCTGCAGGAGTGCATTGAGCTCTTCACCACTGTGGAGACCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112376 TGCGGCTGCAGGAGTGCATTGAGCTCTTCACCACTGTGGAGACCCTGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 AAGGAAAACCCCTG         GTACTGCCCTTCCTGCAAGCAGCACCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112426 AAGGAAAACCCCTGGTG...TAGGTACTGCCCTTCCTGCAAGCAGCACCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GCTGGCAACCAAGAAGCTGGACCTGTGGATGCTGCCGGAGATTCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114056 GCTGGCAACCAAGAAGCTGGACCTGTGGATGCTGCCGGAGATTCTCATCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 TCCACCTGAAACGCTTTTCCTACACCAAGTTCTCCCGAGAGAAGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114106 TCCACCTGAAACGCTTTTCCTACACCAAGTTCTCCCGAGAGAAGCTGGAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 ACCCTCGTGGAGTTTCCTATCCG         GGACCTGGACTTCTCTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114156 ACCCTCGTGGAGTTTCCTATCCGGTC...CAGGGACCTGGACTTCTCTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 GTTTGTCATCCAGCCACAGAATGAGTCGAATCCGGAGCTGTACAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114279 GTTTGTCATCCAGCCACAGAATGAGTCGAATCCGGAGCTGTACAAATATG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ACCTCATCGCGGTTTCCAACCATTATGGGGGCATGCGTGATGGACACT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114329 ACCTCATCGCGGTTTCCAACCATTATGGGGGCATGCGTGATGGACACTGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2537        ACACAACATTTGCCTGCAACAAGGACAGCGGCCAGTGGCACTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114379 A...CAGACACAACATTTGCCTGCAACAAGGACAGCGGCCAGTGGCACTA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 CTTTGATGACAACAGCGTCTCCCCTGTCAATGAGAATCAGATCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114611 CTTTGATGACAACAGCGTCTCCCCTGTCAATGAGAATCAGATCGAGGTG.

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2626      TCCAAGGCAGCCTATGTCCTCTTCTACCAACGCCAGGACGTGGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114661 ..CAGTCCAAGGCAGCCTATGTCCTCTTCTACCAACGCCAGGACGTGGCG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 CGACGCCTGCTGTCCCCGGCCGGCTCATCTGGCGCCCCAGCCTCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114795 CGACGCCTGCTGTCCCCGGCCGGCTCATCTGGCGCCCCAGCCTCCCCTGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CTGCAGCTCCCCACCCAGCTCTGAGTTCATGGATGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114845 CTGCAGCTCCCCACCCAGCTCTGAGTTCATGGATGTTAAT